近年来，上海药物所围绕“出新药”目标，根据国际创新药物研究的新进展和新趋势，在药学基础和应用基础研究方面不断深入探索，在国内外重要学术期刊上发表了一系列重要研究成果，引起广泛关注。

根据《中国科学院生物类研究所论文与引文统计》（2006-2011年）统计报告，在中科院104个科研机构中，药物所论文发表总数位居第二。在生命科学领域期刊发表论文总数位居第四；其中药理学与毒理学学科论文数排名第一。药物所的SCI论文、EI论文发表（全部著者和第一著者）的总数均排名第二。在JCR各主题领域影响因子TOP 30%期刊上的发文量及被引频次（SCI全部著者和第一著者），排名第二；在JCR各主题领域影响因子TOP 10%期刊上的发文量及被引频次（SCI全部著者和第一著者），排名第三。在非中国大陆编辑出版的国际期刊上的论文（SCI全部著者和第一著者）发表数量，位居第二。

2006-2011年，中科院科研机构的全部著者论文被SCI收录最多的前300位著者中，药物所占 50位，6位著者进入前20。其中，蒋华良研究员位居中科院第一名，李佳研究员位居第十一名，丁健研究员位居第十五名。

2011年中科院科研机构的SCI全部著者论文被WOS (Web of Science)引用最多的前50篇论文中，药物所就有10篇论文。其中，李亚平研究员2011年在期刊Small上发表的论文排名第七。

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