两名布朗大学的计算机科学教授正在开发一种DNA测序的新方法，他们相信他们的这一新方法将较目前测序人类基因组的技术更快，而且更高效。Franco Preparata和Eliezer Upfal正努力发展一种较少使用的测序方法——杂交测序。在他们的方法中，他们在DNA探针中插入作用类似通配符的缺口。

当进行DNA测序时，科学家们寻找在DNA特定链上含有的碱基（A，C，G，T）的排列序列。

在有10年历史的杂交方法中，DNA碱基短序列——6到20个碱基长——用作找到含在一个长链DNA中的碱基的探针。将要被测序的DNA结合到小小的玻璃芯片（微阵列）上的一些探针上。

目的DNA结合到与其序列相匹配的探针上（T总是与A相配，而G总是与C相配）。然后DNA可以被检测到并被阅读序列。利用从微阵列上的探针获得的信息，一个计算机程序然后可以用来构建目的DNA链上的长距离的碱基序列。目前的技术仅仅能构建长为几百碱基的序列。

“我们的方法是可以保证你能够对长得多的DNA片断进行测序，而不是仅仅几百个碱基，你可以测序数万个碱基。”

基于新的数学知识，Preparata和Upfal已经设计了一个芯片上探针的新模式。在新的模式中，每个探针中的一些DNA碱基被缺口所取代，这种缺口的作用就象是通配符的作用。新设计的探针比以前的探针可以获得的DNA信息量要大得多。

除了设计出新探针，他们还开发出了适用于新探针模式的新算法。这种新算法使用从探针获得的信息重新构建原始序列。

Preparata说：“如果通用碱基的作用达到理想情况，这将是一个领先的方法，将是测序方法的一个根本改变。”

——摘译自Sciencedaily网站

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