10月27日，四川农业大学作为第一单位，动物科技学院动物遗传育种研究所的李明洲教授和李学伟教授分别作为第一作者和通讯作者的研究论文《比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择》(Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars)在国际顶尖学术杂志《自然-遗传》（Nature Genetics）上作为Article(研究论文)发表。该期刊影响因子为35.2，创下四川农业大学发表论文影响因子之最。
　　
这项研究由四川农业大学主导，在“国家转基因生物新品种培育重大专项”和“四川农业大学学科建设双支计划”等课题的资助下，联合北京大学、北京诺禾致源（Novogene）公司和重庆畜牧科学院等国内外科研机构合作完成。Novogene公司李瑞强博士为共同通讯作者，Novogene公司田仕林、周广宇、张源和博士研究生金龙、李英研究员为本论文的共同第一作者。
　　
该研究利用高通量测序技术及生物信息分析策略，从基因组水平充分揭示了藏猪特有高原环境适应性的分子机理，同时解析了四川盆地家猪在几千年的人工驯化过程中基因组中重要经济性状相关基因的进化方向。此研究不仅对保护我国地方优良猪种，促进生猪产业发展有重要推动作用，而且对研究人类高原缺氧性肺动脉高压和充血性心力衰竭、糖尿病、紫外线加速皮肤老化和抗“光衰老”等提供了具有重要价值的线索。
　　
藏猪是世界上少有的高原型猪种，是我国宝贵的地方品种资源，有极强的适应能力和抗逆性。2004年，藏猪正式列入《中国畜牧品种志》，被正式确定为地方原始猪种。该研究通过基因组大小的比较分析发现藏猪和家猪的祖先可能早在690万年前就已经开始各自向不同方向进化，甚至可能早于牦牛和家牛（490万年前），人类和黑猩猩（500～700万年前）。
　　
同时，研究通过对6个藏猪群体（西藏日喀则、西藏林芝、四川阿坝、四川甘孜、甘肃甘南和云南迪庆）和4个四川盆地特有家猪品种（盆周山地猪、乌金猪、雅南猪和内江猪）基因组水平的基因选择性清除分析，鉴定出了大量藏猪高海拔适应性的快速进化基因268个，家猪肌肉生长、脂肪沉积、免疫基因等受到人工强烈选择的基因516个。此结果表明家猪自人类农业产生以来经历了约9000年的人工选择，而藏猪却遭受了百万年漫长的高原环境自然选择，从基因组水平上看，作用时间较短的人工选择反而能够有效地改变和塑造家养动物基因组，充分体现了人类根据自身需要驯养、塑造和改良物种的强大能力。
　　
该研究对促进生猪产业发展意义重大。近年来，受外来品种强烈冲击，我国地方优良畜禽品种数量急剧下降，经过数千年驯化的许多传统品种被遗弃，处于灭绝或濒危状态的优良地方品种已占20%以上，并且日趋严重，其中以猪的品种资源流失最为严重。该研究以藏猪和四川盆地家猪为例，对我国地方优良猪种的主要优良特性进行分子遗传评估，其结果将极大地加速后续建立和利用这些优良特性的育种技术方案，充分挖掘地方猪种蕴藏的丰富优良基因资源，在肉质改善、抗病性、抗逆性和繁殖性能等方面取得新突破，促进我国畜牧业健康持续发展。
　　
研究对人类健康也有重要意义。研究发现，与家猪相比，藏猪进化出了3千多个特有的基因，这些基因主要涉及心肺血液循环系统的发育，疾病的抵抗，高紫外线下的皮肤保护，这些基因的鉴定对人类相关疾病的研究有重要参考价值。
　　
研究中还发现欧亚猪种存在明显的遗传背景差异。在距今2万年前的末次冰盛期（末次冰期中气候最为寒冷、冰川规模达到最大的时期），欧洲和中国东南地区的野猪群体大小急剧下降，而中国西南野猪群体大小不降反升。这是首次从哺乳动物基因组水平证明中国西南，特别是素有天府之国、熊猫故乡的四川盆地作为冰期生物的避难所，是世界范围内生物多样性最为丰富区域之一的有力证据。
　　
据悉，自1993年《自然-遗传》（NATUREGENETICS）创刊以来至今，中国大陆学者独立和合作发表论文共208篇，以第一作者或通讯作者发表论文98篇。全国农林高校在此杂志上共发表9篇论文。四川农业大学此篇首开四川省先河。
　　
原文摘要：

Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars

We report the sequencing at 131× coverage, de novo assembly and analyses of the genome of a female Tibetan wild boar. We also resequenced the whole genomes of 30 Tibetan wild boars from six major distributed locations and 18 geographically related pigs in China. We characterized genetic diversity, population structure and patterns of evolution. We searched for genomic regions under selection, which includes genes that are involved in hypoxia, olfaction, energy metabolism and drug response. Comparing the genome of Tibetan wild boar with those of neighboring Chinese domestic pigs further showed the impact of thousands of years of artificial selection and different signatures of selection in wild boar and domestic pig. We also report genetic adaptations in Tibetan wild boar that are associated with high altitudes and characterize the genetic basis of increased salivation in domestic pig.

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