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南京医科大学Nature Genetics发表GWAS研究新成果
【字体: 大 中 小 】 时间:2013年10月29日 来源:生物通
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来自南京医科大学、江苏省疾病预防控制中心、上海交通大学等多家机构的研究人员,通过全基因组关联研究(GWAS)鉴别出了中国汉族人群慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染相关的两个全新易感基因。相关论文于10月27日国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。
生物通报道 来自南京医科大学、江苏省疾病预防控制中心、上海交通大学等多家机构的研究人员,通过全基因组关联研究(GWAS)鉴别出了中国汉族人群慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染相关的两个全新易感基因。相关论文于10月27日国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。
南京医科大学公共卫生学院沈洪兵(Hongbing Shen)教授、胡志斌(Zhibin Hu)教授,第二军医大学的周伟平(Weiping Zhou)教授以及上海交通大学Bio-X研究所的师咏勇(Yongyong Shi)研究员,为这篇论文的共同通讯作者。
乙型病毒性肝炎,简称乙肝,是一种由乙型肝炎病毒(HBV)感染机体后所引起的疾病。据世界性卫生组织报道,全球约20亿人曾感染过HBV,其中3.5亿人为慢性感染者。我国是乙肝大国,HBsAg携带率达8-15%,并且慢性HBV感染也是引起肝硬化和肝细胞癌的最主要原因。由于宿主的天然免疫在机体抵抗HBV感染的过程中非常关键,因而除病毒和环境因素外,机体遗传因素即宿主对HBV的遗传易感性在乙型肝炎发病和预后等方面起着尤为重要的作用。
在这篇文章中,为了鉴别汉族人群中与慢性HBV感染相关的遗传位点,研究人员设计了一种三阶段全基因组关联研究。在发现阶段,他们对951名HBV携带者和937名已自然清除HBV感染的对照个体进行了分析。随后,在第二和第三重复阶段对来自一般人群的一组2,248名HBV携带者和3,051名对照个体,以及另一组1,982名HBV携带者和2,622名对照者进行了关联验证。
他们鉴别出了与慢性HBV感染相关的两个新位点:6p21.33上的s3130542,其靠近HLA-C;以及22q11.21上的rs4821116,其定位在UBE2L3中。此外,研究人员还重复了以前确定的6p21.32上的HLA-DP和HLA-DQ与慢性HBV感染之间的关联。
这些新研究结果表明除HLA-DP和HLA-DQ之外,HLA-C和UBE2L3也在HBV感染清除中发挥着重要的作用。新研究为乙肝的遗传病因提供了新的见解,对于乙肝的预防和治疗有可能具有重要的意义。
GWAS是一种用来寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法,最近几年在人类医学遗传学领域中发展迅速。南京大学的沈洪兵课题组利用GWAS分析方法,近年来开展了大量疾病易感区域和相关基因研究,发现了一些与中国汉族人群肺癌,乳腺癌、先天心脏畸形等疾病相关的基因突变位点,其重要研究成果发表在Nature Genetics等一系列权威国际期刊上。
(生物通:何嫱)
生物通推荐原文摘要:
New loci associated with chronic hepatitis B virus infection in Han Chinese
Chronic hepatitis B virus (HBV) infection is a challenging global health problem. To identify genetic loci involved in chronic HBV infection, we designed a three-phase genome-wide association study in Han Chinese populations. The discovery phase included 951 HBV carriers (cases) and 937 individuals who had naturally cleared HBV infection (controls) and was followed by independent replications with a total of 2,248 cases and 3,051 controls and additional replications with 1,982 HBV carriers and 2,622 controls from the general population. We identified two new loci associated with chronic HBV infection: rs3130542 at 6p21.33 (near HLA-C, odds ratio (OR) = 1.33, P = 9.49 × 10−14) and rs4821116 at 22q11.21 (in UBE2L3, OR = 0.82, P = 1.71 × 10−12). Additionally, we replicated the previously identified associations of HLA-DP and HLA-DQ variants at 6p21.32 with chronic HBV infection. These findings highlight the importance of HLA-C and UBE2L3 in the clearance of HBV infection in addition to HLA-DP and HLA-DQ.
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