2011年12月27日，上海派森诺生物科技有限公司利用MiSeq高通量测序仪一次运行同时完成了两株益生乳酸菌（Lactobacillus casei Zhang和Lactobacillus plantarum P8）的基因组测序，基因组测序覆盖深度分别为404倍和213倍。同参考序列比对的结果显示，基因组覆盖率为100%，并发现了数百个以前未知的变异位点，包括SNP位点、插入和缺失，同时检测到了全部质粒序列（结果见表1）。挑选其中一个菌株的数据重测序拼装，得到覆盖整个基因组的7个scaffold。

   Lactobacillus casei Zhang 和Lactobacillus plantarum P8是内蒙古农业大学张和平教授课题组分别从内蒙古牧区自然发酵的酸马奶和酸牛奶中分离出的具有显著益生效果的乳酸菌菌株，已分别采用一代Sanger法和454测序技术完成了基因组序列测定，并进行了功能验证和部分人体试验。其中Lactobacillus casei Zhang是我国首例具有测定基因组图谱和独立知识产权的益生乳酸菌菌株，现已作为商业菌种用于生产酸奶制品并投放市场。

   上海派森诺生物科技有限公司（Shanghai Personal Biotechnology Co., Ltd.）在成功打造“高通量测序、遗传分析和DNA一代测序合成”三大系统服务平台于基础上，率先引进了中国第一台Illumina新一代个人化测序平台（Illumina MiSeqTM ）和亚太区第一台罗氏升级版测序平台（Roche 454 GS FLX+ system）。MiSeq个人化测序仪是在高通量测序领域占主导地位的 Illumina公司近期推出的新一代测序系统。MiSeq系统的测序通量从最初的1Gb的运行通量，到现在的2Gb数据产量，而很快又会实现7Gb的数据产量；它读长选择灵活，既可以使用短片段读取的方法，又可以通过2x150bp的配对末端读长读取适合de novo拼装。

   上海派森诺生物科技有限公司益生乳酸菌基因组测序结果表明，MiSeq平台的测序通量和读长适宜，基因组覆盖率和测序准确性高，能够检测到基因组上多个突变位点和不同的结构变异。此外，基因组测序实验周期短，完成两株菌基因组测序工作只需27小时，节约了大量宝贵时间。因此，MiSeq平台能够为微生物基因组图谱构建、比较基因组学分析和功能研究提供高质量数据，因此非常适用于微生物基因组测序工作，此外，上海派森诺生物科技有限公司已利用MiSeq完成了动植物转录组测序、miRNA测序、宏基因组测序、扩增子测序等工作。

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