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中山大学Nature Genetics公布研究新成果
【字体: 大 中 小 】 时间:2011年01月07日 来源:生物通
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中山大学生命科学学院贺雄雷教授带领的研究小组日前在国际顶尖学术期刊NatureGenetics(《自然-遗传学》)上发表论文指出哺乳动物中单条X染色体的总体表达量约为两条常染色体总表达量的一半,而不是之前认为的与两条常染色体的总表达量相当,由此颠覆了国际上著名的关于性染色体演化的Ohno假说。
生物通报道 中山大学生命科学学院贺雄雷教授带领的研究小组日前在国际顶尖学术期刊NatureGenetics(《自然-遗传学》)上发表论文指出哺乳动物中单条X染色体的总体表达量约为两条常染色体总表达量的一半,而不是之前认为的与两条常染色体的总表达量相当,由此颠覆了国际上著名的关于性染色体演化的Ohno假说。
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贺雄雷2007年从美国密歇根大学博士毕业后,通过中山大学“****”引进回校直接被聘为教授,时年仅30岁。回校后,贺雄雷教授致力于性染色体的研究,其发现颠覆了长期以来理解X染色体演化的理论框架,为性染色体演化的研究翻开了全新的一页。
性别的产生是生物进化的重要事件。哺乳动物的性别是由性染色体决定,因此关于性染色体的起源与演化是生物学家长期关注的问题。贺雄雷教授领导的研究小组利用基于第二代基因测序技术的RNA-Seq数据,发现相对于传统的基因芯片技术,RNA-Seq技术能更好的捕捉不同基因间的表达差异;同时,RNA-Seq数据表明哺乳动物中单条X染色体的总体表达量约为两条常染色体总表达量的一半,而不是之前认为的与两条常染色体的总表达量相当,由此否定了著名的关于性染色体演化的Ohno假说,并对性染色体相关的剂量补偿提出了新的问题。
同时,这也是首例基于基因芯片技术的重要生物学结论被基于 RNA-Seq 技术的数据所否定。有人指出,考虑到基因芯片技术在过去十几年里应用的广泛程度,该发现意味着利用这一传统研究方式获得成果将存在着被动摇的可能性,对整个领域是一个重要警示。
研究论文自2010年12月在国际顶尖学术期刊 Nature Genetics (《自然 - 遗传学》影响因子 34.284 )上发表后,迅速被 Science Nature Reviews Genetics等其它顶级学术期刊报导。论文第一完成单位为中山大学,生科院 2006 级生物信息学博士生熊远妍、 2008 级生化与分子生物学博士生陈小舒为论文的共同第一作者,美国密歇根大学张建之教授为此项工作的主要合作者。
附: RNA-Seq 技术
RNA-seq即转录组测序技术,就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。
转录组是某个物种或者特定细胞类型产生的所有转录本的集合。转录组研究能够从整体水平研究基因功能以及基因结构,揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。基于Illumina高通量测序平台的转录组测序技术使能够在单核苷酸水平对任意物种的整体转录活动进行检测,在分析转录本的结构和表达水平的同时,还能发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点以及cSNP(编码序列单核苷酸多态性),提供最全面的转录组信息。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。
技术优势:
数字化信号:直接测定每个转录本片段序列,单核苷酸分辨率的精确度,同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
高灵敏度:能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
任意物种的全基因组分析:无需预先设计特异性探针,因此无需了解物种基因信息,能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因,发现新的转录本,并精确地识别可变剪切位点及cSNP,UTR区域。
更广的检测范围:高于6个数量级的动态检测范围,能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。
应用领域:转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪切研究等),转录本变异研究(如基因融合、编码区SNP研究),非编码区域功能研究(Non-coding RNA研究、microRNA前体研究等),基因表达水平研究以及全新转录本发现。
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