中国科学家Nature子刊发表癌症测序新文章

【字体: 时间:2013年10月15日 来源:生物通

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  来自深圳大学第一附属医院、华大基因研究院、深圳北京大学香港科技大学医学中心等机构的研究人员通过对膀胱癌进行全基因组与全外显子组测序,确定了与姐妹染色单体粘连(cohesion)及分离相关的频发基因变异。研究成果发表在10月13日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。

  

生物通报道  来自深圳大学第一附属医院、华大基因研究院、深圳北京大学香港科技大学医学中心等机构的研究人员通过对膀胱癌进行全基因组与全外显子组测序,确定了与姐妹染色单体粘连(cohesion)及分离相关的频发基因变异。研究成果发表在10月13日的《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。

深圳大学第一附属医院的蔡志明(Zhiming Cai)教授、华大基因研究院的王俊(Jun Wang)博士和深圳北京大学香港科技大学医学中心的桂耀庭(Yaoting Gui)教授为这篇论文的共同通讯作者。

膀胱癌是泌尿系中最常见的恶性肿瘤,构成膀胱的各种组织均可发生癌变。膀胱癌可分为2大类,即从上皮组织发生的肿瘤如移性上皮癌、腺癌及鳞状上皮癌和其他非上皮细胞性肿瘤。其中移行细胞癌(TCC)是膀胱癌的一种主要类型,占膀胱癌的90%,好发年龄在40-70岁之间。膀胱癌在中国的发病率和死亡率均占泌尿系肿瘤的首位。目前,中国男性膀胱癌的年发病率已达十万分之八,并呈逐年上升的趋势。

在这篇文章中研究人员报告称,通过对99名罹患TCC的个体展开全基因组和全外显子组测序,对TCC进行了基因组分析。除证实了以往在TCC中发现的频发基因突变,他们还确定了另外一些与TCC相关的变异基因和信号通路。其中,研究人员发现有两个与姐妹染色单体粘连及分离(SCCS)过程相关的基因:STAG2和ESPL1存在频发突变。研究人员证实,在99个肿瘤中有32个(32%)包含SCCS过程相关遗传突变。并且,他们还通过对42个经DNA测序的肿瘤进行转录组分析,确定了FGFR3与SCCS另一个元件TACC3存在频发性融合。

新研究提供的证据表明,影响SCCS过程的遗传变异有可能与膀胱癌的肿瘤形成有关,并为膀胱癌提供了新的潜在治疗分子靶点。

此外,在同一期的Nature Genetics杂志上分别由来自西班牙和美国的科学家们领导的两个研究小组也发表了2篇关于膀胱癌的最新研究论文,筛查了与膀胱癌相关的变异基因。并证实STAG2是膀胱癌中最常发生突变的基因,且尤其与非浸润性的、低风险膀胱癌相关。

(生物通:何嫱)

生物通推荐原文摘要:

Whole-genome and whole-exome sequencing of bladder cancer identifies frequent alterations in genes involved in sister chromatid cohesion and segregation

Bladder cancer is one of the most common cancers worldwide, with transitional cell carcinoma (TCC) being the predominant form. Here we report a genomic analysis of TCC by both whole-genome and whole-exome sequencing of 99 individuals with TCC. Beyond confirming recurrent mutations in genes previously identified as being mutated in TCC, we identified additional altered genes and pathways that were implicated in TCC. Notably, we discovered frequent alterations in STAG2 and ESPL1, two genes involved in the sister chromatid cohesion and segregation (SCCS) process. Furthermore, we also detected a recurrent fusion involving FGFR3 and TACC3, another component of SCCS, by transcriptome sequencing of 42 DNA-sequenced tumors. Overall, 32 of the 99 tumors (32%) harbored genetic alterations in the SCCS process. Our analysis provides evidence that genetic alterations affecting the SCCS process may be involved in bladder tumorigenesis and identifies a new therapeutic possibility for bladder cancer.

 

 


 

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