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宁波大学Sci Rep解析癌相关ceRNAs
【字体: 大 中 小 】 时间:2014年08月21日 来源:生物通
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来自宁波大学医学院的研究人员,针对胃癌中长链非编码RNA(lncRNAs)相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)展开了调查,研究结果发布在8月15日的《Scientific Reports》杂志上。
生物通报道 来自宁波大学医学院的研究人员,针对胃癌中长链非编码RNA(lncRNAs)相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)展开了调查,研究结果发布在8月15日的《Scientific Reports》杂志上。
宁波大学医学院的郭俊明(Junming Guo)教授是这篇论文的通讯作者。郭教授的主要研究方向是肿瘤分子诊断、非编码RNA与肿瘤。
MicroRNAs (miRNAs)在基因表达调控中发挥着重要的作用。每个miRNAs或许都可以抑制多达数百种的转录物,而每一种转录物或许也是多个miRNAs的靶标。它们的调控网络参与了包括发育、癌发生和肿瘤转移等各种生物学过程。
数年前Salmena和同事们提出了一种ceRNA假说。这一假说描述了由miRNAs介导的一个复杂的转录后调控网络:通过共享一个或多个miRNA反应元件(MREs),一些蛋白质编码RNAs和非编码RNAs竞争结合miRNAs,由此调控彼此的表达。此后,越来越多的研究提供了令人信服的证据支持这一假说(延伸阅读:两篇Cell文章:癌变新假说)。
lncRNAs是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。有研究证实一些lncRNAs是通过充当ceRNAs在基因表达调控中发挥重要作用。相比于mRNAs,这些非编码RNAs不会受到翻译的干扰是更为有力的ceRNAs。但目前仍未充分地了解lncRNA相关的ceRNAs在癌发生中所起的作用。
在这篇文章中,研究人员基于胃癌lncRNA微阵列数据、生物信息学算法miRcode以及miRNA靶标数据库TarBase,首次构建出了一个lncRNA-miRNA-mRNA网络。随后,利用头颈部鳞癌、前列腺癌、甲状腺乳头状癌、垂体促性腺激素肿瘤、卵巢癌、慢性淋巴细胞白血病6种癌症类型的数据对这一网络进行了验证。研究结果显示出了一个明确的癌相关ceRNA网络。
研究结果揭示出了相关的8种lncRNAs (AC009499.1, GACAT1, GACAT3, H19, LINC00152, AP000288.2, FER1L4, and RP4-620F22.3)和9种miRNAs (miR-18a-5p, miR-18b-5p, miR-19a-3p, miR-20b-5p, miR-106a-5p, miR-106b-5p, miR-31-5p, miR-139-5p, and miR-195-5p)。例如,通过它的MREs来竞争miR-106a-5p,lncRNA-FER1L4调控了PTEN、RB1、RUNX1、VEGFA、 CDKN1A,E2F1、HIPK3、IL-10和PAK7的表达。此外,一些实验结果表明,FER1L4 siRNA同时抑制了FER1L4和RB1的mRNA水平。
这些结果表明,一些包含有MREs的lncRNAs在癌症中的转录后调控中发挥了重要的作用。
(生物通:何嫱)
生物通推荐原文摘要:
Long noncoding RNA associated-competing endogenous RNAs in gastric cancer
Some long noncoding RNAs (lncRNAs) play important roles in the regulation of gene expression by acting as competing endogenous RNAs (ceRNAs). However, the roles of lncRNA associated-ceRNAs in oncogenesis are not fully understood. Here, based on lncRNA microarray data of gastric cancer, bioinformatic algorithm miRcode and microRNA (miRNA) targets database TarBase, we first constructed an lncRNA-miRNA-mRNA network……
作者简介:
郭俊明
男,1965年9月出生,教授,医学博士,硕导、博导。浙江省病理生理学技术研究重点实验室主任、宁波大学医学院生物化学与分子生物学研究所所长、宁波市“消化系统恶性肿瘤诊治新技术科研创新团队”负责人。
2000年毕业于中山医科大学,获医学博士学位;2005年-2006年美国明尼苏达大学癌生物学博士后;2010年6月至9月加拿大不列颠哥伦比亚大学医学院访问教授。
担任宁波大学生物化学与分子生物学硕士点负责人,系生物化学与分子生物学、肿瘤学和营养学等3个专业的硕士生导师,上海交通大学医学院细胞生物学专业的博士生导师。
浙江省生物化学与分子生物学学会理事、宁波市营养学会常务理事。浙江省“151人才工程”第一层次人才。曾获宁波大学“十佳教授”、“教学名师”等称号。
主要研究方向:肿瘤分子诊断、非编码rna与肿瘤。
主要研究经历:主持承担国家自然科学基金项目3项,省级科研项目4项和厅市级科研项目7项等科研项目。
主要研究成果及获奖情况:“外周血中微量消化系统恶性肿瘤细胞的分析及其临床应用”、“用现代分子生物学技术阐明常见营养成分的抗癌机制”和“新型天然化合物芦荟大黄素的抗癌机制”等成果获浙江省科学技术奖三等奖(排名第一);另外获得厅市级科研成果奖一等奖2项等。
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