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搜索疾病连锁基因的遗传“路线图”
【字体: 大 中 小 】 时间:2003年07月16日 来源:
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[生物通讯]Rutgers大学的遗传学家Tara Matise 和她的同事设计出一个可以帮助查明糖尿病、高血压和精神分裂症等严重疾病的连锁基因的“遗传路线图”。
这个连锁图是根据近3000个位置已知的遗传标记之间发生互作和重组的数量绘制的。这些遗传标记就是单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphisms ,SNPs),即人们携带的某一基因一个DNA位点上的差异。
描述这个连锁图的文章将发表在8月期的《美国人类遗传学杂志》上,现已在杂志网站上公布。文章的第一作者为Matise,合著者包括助理教授Steven Buyske和研究生Chunsheng He,全部来自Rutgers大学。
Matise指出,SNP为寻找致病基因提供了一条捷径,因为SNP不仅数量丰富,而且易于分析。许多SNP位于某种疾病相关基因之内,还有一些位于这些基因附近,她补充说。
“我们面临的挑战是如何计算重组距离,这是衡量遗传标记之间相互作用的一种方法。”Matise解释说。她是遗传学系的一名副教授。“这是首个描述SNP互作的连锁图,--全基因组SNP连锁图,该图提供了我们通过分析寻找疾病基因所需的数据。
”由于我们的连锁图比其它类连锁图的密度大得多,含盖的标记也更多,因此我们想要看看这个图究竟有多好。我们进行了一些计算,将我们SNP图中信息内容与一些现有的常用于基因组筛查的遗传图做了比较。”Matise称。“结果,我们的图谱等同甚至超过了目前使用的其它图谱。”
Matise解释说,没有这类图谱,在人类基因组中进行基于SNP的全基因组疾病基因连锁筛选就无法进行。目前,这种筛选是通过专门的、客户定制的高通量基因型分析仪进行的。
但在文章中,Matise和合著者写道:“可以预见,成功识别出一组专门用于连锁分析的SNP如我们这篇文章中所描述的这组,将会促进开发出用同样的标记组进行大规模基因型分析的节约成本的方法。(生物通编译)