长牡蛎和栉孔扇贝全基因组框架图绘制完成
填补冠轮动物基因组学研究国际空白

记者 马爱平

日前，并筛查得到与重要性状相关的基因或信号通路，在国际上填补了冠轮动物基因组学研究空白。

这是在国家863计划支持下，由中国海洋大学、中国科学院海洋研究所、中国水产科学研究院黄海水产研究所、中国科学院南海海洋研究所、威海长青海洋科技股份有限公司、大连獐子岛渔业集团股份有限公司完成的“基于全基因组信息的贝类遗传选育”课题的重要成果。

长牡蛎基因组图谱发表于生物学权威期刊《Nature》上。课题组在全基因组规模系统筛查了动物基因组中常见的一种分子标记——单核苷酸多态性，对重要基因多态性进行了深入研究。

该课题组还研发了一种新型高通量、低成本的全基因组基因分型技术——2bRAD，突破了依赖已知基因组信息和昂贵芯片技术的瓶颈，为非模式生物全基因组范围内解析遗传变异与性状关系提供了核心技术手段，开发了无参照基因组的精准分型新算法和软件，与国际日前主流算法相比，准确率提高20%以上。

这些技术方法突破使大规模开发水生生物分子标记、开展全基因组选择育种成为可能，标志着我国的分子育种方法学研究已跃居国际前沿。

课题组完成了栉孔扇贝和长牡蛎的高密度遗传图谱构建，精细定位了经济性状相关的重要候选基因。其中，栉孔扇贝图谱标为目前已知水产生物上精度最高的图谱。建立了国际上首个贝类全基因组选择育种分析评估系统，研发了全基因组基因型效应评估算法，提高了贝类全基因组选育的效率和水平。

该课题组成功培育了两个国家审定的贝类新品种。其中，“蓬莱红2号”两龄贝较普通生产用种增产53.5％，是国内外第一个采用全基因组选择育种技术育成的良种，在山东推广创收达4700余万元；“海大1号”15月龄平均壳高较普通商品苗种养殖提高16.2%，总湿重提高24.6%，出肉率提高18.7%，在山东、辽宁等地中试，平均亩增产24.6%，课题执行期内新增产值1700多万元。

鲤鱼全基因组序列精细图谱绘制完成
覆盖约为16.9亿碱基 包含52610个功能基因

记者 马爱平

日前，鲤鱼全基因组序列精细图谱已绘制完成，该基因组覆盖约为16.9亿碱基，包含52610个功能基因，功能基因数目是大多数硬骨鱼类基因数目的两倍。

这是在国家863计划支持下，由中国水产科学研究院“鲤鱼等功能基因组资源开发及其数据库与网站构建”课题组与国内外合作团队共同完成的成果，这也是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。

和近缘二倍体模式鱼类斑马鱼的基因组比较，鲤鱼起源于进化历史上的两种二倍体祖先种杂交事件，保留了两套祖先种的染色体和基因组，分子钟证据表明这次基因组倍增发生在约820万年前，是非常近的一次全基因组倍增事件。

该课题组采集了全球10个代表性鲤鱼品系和野生种群的样本，对33尾鲤鱼开展了全基因组重测序研究，共挖掘获取了18949596个单核苷酸多态性位点和1694102个插入/缺失突变位点，首次绘制了全球鲤鱼单碱基分辨率的全基因组遗传变异图谱。

课题组还利用全基因组多态性扫描和比较转录组分析手段，对表型性状差异显著的松浦镜鲤和荷包红鲤进行了比较分析，定位了与鲤鱼鳞被缺失、红色体色等性状相关的遗传座位、功能基因和调控通路。

基于鲤鱼全球代表性品系的遗传变异信息，课题组构建了含有25万个高质量位点的鲤鱼高通量单核苷酸多态性基因分型芯片，在鲤鱼多个品系中多态性比例达到74.06%，在常见鲤科近缘鱼类物种中也有较高的多态性比例，这在鲤科鱼类性状遗传解析和基因组选育中有广泛可用性。

日前，课题组已开展了鲤鱼性别、体色、鳞被、体型、生长、低氧适应、抗疱疹病毒等全基因组关联分析研究，并初步定位了一批性状相关的重要功能基因和遗传座位。