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数字化生物多样性
【字体: 大 中 小 】 时间:2000年09月30日 来源:
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生物信息学和生物多样性是最近才加入科学词典中的名词,只有在最新的辞典中才能找到它们的解释。“生物信息学”在20世纪90年代开始使用,用来描述储存,处理和交流大量并不断增加的生物学数据的工具和技术,这些数据主要来自于基因组研究。随着计算机应用的迅速推广和处理信息能力的猛烈剧增,生物信息学成为一个重要的新生学科得以实现。本期《Science》的2279页上,Edward O. Wilson发表了一篇特邀评论文章。他在80年代首次提出“生物多样性”概念,包括分类学和现存生物的功能多样性。尽管该领域本身并不是一个崭新的领域,但是它代表了现有的系统学,生态学和仅化学多门学科之间的重新排列以及更近的关系,并且再次提出了一个统一的生物保护呼声。
从某种意义上说,生物信息学和生物多样性是相互服务的。甚至在基因测序的可能性出现之前,数据存储及获取就已经是系统学研究的内容。数据以卡片索引和分类学专论,以及在博物馆和干燥标本集中保存的样品形式保存。只有少数散布在各个不同洲的研究机构中的专家才拥有专门的分类知识。生物信息学革命最终确保了生物多样性研究者们彼此进行有效的交流,为研究的进展提供了一个出发点和统一用语。Wilson指出,如果我们要编辑地球上所有生命的目录,取得这些进展是急需的。这种努力已经扩大了最终将生物多样性信息以可获得的形式放入互联网的公开领域带来的利益。
在这篇特殊的文章中,作者描述了生物信息学和生物多样性之间不断形成的协同性。在2309页中Frank Bisby介绍了一个以互联网为基础的全球研究计划——“物种2000”,该计划以创造一个世界上(已知的)物种索引为目的。他还讨论了该计划和其它相关研究的分类学和生物信息学背景。James Edwards等人在2312页对“全球生物多样性信息工具”进行了讨论,该工具的目的是确保各种现在从生物多样性研究中获得的各种数据库的协调工作。在www.sciencemag.org/feature/data/biodiversity2000.shl上Andrew Sugden和Elizabeth Pennisi还提供了一个到大量相关网站的链接。
如果所包括的各种物种被正确鉴定,这些网络资源被按照历史顺序排列,它们将得到很好的利用。在2306页上的一条新闻故事表明了系统学的重新兴起和学者们将研究成果在网上公布的努力。由于一些数据是数世纪之前获得的,这就提供了对一个世界上所有生物的研究的历史纪录。在2307页的第二条新闻故事介绍了可以帮助研究者按照数百万年的水平对生物多样性进行评估的古生物学数据库放到网上所作的努力。
当然,应用生物信息学技术到生物多样性研究中不排除对较传统的系统学方法和工具的需要,特别是大量样品的处理和野外考察。Wilson强调这些活动,以及对新一代的系统学研究者进行训练的重要性与从前一样。
——摘译自9月29日《Science》