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Celera和HGP基因组序列的差异
【字体: 大 中 小 】 时间:2001年08月18日 来源:
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生物通编译:当Celera和HGP这两个竞争中的组织在二月份发表各自的人类基因组图谱时,彼此都在挑剔对方的图谱质量。现在,首次对这两个组织的基因组图谱进行正式比较,结果证明图谱区别很大,并且结果显示Celera Genomics公司绘制的图谱覆盖范围不够广泛,但精确度更高。
8月9日,在英国HINXTON举行的基因组信息学会议上,爱丁堡医学研究委员会人类遗传学部门的生物信息学负责人Colin Semple,介绍了对4号染色体上6.9Mb的区域(4p15.3 - p16.1)。该区域与双极细胞紊乱相关。这段区域至少96%是爱丁堡大学Kathy Evans和她的工作组使用图谱法独立进行测序的。
Semple研究组用Evans组的数据作为标准,对Celera Genomics和HGP发表的序列进行了比较。恰恰与推测相反,Celera采用的将基因组打断为随机片段的测序方法所得结果比HGP使用的基于图谱的方法要好。Celera在这段DNA区域的拼接错误是HGP的一半,每1Mb有2.08次错拼。
然而,Semple工作组发现,Celera的基因图谱仍然满是漏洞:Celera仅测序了这段区域的23%,而HGP测序了59%。Semple指出他们分析的是2000年9月1日公开的资料,毫无疑问,从那时起这两组序列都更新过了。4号染色体区的精确度是否可推广到其他区域也不得而知。
令人惊讶的是,Semple的陈述几乎没有引发任何批评。的确,比较结果意味着什么很大程度上取决于个人自己的观点。用于HGP基因组序列初期拼接的计算机程序的作者,加利福尼亚大学的Jim
Kent说,“HGP的拼接没有如此多问题,但它有着更大的漏洞。”
Kent说,“考虑订阅Celera数据库的科学家首先应在公用数据库查阅感兴趣的区域,如果公用数据没什么问题,那么感谢上帝为他们节省了2万美元。”(版权所有
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