许多年来生物信息学（Bioinformatics）和化学信息学（Cheminformatics）一直是科学领域内两个互不相干的独立学科。但近年来随着新药研究中产生的各种数据越来越多，一方面是庞大的基因组数据库，另一方面是每天可以筛选数百万种化合物的高通量化学筛选方法，为了更有效地利用这些信息，破译其中所涉及的各种机制，生物信息学和化学信息学的联合就成了必然的趋势。

然而由于这两个领域有着完全不同的语言与操作协议，因此要让生物信息学和化学信息学之间的壁垒完全消除，可能还需研究人员彼此间的相互努力。例如，“活性”（activity）一词在化学中用来特指分子与底物的反应，而在生物学中这个词则泛指有机体或其中某一成分的活性，而且这两个领域在解决同一问题时往往采取不同的方式。最近从事生物信息学研究的Lion Bioscience公司采取与外界公司合作的方式很好地解决了这一问题。另外，德国制药巨头拜耳宣布出资2500万美元促成Lion公司与老牌化学信息学公司Tripos合作，整合一个统一的信息学平台为拜耳的新药研究与开发服务。这种整合的平台（Ferrarn）将Tripos公司的Meta Layer信息系统和早于1999年已被拜耳所收购的Lion公司的信息平台联合了起来。据Lion公司的CEO说，这项交易是一种思维转换的信号，要加速新药的开发过程，信息处理与开发工具同等重要。Ferrarn是一种集高通量筛选、分子建模和基因组数据库分析于一体的信息台，是生物信息学和化学信息学的完美结合，它将使新药的研发过程大大提速。

并购显神通

2500万美元使Lion公司在这场竞争中暂时处于领先的位置，但这也标志着一场真正的竞争已经开始。Pharmacopeia公司负责分子建模的子公司Molecular Simulations公司则在竞争中采取了收购的策略，而MSI公司则以2500万美元同样的价格收购了化学信息学公司Synopsys Scientific Systems公司。在2002年9月份，这两家公司都曾购买了Oxford Molecular Group公司的生物信息学软件GCG及其相关技术。在宣布这两项交易时，Pharmacopeia公司的董事长Joseph Mollica特别强调说他们这次收购的主要目的是为了开发一种整合系统的新药研制工具，而一些生物信息学和化学信息学人士则早已将目光投向对方的领域。另外，生物信息学软件开发商Net Genics公司不久前宣布它为辉瑞公司开发了一种整合的新药开发平台，并取得突破性进展。据报道，该平台应用了一个联合的数据库和可视数据库，使用者可以进行交叉数据查询，并从化学库、SNP库和序列数据库中同步提取信息（这个数据库只是NetGenics公司对生物信息学和化学信息学进行整合的一部分）。另外，大多数新药研制机构都有自己的信息数据库，应用这一系统可以利用自己的，也可以利用他人的数据库进行研究。NetGenics公司已经为此从FamilyGenetix公司购买了Chem Symphony和Meta Symphony两个化学程序。

生物学为化学信息学带来新的机遇

由MSI公司两名雇员在圣迭哥开办的ScoTegic公司，已经开始了药物开发信息学平台的研究。ScoTegic公司大约有12名雇员，由于公司太小，很难得到生物信息学方面的合作伙伴。为了整合已经存在的信息平台，他们着手开发了自己统一的信息平台。ScoTegic公司首席执行官Mathew Hahn说，他们认为现有的公司很难不受原有系统的妨碍来开发新一代的系统。要求现有的公司低价出售原有的软件去开发新的软件是非常困难的。ScoTegic公司信息平台的程序设计可以从不同的数据库中提取信息，就像从一个有机整体中获取信息一样。这种方法比现有的所有生物信息学和化学信息学整合软件平台都要快捷。ScoTegic还说，MSI公司已经进行了4次合并，整合是一个非常痛苦的过程，并且非常的缓慢。这个领域的竞争非常激烈，真正的胜出者将是那些能够快速消除生物信息学和化学信息学鸿沟的企业。ScoTegic公司在这方面还有很长的路要走。他们已经向Agouron Pharmaceuticals公司销售和安装了他们的信息软件，还为其他3家公司做了相应的软件，但是还没有宣布交易的事项，因为他们的软件目前仍主要属于化学信息学系统。

同时，Lion公司的Von Bohlen说，他们和Tripos公司正在一起进行几项交易的谈判。和他们谈判的不仅有制药公司，还包括农业生物与生物技术公司。他们正在和很多公司进行讨论，其中的有很多公司似乎已经看到了隐藏在背后的巨大商业潜力。

摘自 医药快讯信息网