CSH Protocols:检测小RNA的新方法

【字体: 时间:2013年01月07日 来源:生物通

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  新年到,新的一期冷泉港实验方案(Cold Spring Harbor Protocols)发布了。这一期精选了两篇protocol,分别介绍高速双光子成像以及通过夹板连接方法来检测小RNA。大家可点击下面的文章标题,免费阅读。

  

新年到,新的一期冷泉港实验方案(Cold Spring Harbor Protocols)发布了。这一期精选了两篇protocol,分别介绍高速双光子成像以及通过夹板连接方法来检测小RNA。大家可点击下面的文章标题,免费阅读。

High-Speed Two-Photon Imaging

这篇protocol改编自《Imaging: A Laboratory Manual》一书,作者是Gaddum Duemani Reddy 和Peter Saggau。

双光子显微镜在实验生物学中正变得越来越有必要。其应用范围包括追踪细胞和亚细胞的运动,监控稀有事件,并记录小型结构的高速信号。神经元树突和树突棘很小,而神经电生理信号又很快,如膜电位或离子浓度的瞬变,这使得这些结构的功能研究必须使用高时空分辨率的记录方法。

在这方面,传统的双光子显微镜,再加上对生理参数敏感的荧光指示剂,只提供了部分解决方案,带来了近衍射极限的空间分辨率。这是因为,传统的双光子显微镜使用相对较慢的束扫描方法,它严重限制了功能数据可被记录的程度。

在这篇protocol中,作者详细介绍了高速双光子成像系统的发展,并讨论了在选择附加部件时必须考虑的重要因素。作者提到,大部分高速双光子成像系统在光学设计上类似于传统的系统,包含四个主要的部件:光源、扫描仪、显微镜和检测器。不过,这些部件的选择主要取决于所使用的扫描技术。

Splinted Ligation Method to Detect Small RNAs

这篇protocol改编自《RNA: A Laboratory Manual》一书,作者是美国凯斯西储大学(Case Western Reserve University)RNA分子生物学中心主任Timothy W. Nilsen博士。

在任何细胞中,RNA种类的数目都是非常复杂的。RNA的大小从20 nt到几kb不等,且丰度也差异很大,每个细胞中可能只有几个拷贝,也可能有几十万个拷贝。如今大家对于RNA的兴趣日益浓厚,希望了解特定RNA物种的丰度和完整性。

这篇protocol介绍了一种检测小RNA的新方法:夹板连接法(splinted ligation)。它的原理是:在互补的“DNA夹板”或“桥梁”寡核苷酸存在时,依靠T4 DNA连接酶将RNA分子的末端3’-羟基与DNA链经过标记的5’-磷酸基团相连,之后可通过变性凝胶电泳和磷屏扫描来观察。这种方法建议用于特定小RNA(如miRNA和piRNA)的常规检测和定量。

作者认为,这种方法在检测小RNA上比northern blotting要灵敏得多,且操作更快。同时,它也是定量的,可用于比较不同样品中小RNA表达的水平。

图片来自Cold Spring Harbor Protocols

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