２００１年最具价值的合作协议是由ＩｍＣｌｏｎｅ系统公司达成的。该公司主要研制抗癌药物，尤其是单克隆抗体ＩＭＣ－Ｃ２２５（ｃｅｔｕｘｉｍａｂ，现被称作Ｅｒｂｉｔｕｘ）。在１９９８年，ＩＭＣ－Ｃ２２５的研制和开发使得ｌｍＣｌｏｎｅ系统公司与德国默克制药公司（Ｍｅｒｃｋ ＫｇａＡ）之间的关系得到了巩固。后者从ＩｍＣｌｏｎｅ手中获得了该公司表皮生长抑制剂在欧洲的开发和市场推广权，这笔交易的金额达到６０００万美元。２００１年９月，ｌｍＣＩｏｎｅ公司又准备与百时美施贵宝达成一笔价值２０亿美元的交易。但此后仅过了３个月，ｌｍＣＩｏｎｅ的市场推广申请遭到了美国食品与药物管理局（ＦＤＡ）的拒绝，并被指控误导公众认为ＩＭＣ－Ｃ２２５会立即获得批准。目前美国国会正就这一指控展开调查。

　　尽管发生了上述的麻烦，但ＩＭＣｌｏｎｅ公司和百时美施贵宝之间的合作还是说明了生物技术公司处于研制后期阶段的产品具有很高的市场价值。目前，ＩｍＣｌｏｎｅ公司还在与百时美施贵宝公司就后者以减让利润和６０％专利许可费的形式出资１０亿美元作为股权投资的交易进行洽谈。

　　美国Ｉｓｉｓ药物公司是另一家与制药公司达成合作协议的生物技术公司。在去年８月，该公司与礼来公司进行合作，该项目市场价值至少达到２亿美元。该合作围绕Ｉｓｉｓ药物公司用于治疗非小细胞肺癌的反义合成药物ＩＳｌＳ－３５２１展开，目前该药处于Ⅲ期试验阶段。礼菜公司同意支付Ｉｓｉｓ已经投入Ⅲ期试验的费用，并预先支付２５００万美元许可费，同时承担剩余的研发及今后注册所需经费，而且还购买Ｉｓｉｓ公司９９％的股份。Ｉｓｉｓ公司还因此获得１亿美元无息贷款。双方还将在治疗代谢疾病和炎症疾病的反义药的开发方面进行为期４年的合作。这笔交易并不仅仅使Ｉｓｉｓ公司为自己的后阶段研发寻求到了一个商业伙伴。这项合作还相当于对Ｉｓｉｓ公司技术的认可，并可能为此吸引到一些潜在的合作伙伴。在Ｉｓｉｓ公司受益的同时，礼来公司也同样获益匪浅，他可与Ｉｓｉｓ公司的技术进行长期的合作，以驱动Ｉｓｉｓ－３５２１的销售，并通过贷款为合作伙伴提供了诱人的低成本现金交易。

　　百时美施贵宝与一家美国的公司Ｅｘｅｌｉｘｉｓ也签署了合作协议。他们在抗癌药物上的合作显示了一个掌握创新技术、有明确未来发展规划的生物技术公司怎样吸引制药公司资助以达到自己的目标的。像Ｅｘｅｌｉｘｉｓ这样的公司所追求的不只局限于联手大制药公司带来的财务上的利益。Ｅｘｅｌｉｘｉｓ预计这项价值２亿美元的合作协议不仅可为该公司提供流动资金，还可使其获得专利使用费以及一项处于临床阶段的产品。并且还将使该公司能够建立自已的临床开发设施，从而获得更好的发展基础。百时美施贵宝与Ｅｘｅｌｉｘｉｓ的合作协议表明了生物技术公司越来越意识到联手大制药公司、规避自身风险的重要性。

　　２００１年签署的其他重要合作协议包括：拜耳和ＣｕｒａＧｅｎ公司的双重协议，该协议于２００１年１月签订。他们将在糖尿病和肥胖症药物的研发和商业化上开展合作，它将使拜耳在药物开发上的实力大增。该协议的另一令人注目之处在于ＣｕｒａＧｅｎ的投资，在研究经费的支出上ＣｒａＧｅｎ将和拜耳相等，同时他还要分担一半的开发成本，以此换取更大比例的收益分成。协议的第１部分牵涉到１３．４亿美元的投资，第２部分为拜耳出资８５００万美元购买ＣｕｒａＧｅｎ的股份，并提供３９００万美元资金。

　　英国Ｃｅｌｌｔｅｃｈ公司２００１年２月与法码西亚公司签署了一项合作协议，该协议被认为是欧洲生物技术领域历史上最大的一笔交易。该合作围绕Ｃｅｌｌｔｅｃｈ公司的关节炎药ＣＤＰ８７０展开，该药预计将在今年进入Ⅲ阶段试验，并可能实现关节炎治疗的重大突破，预计最高销售额将可能达到１０亿美元。Ｃｅｌｌｔｅｃｈ从法码西亚手中获得２．３亿美元的特许费，并保留在所有主要市场对该药的合作推广权。此外，他们还就法码西亚公司的关节炎药Ａｒｔｈｒｏｔｅｃ（双氯芬酸＋米索前列醇）在英国和法国的合作推广权展开洽谈。

　　诺华公司和Ｉｍｍｕｓｏｌ公司签订了一项合作协议，后者将其发现潜在癌症药开发，并因此获得１．５亿美元。诺华公司已经和很多生物技术公司建立了联盟，目前该公司有３０％的研究预算用于外部合作。

　　Ａｌｔａｎａ公司和ＧＰＣ生物公司的合作协议是生物公司和中型制药公司之间开展的具深远意义的合作之一。２００１年１１月，Ａｌｔａｎａ宣布在美国波士顿建立一个基因研究中心，投资金额为１．２亿美元，其中一半将支付给ＧＰＣ生物公司以使其为该中心提供基因组技术、蛋白质组技术和生物信息技术，并就２种药物的开发进行合作。