生物通报道：近期Natureasia公布了过去一年（2010年）当中，在Nature杂志上发表文章的亚太地区分布情况，从研究机构，国家和杂志各方面进行了排列。

文章的数量能反映这个特定的研究机构或者国家在这一领域的总共的文章数量，因此这一排序对于了解各国，已经各研究机构2010年所获得的成果具有重要的意义。

为了确保正确性，这一检索考虑了每个作者的附属机构，以及每个机构的作者百分比，每个作者在文章中的贡献大小没有列入考虑的范围，并且呈递地址也没有囊括进排列中。所有的文章排列分别考虑了Articles&Letters和Reviews。

在这些排名中，2010年发表Nature旗下期刊文章（包括Articles & Letters和Reviews）数量最多的研究机构是日本的东京大学（文章数量：92篇），其次是日本RIKEN（文章数量：47篇），第三是中国科学院（文章数量：44篇）。

其中清华大学：

《Nature》（Articles&Letters）5篇

Crystal structure of the FTO protein reveals basis for its substrate specificity

肥胖对人类健康有着重要的影响。2007年，人们利用全基因扫描技术发现FTO基因（FaT mass and Obesity associated）与肥胖密切相关。含有多态性SNP rs9939609的FTO基因纯合子的人群比不含有此等位基因的人群的平均体重重3KG。随后在不同的国家和民族（包括汉族）的调查都确证了此相关性。小鼠基因敲除实验也表明FTO基因与肥胖密切相关。随着对FTO基因功能研究的深入，生物信息学研究预测FTO基因编码一种依赖二价铁和酮戊二酸的一种双加氧酶，其底物主要是单链核酸上3-甲基化修饰的胸腺嘧啶或尿嘧啶。但是对其底物特异性性选择的分子机理还不清楚。

研究人员表达了人源FTO基因的蛋白，通过不同片段克隆与结晶条件的筛选，最终，利用NOG（一种α-酮戊二酸类似物，能与FTO结合但是酶反应不能进行）替代α-酮戊二酸获得了FTO蛋白与3-甲基化胸腺嘧啶核苷复合物的晶体结构。对结构的分析发现FTO基因N末端具有典型的依赖二价铁和酮戊二酸的一种双加氧酶特征外，结合生化实验，也揭示了FTO基因所独有的三点重要信息：第一， 由α-螺旋构成的C末端未知结构域对稳定N末端催化核心结构域具有重要作用。第二，FTO通过一个独有的长loop来达到选择单链修饰DNA或单链修饰RNA活性的结构基础。就我们目前所了解，FTO选择单双链的机理，是一种以前没有发现过的全新机理。第三，R96与3-meT的O2形成的氢键和Glu234主链的氨基N原子和3-meT的O4形成的氢键是FTO蛋白特异性识别3-甲基化修饰的U和T的主要结构基础。另外，结构与生化实验显示FTO 对3-甲基化修饰的U比T活性更强，提示在体内的生理条件下，甲基化的单链RNA可能是FTO的生理底物。

这一结果也对FTO体内的功能方式有提示意义。因为体内甲基化的T很少。而3-甲基化修饰的U存在于核糖体等RNA中，结合其主要结合单链核酸的特性，提示FTO在体内可能通过影响修饰的核糖体的稳定性等来影响脂肪代谢，从而引起肥胖。我们复合物的结构也为设计通过干扰FTO的酶活性的小分子抑制剂提供了基础。

Structure and mechanism of the S component of a bacterial ECF transporter

来自清华大学生科院、医学院、普林斯顿大学Lewis Thomas实验室等单位的研究人员报道了一种重要的转运因子的蛋白结构，这一结构的6个跨膜区域以未报道过的新折叠形式出现，这一发现对于了解核黄素（维生素B2）的运输，以及进一步拓展其生物学结构具有重要意义。

该研究组近期研究发现了一类重要的蛋白：能量耦合因子（energy-coupling factor，ECF）转运蛋白，这类蛋白是一些微量营养元素的运输因子，负责原核生物的维生素摄入。每个ECF转运因子都包含一种嵌入细胞膜的能结合底物的蛋白结构——S组件。这一结构是能量耦合的关键部件，由两个ATP结合蛋白和一个跨膜蛋白组成。然而目前这一结构的具体构架，以及运输机制并不清楚。

在这篇文章中，研究人员确定了金黄葡萄球菌核黄素转运因子S组件，即RibU的X-射线晶体结构。这一分辨率为3.6-?的结构显示，RibU包含了6个跨膜区域；这6个区域以一种之前未见报道的方式折叠（如下图），其中核黄素是绑定在L1环和几个跨膜片段的周质部分上的。这种“膜嵌入基质结合域”结构揭示了一种保守的蛋白结构特征，也说明了ECF转运因子的运输机制。

Structure and mechanism of the hexameric MecAClpC molecular machine

清华大学生命科学院施一公教授领导的研究组与王佳伟副教授合作在《自然》在线发表论文，报道原核细胞蛋白酶体调节亚基MecA-ClpC异六聚体结构与功能的研究。

ATP依赖的可调控蛋白质水解广泛存在于大多数生命体中，对于及时清除机体内的垃圾蛋白以及调节蛋白具有十分重要的作用。原核生物中负责这一功能的蛋白酶体由调节亚基-Clp/Hsp100家族成员同催化亚基ClpP两部分组成。研究发现，Clp/Hsp100家族蛋白都是以六聚体形式执行功能。ClpC是Clp/Hsp100家族的重要成员，含有两个AAA+(ATPasesassociatedwithdiversecellularactivities)结构域（核酸结合结构域），与该家族其它成员不同的是，ClpC的六聚体形成及其进一步的激活需要接头蛋白MecA的参与。利用ATP水解的能量，激活后的六聚体MecA-ClpC分子能够去折叠特异性蛋白质底物，并将生成的去折叠多肽链转运到ClpP中降解。但是，MecA如何介导ClpC形成六聚体并激活ClpC的分子机制一直都没有明确的解释。

Structure of a fucose transporter in an outward-open conformation

信号传导等各种生理过程中起着重要作用。由于MFS转运蛋白的重要生理功能，它们的结构与功能受到了广泛的关注。然而迄今为止，这个家族中只有三个蛋白的结构被报道，并且观测到的仅有向胞内开放与两端封闭两种构象。一直以来，为了证明最基本的转运原理适用于MFS家族，本领域迫切希望获得向胞外开放的MFS转运蛋白的构象。

为理解MFS蛋白的工作机理，颜宁研究组选择了糖转运蛋白的代表FucP作为研究对象，FucP是一类依赖于质子梯度的同向共转运蛋白（Proton Symporter），具有高度的底物特异性。清华生命学院两位本科生党尚宇、孙林峰同学从三年级暑假开始着手研究该蛋白的结构与功能，经过一年半的探索，终于在2009年秋获得了FucP在3.1埃分辨率的晶体结构。此结构显示FucP处于向胞外开放的构象，这是第一个MFS家族的此类结构，原则上证明了MFS家族两个构象互变以转运底物的猜想。FucP分为N和C两个结构域，转运通道一目了然。非常有意思的是，N domain朝向转运通道一侧的表面电势主要为负电性，而C domain的表面则主要为疏水性和正电性。得到蛋白结构以后，在黄永鉴等同学的大力帮助下，他们又经过近半年的生物化学研究，揭示了FucP在底物识别和转运，以及质子传递偶联过程中起关键作用的残基D46和E135。这些研究显示，FucP与LacY存在着不同的质子传递机理，为理解MFS家族提供了一个新的重要研究系统。

Termination of autophagy and reformation of lysosomes regulated by mTOR

这篇是台湾大学医学院与清华大学合作的成果。

（生物通：万纹）

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