CpG 甲基转移酶（M.SssI）能将双链二核苷酸识别序列 5´ ...C G ... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。用于阻止限制性内切酶的切割，CpG 甲基化依赖性基因表达的研究，研究探针序列特异性与 DNA 大沟的相互作用，改变 DNA 的物理特性，对 DNA 统一进行 [3H] 标记，减少限制性内切酶的酶切位点数目，提高限制性内切酶的特异性

HpaII 甲基转移酶与 MspI 甲基转移酶识别序列相同，但对CCGG序列中的内侧胞嘧啶（C5）进行甲基化。

CpG 甲基转移酶（M.SssI）能将双链二核苷酸识别序列 5´ ...C G ... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。用于阻止限制性内切酶的切割，CpG 甲基化依赖性基因表达的研究，研究探针序列特异性与 DNA 大沟的相互作用，改变 DNA 的物理特性，对 DNA 统一进行 [3H] 标记，减少限制性内切酶的酶切位点数目，提高限制性内切酶的特异性

MspI 甲基转移酶与 HpaII 甲基转移酶识别序列相同，但对左侧识别序列外侧胞嘧啶（C5）进行甲基化。

GpC 甲基转移酶（M.CviPI）能将双链二核苷酸识别序列 5´...GC... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。

Dnmt1 在半甲基化 DNA 的 5´... C G ... 3´ 位点甲基化胞嘧啶残基。现认为哺乳动物 Dnmt1 与癌症发生、胚胎发育和几种其它生物功能有关。在细胞循环 S 期的 DNA 复制阶段发生大量的甲基化。

CpG 甲基转移酶（M.SssI）能将双链二核苷酸识别序列 5´ ...C G ... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。用于阻止限制性内切酶的切割，CpG 甲基化依赖性基因表达的研究，研究探针序列特异性与 DNA 大沟的相互作用，改变 DNA 的物理特性，对 DNA 统一进行 [3H] 标记，减少限制性内切酶的酶切位点数目，提高限制性内切酶的特异性

CpG 甲基转移酶（M.SssI）能将双链二核苷酸识别序列 5´ ...C G ... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。用于阻止限制性内切酶的切割，CpG 甲基化依赖性基因表达的研究，研究探针序列特异性与 DNA 大沟的相互作用，改变 DNA 的物理特性，对 DNA 统一进行 [3H] 标记，减少限制性内切酶的酶切位点数目，提高限制性内切酶的特异性

GpC 甲基转移酶（M.CviPI）能将双链二核苷酸识别序列 5´...GC... 3´ 中所有胞嘧啶残基（C5）甲基化。

Dnmt1 在半甲基化 DNA 的 5´... C G ... 3´ 位点甲基化胞嘧啶残基。现认为哺乳动物 Dnmt1 与癌症发生、胚胎发育和几种其它生物功能有关。在细胞循环 S 期的 DNA 复制阶段发生大量的甲基化。

SET7甲基转移酶可甲基化组蛋白 H3的4 位赖氨酸（Lys 4）。甲基化作用发生在赖氨酸残基的ε氨基基团。广泛存在的 Lys 4 的双甲基化或三甲基化的组蛋白 H3 是具转录活性的染色质的标志。 SET7 甲基转移酶可甲基化组蛋白 H3 的 4 位赖氨酸（Lys 4）。甲基化作用发生在赖氨酸残基的 ε 氨基基团。广泛存在的 Lys 4 的双甲基化或三甲基化的组蛋白 H3 是具转录活性的染色质的标志。

EcoRI 甲基转移酶能对GAATTC序列中的内侧腺嘌呤残基（N6）进行甲基化修饰。

dam 甲基转移酶能对GATC 序列中的腺嘌呤残基（N6）进行甲基化修饰。

HaeⅢ 甲基转移酶能对GGCC序列中的内侧胞嘧啶残基（C5）进行甲基化修饰。

HhaI 甲基转移酶能对GCGC 序列中的内侧胞嘧啶残基（C5）进行甲基化。

TaqI 甲基转移酶对TCGA序列中的腺嘌呤残基（N6）进行甲基化。

AluI 甲基转移酶能对AGCT序列中的胞嘧啶残基（C5）进行甲基化修饰。

dam 甲基转移酶能对GATC 序列中的腺嘌呤残基（N6）进行甲基化修饰。

PRMT1 是一种主要的蛋白质精氨酸甲基转移酶。可在体外和体内特异性甲基化组蛋白 H4 的 3 位精氨酸（Arg 3）。组蛋白 H4 的 Arg 3 甲基化有助于核激素受体的转录激活。p53 引发的转录激活中，PRMT1、p300 和 CARM1 的有序协同作用可在异位的 p53 表达后的，和/或经 UV 放射后的 GADD45 基因上观察到。 人PRMT1甲基转移酶是一种主要的蛋白质精氨酸甲基转移酶。可在体外和体内特异性甲基化组蛋白H4的3位精氨酸（Arg 3）。