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南京医科大学Nature Genetics发表GWAS研究新成果
【字体: 大 中 小 】 时间:2013年05月28日 来源:生物通
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来自南京医科大学的研究人员通过全基因组关联研究(GWAS),鉴别出了中国汉族人群先天心脏畸形(congenital heart malformations,CHM)的两个全新易感位点。相关论文于5月16日在线发表在国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。
生物通报道 来自南京医科大学的研究人员通过全基因组关联研究(GWAS),鉴别出了中国汉族人群先天心脏畸形(congenital heart malformations,CHM)的两个全新易感位点。相关论文于5月16日在线发表在国际顶级专业期刊《自然遗传学》(Nature Genetics)杂志上。
南京医科大学公共卫生学院院长沈洪兵(Hongbing Shen)教授、南京医科大学第一附属医院的陈亦江(Yijiang Chen)教授、公共卫生学院周作民(Zuomin Zhou)教授和公共卫生学院的胡志斌(Zhibin Hu)教授为这篇论文的共同通讯作者。
先天性心脏畸形是一种最常见的先天性人类出生缺陷,是婴儿死亡的主要原因。先天心脏畸形可以分为3大类疾病:紫绀型心脏病、左心梗阻性病变和最常见的心脏间隔缺损,每类疾病的比例随地理区域存在极大的差异。
在过去的10年里,动物模型研究已经阐明了许多与早期心脏发育模式和分化相关的基础信号通路,例如骨形态发生蛋白(BMP)、转化生长因子TGF-β和Notch信号通路。已有一些研究揭示了某些形式的先天性心脏畸形的遗传基础,以及心脏发布异常导致先天性心脏畸形的机制。其中大部分单基因遗传的先天性心脏畸形为心血管系统缺陷性综合征。
流行病学研究表明,这些心血管系统缺陷性综合征只占先天性心脏畸形病例的25%,其余均为散发性的非综合征型。然而研究人员对于大多数散发性先天心脏畸形病例的低外显率易感性基因仍知之甚少。
在这篇文章中,为了鉴别汉族人群中与散发性非综合征型先天性心脏畸形相关的遗传变异,研究人员针对总共4,225个先天性心脏畸形病例和5,112名非先天性心脏畸形对照人群开展了多阶段GWAS分析。鉴别出染色体1p12上靠近TBX15的rs2474937,以及染色体4q31.1上MAML3基因中的rs1531070具有显著相关性。
新研究鉴定出了汉族人群中与先天性心脏畸形相关的新遗传区域,对于帮助科学家们更深入了解汉族人群先天性心脏畸形发生的分子机制,对先天性心脏畸形风险预测和预防,以及先天性心脏畸形临床诊断、个体化治疗、先天性心脏畸形新药研发具有重要意义。
GWAS是一种用来寻找基因变异与表型之间关系的遗传学方法,最近几年在人类医学遗传学领域中发展迅速。南京大学的沈洪兵课题组利用GWAS分析方法,近年来开展了大量疾病易感区域和相关基因研究,发现了一些与肺癌,乳腺癌等疾病相关的基因突变位点,其重要研究成果发表在Nature Genetics等一系列权威国际期刊上。
(生物通:何嫱)
生物通推荐原文摘要:
A genome-wide association study identifies two risk loci for congenital heart malformations in Han Chinese populations
Congenital heart malformation (CHM) is the most common form of congenital human birth anomaly and is the leading cause of infant mortality. Although some causative genes have been identified, little progress has been made in identifying genes in which low-penetrance susceptibility variants occur in the majority of sporadic CHM cases. To identify common genetic variants associated with sporadic non-syndromic CHM in Han Chinese populations, we performed a multistage genome-wide association study (GWAS) in a total of 4,225 CHM cases and 5,112 non-CHM controls. The GWAS stage included 945 cases and 1,246 controls and was followed by 2-stage validation with 2,160 cases and 3,866 controls. The combined analyses identified significant associations (P < 5.0 × 10−8) at 1p12 (rs2474937 near TBX15; odds ratio (OR) = 1.40; P = 8.44 × 10−10) and 4q31.1 (rs1531070 in MAML3; OR = 1.40; P = 4.99 × 10−12). These results extend current knowledge of genetic contributions to CHM in Han Chinese populations.
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