南京师范大学江苏省生物多样性与生物技术重点实验室在期刊Fish & Shellfish Immunology上发表了题为“Identification and comparative analysis of the Eriocheir sinensis microRNA transcriptome response to Spiroplasma infection using a deep sequencing approach”*的论文，欧江涛为第一作者，王文教授为通讯作者。作者利用Illumina/Solexa深度测序技术对分别来自正常情况下和颤抖病螺原体（Spiroplasma eriocheiris）感染的中华绒螯蟹血细胞的2个small RNA文库进行了测序，发现miRNA可能在寄主-病原相互作用过程中发挥着关键作用。

中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）在中国是一种重要的淡水养殖甲壳类水产。microRNA（miRNA）是一类非编码小RNA分子，它们在复杂的寄主-病原的相互作用网络中是重要的效应物。为了增加对甲壳动物miRNA表达模式的了解，检验寄主miRNA表达与病原感染之间的关系，作者利用Illumina/Solexa深度测序技术对分别来自正常情况下和颤抖病螺原体（Spiroplasma eriocheiris）感染的中华绒螯蟹血细胞的2个small RNA文库进行了测序。

利用高通量测序从正常血细胞样本获取了约30,975,151个原始读数（Raw Reads），对应12,077,088个可比对数据（Mappable Reads）；被感染血细胞样本共得到30,826,277个Raw reads，对应16,271,545个Mappable Reads。经生物信息学分析鉴定出735个miRNA，包括36条甲壳动物的保守序列，134条首次在蟹类中发现，但已存在于其它节肢动物中的序列（PN类），以及565条全新的序列（PC类）。228条miRNA在正常和被感染血细胞样本间具有显著性差异表达（p < 0.0001）。其中，133条（58%）miRNA因颤抖病螺原体的感染而表达显著上调，另外95条则（42%）显著下调。选取10条miRNA进行实时定量PCR（RT-qPCR）实验，定量结果与测序结果吻合。

本研究首次对中华绒螯蟹miRNA进行全方位鉴定，并对受S. eriocheiris侵染的中华绒螯蟹miRNA进行了表达谱分析。许多miRNA在病原体侵染后会出现差异表达，这为某些miRNA在寄主-病原相互作用过程中发挥关键作用的假说提供了证据。本研究结果说明，假如能阐明miRNA调控寄主先天免疫系统的分子机理，将会有助于研发预防或是应对S. eriocheiris侵染甲壳动物的新防治策略。

* Ou J, Meng Q, Li Y, et al. Identification and comparative analysis of the Eriocheir sinensis microRNA transcriptome response to Spiroplasma eriocheiris infection using a deep sequencing approach. Fish Shellfish Immunol. 2012 Feb;32(2):345-52. Epub 2011 Dec 6.

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