生物通报道：最近，德国柏林自由大学和法国斯特拉斯堡大学的科学家，开发出一种新方法，可为核糖核酸（RNA）的功能研究，提供更详细的结果，并且与以前的方法相比，这种方法更划算、更容易操作。

所谓的功能性RNA，对于几乎所有的细胞和细胞过程（例如，结合蛋白或执行催化过程），都是非常重要的。包括生物信息学研究员Max von Kleist的一个国际研究小组，产生了突破性的研究结果，可促进某些阻止有害病毒增殖的药物的开发。这项研究结果以“Mutational interference mapping experiment (MIME) for studying RNA structure and function”为题，发表在最近的《Nature Methods》。延伸阅读：Nucl Aci Res：简化RNA结构分析的新方法。

长期以来，分子生物学家认为，RNA是一种短命的存储介质。DNA（脱氧核糖核酸）——每个生物体的蓝图，被转录成RNA，然后RNA被翻译成蛋白质，在身体中发挥一定的功能。随着非编码RNA的发现，科学家们越来越认识到，不同类型的RNA在功能上是活跃的，几乎可以调节细胞功能的各个方面。在分子水平上，RNA可以与DNA结合，抑制基因片段，结合其他RNA或者它也可能结合蛋白质，激活或抑制它们。此外，RNA本身可以具有酶活性的，即它能催化生化反应。

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该研究小组开发了一种分子生物学方法——MIME（突变干扰映射实验），来详细地研究RNA与其各自互动合作伙伴的相互作用。科学家选择了一种渐进的方法：被分析的RNA是随机变异的，因此产生了一个随机变异的RNA库。将一个互动合作伙伴（如蛋白质）添加到这个库中，以便根据相互作用产生选择压力。由此产生的RNA库——根据功能性（例如，蛋白质结合与非结合）而分离的，采用新一代技术进行了测序。这样，研究人员获得了每一种基因突变的数据，以及在RNA任何位置的精确基因突变频率。通过生物信息学研究员Max von Kleist开发的数学和统计计算，每一个可能突变的功能性后果是可以量化的。研究人员还可以确定RNA的哪一部分和结构配置，可引起所研究的功能。

MIME方法对于病毒复制研究来说是一个突破。许多最具威胁性的疾病，都是由所谓的RNA病毒传播的，如HIV、流感病毒和丙型肝炎病毒。它们的共同点是，基因组不包括DNA，而是RNA。使用MIME，科学家可以确定，一种病毒的遗传物质在其复制周期结束时，是如何被纳入新生病毒粒子的。这对医疗实践有很大的意义：如果有可能停止这一过程，例如，通过引入治疗性RNA（互补），病毒就可能变成无害的。

目前，许多RNA为基础的疗法正在调查当中。MIME方法可帮助确定合适的RNA片段，因而对这类研究做出了重大的贡献。该方法还提供了有关“哪些基因突变有病毒耐受性，哪些基因突变没有耐受性”的信息，这对于设计治疗性RNA，是非常有用的。

（生物通：王英）

生物通推荐原文：
Redmond P Smyth, Laurence Despons, Gong Huili, Serena Bernacchi, Marcel Hijnen, Johnson Mak, Fabrice Jossinet, Li Weixi, Jean-Christophe Paillart, Max von Kleist, Roland Marquet. Mutational interference mapping experiment (MIME) for studying RNA structure and function. Nature Methods, 2015; 12 (9): 866 DOI: 10.1038/nmeth.3490