生物通报道：以CRISPR为基础的方法，已经迅速成为一种倍受青睐的方法，来干扰基因以发现它们的功能。来自哈佛-麻省理工学院布罗德研究所和麻省综合医院的研究人员Daniel B. Graham、David E. Root，在十一月二十七日的国际著名学术期刊《Genome Biology》上，发表题为“Resources for the design of CRISPR gene editing experiments”的综述文章，该综述文章回顾了基因编辑实验设计中的关键注意事项，并调查了目前可用来协助这一技术使用者的工具和资源。延伸阅读：CRISPR专家发表CRISPR/Cas9综述。

细菌II型CRISPR-Cas9系统在哺乳动物和其他类型细胞中的适应性，大大提高了我们编辑基因组的能力。这项强大的技术已迅速成为探究基因功能一种备受青睐的方法。随着CRISPRs技术的发展和应用，对于有志于“使CRISPR技术跟上所有最新研究领域的发展以及帮助设计和执行CRISPR实验的可用工具和资源”的研究人员来说，还是具有挑战性的。为了CRISPR技术在哺乳动物细胞中的常见应用，这篇综述文章列出了设计CRISPR实验的一些实际问题，以及协助这类实验设计和执行的可用工具和资源。

CRISPR技术的主要应用包括，一小部分个体基因的功能性敲除（KO）、大规模的筛选、基因编辑（敲入）、转录激活或抑制（小规模或筛选规模）以及体内小鼠模型。在这项综述文章中，作者重点回顾了编辑编码基因以解开其功能的策略。在不同的应用程序之间，许多实验考虑是可以共享的，但是一些因素在它们的相关性或相对重要性方面有所不同。常见的问题包括，CRISPR相关蛋白9（Cas9）及其引导RNAs（gRNA）到靶细胞的传递，最大限度地提高打靶的活性和特异性，以及对编辑结果（疗效、特异性）的评估。作者讨论了CRISPR技术的基本知识，然后概括了基本的实验设计要素以及相关的工具和资源，并强调了特定CRISPR应用的相关问题。

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文章最后，作者提出了CRISPR-Cas9的未来展望，文章指出，一个主要的目标是实现更有效、更可预测的基因编辑。如果可能将细胞群中的每个细胞转换成理想的基因型，那么选择和描述单个细胞系的辛苦工作将大大减少或消除。这将使我们可能设计大量的克隆细胞系，甚至在筛选规模上设计特定的等位基因。也将使我们更好地制备具有多重编辑的细胞。

考虑到基因干扰技术的最近发展，包括CRISPR基因编辑的前辈（如锌指核酸酶和转录激活因子样蛋白质），将CRISPR与其他基因编辑技术汇合，当然是有可能的。此时，CRISPR-Cas9享有各种优势，适用于不同的研究领域，便于使用、高效性、特异性和通用性。继续努力全面地探讨CRISPR技术在不同细胞类型和模型系统中的长处和局限性，将是至关重要的，在未来的几年当中，对新变异的研究和这项技术的应用，将会开辟新的功能基因组学机会。

（生物通：王英）

生物通推荐原文摘要：
Resources for the design of CRISPR gene editing experiments
Abstract: CRISPR-based approaches have quickly become a favored method to perturb genes to uncover their functions. Here, we review the key considerations in the design of genome editing experiments, and survey the tools and resources currently available to assist users of this technology.