GWAS研究发现汉族人两个宫颈癌易感位点

【字体: 时间:2013年10月23日 来源:生物通

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  为了鉴定宫颈癌的遗传风险因素,华中科技大学同济医学院等多家机构的研究人员在汉族人群中开展了全基因组关联研究(GWAS),发现了两个新的宫颈癌易感位点。这项研究成果于8月发表在《Nature Genetics》杂志上。领导这一项研究的是华中科技大学的马丁教授。

  

一提起宫颈癌,大家首先想到的罪魁祸首肯定是人乳头瘤病毒(HPV)。这是一种常见的病毒,通过性接触传播。然而,大部分HPV感染可自行消退,只有不到4%的个体会发展成持续感染,进而有可能发展成癌前病变或癌症。这表明,宿主遗传特征和病毒之间也存在着复杂的关系。

为了鉴定宫颈癌的遗传风险因素,华中科技大学同济医学院等多家机构的研究人员在汉族人群中开展了全基因组关联研究(GWAS),发现了两个新的宫颈癌易感位点。这项研究成果于8月发表在《Nature Genetics》杂志上。领导这一项研究的是华中科技大学的马丁教授。

在发展中国家,宫颈癌是导致妇女死亡的最主要的恶性肿瘤之一。大量的流行病学和临床证据表明,高危型HPV的持续感染是主要的风险因素,也是发展成宫颈癌所必需的;在99.7%的宫颈癌病例中检测到HPV感染。然而,单纯的HPV感染却不足以引起肿瘤发展,大部分感染可自行消退。种种迹象表明,宫颈癌也与遗传因素和外部环境因素相关。

于是,研究人员在汉族人群中开展了大规模的GWAS研究。首先在发现阶段,他们利用Affymetrix的Axiom Genome-Wide CHB1芯片对1,364个病例和3,028个女性对照进行了基因分型。Axiom Genome-Wide CHB1是一款专为汉族人群而设计的芯片,其内容精选自Axiom基因组数据库,最大限度地覆盖了常见的等位基因(MAF >5%)。在这一阶段,研究人员总共发现了41个明显关联的SNP。

之后,他们对这41个SNP位点中的22个(其中忽略的19个处于连锁不平衡状态)进行了第二阶段的跟进研究。这一阶段包括两个独立的样本组:第一组包括1,824个病例和3,808个对照;第二组包括2,343个病例和3,388个对照。对于第一组,22个SNP中的13个是统计学上显著的。随后,他们又对第二组开展了这13个SNP的基因分型。

综合这三个阶段的结果,研究人员发现了2个新的SNP位点(rs1311117307和rs8067378),它们所在或邻近的染色体区域(EXOC1[4q12]和GSDMB[17q12])是宫颈癌的易感区域。同时,研究人员也确认了之前鉴定出的一个位点(rs4282438),它定位在6p21.32上的HLA-DPB1和HLA-DPB2之间(HLA-DPB1/2)。

研究人员认为,EXOC和GSDMB区域,以及HLA-DP等位基因中易感位点的确定,表明T细胞介导的免疫反应或肿瘤细胞增殖可能发挥了重要的作用。这些遗传因素可能影响HPV持续感染和整合的机制,从而与宫颈癌风险相关。这一发现为宫颈癌的遗传病因提供了新的见解,对癌症的预防和治疗具有重要意义。(生物通 余亮)

欢迎了解Axiom Genome-Wide CHB1芯片的更多信息

原文检索

A genome-wide association study identifies two new cervical cancer susceptibility loci at 4q12 and 17q12

Nature Genetics 45, 918–922 (2013) doi:10.1038/ng.2687

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