中国科学家Nature Genetics发表GWAS研究新成果

【字体: 时间:2013年10月09日 来源:生物通

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  来自北京协和医院、中国科学院心理研究所等机构的研究人员,通过全基因组关联研究(GWAS)在7q11.23鉴别出了中国汉族人群原发性干燥综合征(Sjogren's syndrome,SS)的一个全新易感位点。相关论文于10月6日发表在国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。

  

生物通报道  来自北京协和医院、中国科学院心理研究所等机构的研究人员,通过全基因组关联研究(GWAS)在7q11.23鉴别出了中国汉族人群原发性干燥综合征(Sjogren's syndrome,SS)的一个全新易感位点。相关论文于10月6日发表在国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。

北京协和医院风湿免疫科的张奉春(Fengchun Zhang)教授和中国科学院心理研究所的王晶(Jing Wang)研究员是这篇论文的共同通讯作者。前者主要从事自身免疫病基因和抗原抗体的研究。共发表论文150余篇。后者的主要研究领域包括生物信息学工具方法开发和生物数据分析与挖掘;复杂疾病遗传/表观遗传机制研究及基因组的结构与功能探索,在Nature、Science、Nucleic Acids Research等国际一流期刊上发表论文近50篇。

干燥综合征是一个主要累及外分泌腺体的慢性炎症性自身免疫疾病。由于其免疫性炎症反应主要表现在外分泌腺体的上皮细胞,故又名自身免疫性外分泌腺体上皮细胞炎或自身免疫性外分泌病。受累患者显示唾液腺和泪腺受损功能下降而出现口干、眼干,并有其他外分泌腺及腺体外其他器官受累而出现多系统损害的症状。

干燥综合征可单独发病(称之为原发性干燥综合征),也可与其他的自身免疫性疾病例如类风湿性关节炎或系统性红斑狼疮共同发病(则称之为继发性干燥症)。原发性干燥综合征是最常见的一种自身免疫性疾病,在全球及中国的患病率估计约分别为0.05–4.8% 和0.77%。

目前,对于原发性干燥综合征的遗传学研究大多依赖于候选基因方法,以STAT4和MHC等免疫相关基因作为主要着眼点。近年来,GWAS技术的发展通过成功鉴别新的遗传易感位点,帮助人们更深入地了解成百上千疾病的发病机制。随着强有力的证据表明原发性干燥症具有遗传易感性,人们期望利用GWAS通过鉴别新的风险位点,验证从前探讨过的位点,以及发现干燥综合征与其他自身免性疾病的共享位点,来获得关于原发性干燥综合征的新认识。

为了鉴别原发性干燥综合征的新遗传易感位点,研究人员对汉族人群展开了一项三阶段全基因组关联研究。在发现阶段,他们在542名原发性干燥综合征患者以及1,050个对照的遗传数据中对556,134个常染色体SNPs进行了分析。随后,他们在第二重复阶段对另一组独立的1,303个原发性干燥综合征患者和2,727个样本进行了关联验证。从而鉴别出了7q11.23位点上的GTF2I是原发性干燥综合征的一个新易感位点。此外,分析结果还证实了从前在欧洲人中报道的STAT4、TNFAIP3和MHC区域的关联性。通过精细定位GTF2I周围区域,研究人员证实GTF2I中的rs117026326显示最显著关联性。

新研究鉴定出了1个与原发性干燥综合征相关的新的遗传区域,这些结果为推动对原发性干燥综合征发生发展机制的认识,同时也为原发性干燥综合征的预防和治疗提供了潜在的靶点。

(生物通:何嫱)

生物通推荐原文摘要:

A genome-wide association study in Han Chinese identifies a susceptibility locus for primary Sjögren's syndrome at 7q11.23

ry Sjögren's syndrome is one of the most common autoimmune diseases. So far, genetic studies of Sjögren's syndrome have relied mostly on candidate gene approaches. To identify new genetic susceptibility loci for primary Sjögren's syndrome, we performed a three-stage genome-wide association study in Han Chinese. In the discovery stage, we analyzed 556,134 autosomal SNPs in 542 cases and 1,050 controls. We then validated promising associations in 2 replication stages comprising 1,303 cases and 2,727 controls. The combined analysis identified GTF2I at 7q11.23 (rs117026326: Pcombined = 1.31 × 10−53, combined odds ratio (ORcombined) = 2.20) as a new susceptibility locus for primary Sjögren's syndrome. Our analysis also confirmed previously reported associations in Europeans in the regions of STAT4, TNFAIP3 and the major histocompatibility complex (MHC). Fine mapping of the region around GTF2I showed that rs117026326 in GTF2I had the most significant association, with associated SNPs extending from GTF2I to GTF2IRD1-GTF2I.

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