派森诺携手内蒙古农业大学共同解析：蒙古马和普氏野马全基因组序列图谱

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【字体：大中小】 时间：2014年05月26日 来源：派森诺生物

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　　派森诺生物与内蒙古农业大学芒来教授团队携手合作，应用基因组从头测序方法，首次绘制了蒙古马和普氏野马的基因组精细图谱，获得了迄今为止最完整的马的Y染色体的序列。这项研究成果于2014年5月14日发表在Nature子刊《Scientific Reports》上。

派森诺生物与内蒙古农业大学芒来教授团队携手合作，应用基因组从头测序方法，首次绘制了蒙古马(accession:PRJNA200654, ATDM01000000)和普氏野马(蒙古野马，accession: PRJNA200657, ATBW01000000)的基因组精细图谱，获得了迄今为止最完整的马的Y染色体的序列。第一作者黄金龙博士和通讯作者芒来教授关于马基因组测序的研究成果《Analysis of horse genomes provides insight into the diversification and adaptive evolution of karyotype》于2014年5月14日发表在Nature子刊《Scientific Reports》上。

研究者首先以一匹雄性蒙古马和一匹雄性普氏野马为研究对象，分别通过构建1个PE500文库和2个MP文库(3kb和8kb)，采用IlluminaHiSeq 2000平台以2×101bp读长模式进行高通量基因组测序，通过SOAPdenovo和Gapcloser软件进行序列从头组装拼接，分别得到91×和93×的覆盖深度。通过Roche 454 FLX+测序平台，对另外一匹雌性蒙古马的8个组织进行了深度转录组测序，提高和完善了现有马的基因组的注释。雄性蒙古马和雄性普氏野马在拼接组装中分别组装了2 M bp和3 M bp的Y染色体序列，获得了迄今为止最完整的马的Y染色体的序列图谱，这对研究种公马繁殖力和对现代马业育种工作都具有重要的科研和实用价值。通过蒙古马5号染色体与普氏野马23、24号染色体间的序列相似性分析，研究人员确认了蒙古马和普氏野马间的一次染色体罗伯逊易位事件，并且发现罗伯逊易位并没有导致染色体更多的局部重排，说明罗伯逊易位和染色体局部重排可能是由不同的机制引起的。研究还发现了两种重复序列对基因组的不稳定性有着强烈的影响。该研究的高通量测序和信息分析由上海派森诺生物科技有限公司协助完成。

关于派森诺生物
派森诺生物科技有限公司是一家专门从事基因组序列测定和解析工作的高科技企业。公司拥有Roche 454 FLX+、Illumina MiSeq™、Illumina HiSeq™2000、Ion Proton™等最新款高通量测序平台和相关仪器设备，同时拥有一支高水平的基因测序合成、新产品研发和生物信息分析团队。公司致力于为生物、农业、医药、环境等领域研究人员提供动物、植物和微生物样品提取检测、文库构建、序列测序、生物信息分析和指导文章写作等一站式服务。公司的宗旨和使命是“解析序列，诠释生命”。

原文索引：
Huang, J.L. et al. Analysis of horse genomes provides insight into the diversification and adaptive evolution of karyotype. Sci. Rep. 4, 4958; DOI:10.1038/srep04958 (2014).

文章链接：
http://www.nature.com/srep/2014/140514/srep04958/full/srep04958.html

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派森诺已发表的基因组测序相关文章：

1、 H. Meng, et al. Genome sequences of wild and domestic Bactrian camels, Nature Commun,2012,3:1202-1209.

2、Zhang BC, Zhang M, Sun BG, Fang Y, Xiao ZZ, Sun L . Complete genome sequence and transcription profiles of the rock bream iridovirus RBIV-C1. Dis Aquat Org ,2013,104:203-214.

3、Zhang B-c, Zhang J, Sun L . Streptococcus iniae SF1: Complete Genome Sequence, Proteomic Profile, and Immunoprotective Antigens. PLoSONE,2014, 9(3): e91324.

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