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中国科学家Nature子刊公布新基因组草图
【字体: 大 中 小 】 时间:2013年10月22日 来源:生物通
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来自合肥工业大学、四川大学、四川省自然资源科学研究院、北京百迈客生物科技有限公司等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组成功绘制出了猕猴桃(Actinidia chinensis)的全基因组序列草图。相关成果发表在10月18日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。
生物通报道 来自合肥工业大学、四川大学、四川省自然资源科学研究院、北京百迈客生物科技有限公司等10多家机构的研究人员组成的一个研究小组成功绘制出了猕猴桃(Actinidia chinensis)的全基因组序列草图。相关成果发表在10月18日的《自然通讯》(Nature Communications)杂志上。
合肥工业大学生物与食品工程学院的刘永胜(Yongsheng Liu)教授,美国康奈尔大学费章君(Zhangjun Fei)博士以及北京百迈客生物科技有限公司的郑洪坤(Hongkun Zheng)是这篇论文的共同通讯作者。
猕猴桃科是杜鹃花目的基础一科,有猕猴桃属、水东哥属和藤山柳属等。猕猴桃属包括有几种具重要经济价值的园艺品种,例如中华猕猴桃、美味猕猴桃、软枣猕猴桃和毛花猕猴桃等。在猕猴桃属中大约有54个物种和75个分类群,所有这些都是多年生、落叶、雌雄异株植物,具有攀缘或蔓生生长习性。
由于其维生素C含量极高,且具有均衡的矿物质、膳食纤维和其他有益健康的代谢产物营养成分,长期以来猕猴桃被称作“水果之王”。广泛的研究报道在猕猴桃中有维生素C、类胡萝卜素和黄酮类化合物的代谢累积。猕猴桃的起源中心是在中国西南部的山区,其驯化史较短,它的种子到20世纪早期才开始被引入到新西兰。通过几十年的驯化,以及付诸极大的努力对野生猕猴桃进行选择已开发出了许多的品种。猕猴桃现已成为了世界上重要的一种新鲜水果,2011年年产量达到144万吨。
尽管已存在有一个广泛表达序列标签(EST)数据库和几个遗传图谱,猕猴桃全基因组序列资源仍然非常有限,而这对于育种及品种改良至关重要。猕猴桃属于杜鹃花目。当前,只有番茄和马铃薯等茄科物种基因组进行过测序,还没有杜鹃花目的物种进行基因组测序的报道。
在这篇文章中,研究人员对在中国广泛种植的一种杂合猕猴桃:红阳猕猴桃(Hongyang)进行了基因组测序及分析,组装出了全长为616.1 Mb,包含39,040个基因的基因组。比较基因组分析结果揭示,猕猴桃经历了一次为核心真双子叶植物所共享的远古六倍化(hexaploidization)事件,以及两次较近的全基因组复制事件。两次近期的复制事件均发生在猕猴桃与番茄及马铃薯分歧后,促成了调控如维生素C、类黄酮和类胡萝卜素代谢等猕猴桃重要特性的基因产生新的功能。
作为第一个杜鹃花目的测序物种,这一猕猴桃基因组序列不仅提供了有关猕猴桃特异性、重要农艺性状的分子基础的一些新认识,有助于推动作物改良,并为更深入地进行进化和比较基因组学分析提供了一个宝贵的资源。
(生物通:何嫱)
生物通推荐原文摘要:
Draft genome of the kiwifruit Actinidia chinensis
The kiwifruit (Actinidia chinensis) is an economically and nutritionally important fruit crop with remarkably high vitamin C content. Here we report the draft genome sequence of a heterozygous kiwifruit, assembled from ~140-fold next-generation sequencing data. The assembled genome has a total length of 616.1 Mb and contains 39,040 genes. Comparative genomic analysis reveals that the kiwifruit has undergone an ancient hexaploidization event (γ) shared by core eudicots and two more recent whole-genome duplication events……
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