BT+IT 基因组云计算带领我们进入解读生命密码的新纪元

【字体: 时间:2018年10月15日 来源:生物通

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  20世纪末国际人类基因组计划启动,科学家耗时13年,斥资30亿美元,破解人类第一个“生命天书”。生命是数字化的,每一个生命都是大数据的载体。但庞大的生命数据给人类带来了前所未有的挑战。

  

20世纪末国际人类基因组计划启动,科学家耗时13年,斥资30亿美元,破解人类第一个“生命天书”。生命是数字化的,每一个生命都是大数据的载体。但庞大的生命数据给人类带来了前所未有的挑战。

因此生物技术(BT)和信息技术(IT)的融合大势所趋,云计算的风起云涌,将解读生命密码,认识生命本源带入了一个新纪元。大数据的应用是学术研究转化的基础。生命大数据平台必须是协作共建的结果,共享、共为是大数据平台生命力的源泉。

由此,“基因”“大数据”“云计算”成为时下最火热的词汇,随之围绕大数据所产生的存、读、懂、写、用也成为行业人士争相追捧的焦点,并为BT+IT行业带来了新市场、新挑战、新需求。

BT+IT大势所趋

2010年,多伦多大学的分子遗传学教授Lincoln Stein在Genome Biology杂志上发表文章,首次提出将基因组信息移到“云端”。

Stein领导着国际癌症基因组联盟(ICGC)的数据协调中心,该中心的任务是确保所有研究者都能使用ICGC的数据集。据Stein介绍,这些数据现在已经达到了1 PB(petabyte,相当于GB的百万倍),而且在2018年将会接近10 PB。“早在2010年我就清楚,储存和分享基因组数据的传统方式将无法适应时代的发展,”Stein回忆道。

他当时担心,到2014年只有少数高配置的计算生物学团队,才能使用ICGC的完全数据集进行分析。而越来越快的测序数据产出,将最终让人无法在本地服务器上进行必要的数据储存。

Stein提出的解决方法很直接:将商业化的云计算服务器利用起来,长时间租用其硬件和储存空间。云供应商为用户提供了建立“虚拟主机”的能力,利用极大的服务器和节点集群,实现基因组分析所需的PB级存储空间。

千人基因组计划首批发布的数据集就达到了两百多TB(terabyte),远远大于绝大多数本地计算机环境。于是研究团队将这些数据放到了亚马逊EC2上,以便不同地区的研究人员能够同时进行复杂的数据分析。云技术的一个主要优势就是,一旦数据集上传到EC2,所有人都可以在那里使用它。人们只需要在EC2上简单设立自己的“虚拟主机”,就可以获得强大的计算能力。

基因组云计算技术开发者大会

2016年,第一届基因组云计算技术开发者(GCTA)大会在深圳召开,此次大会以探讨生物信息云计算技术及产业发展为主题,旨在将生物信息领域、云计算领域的科学研究、技术开发、产业服务等力量联合起来,共同推动国内外生物信息云计算的交流与创新,同时为基因组和云计算两大领域开创了产业协作的先河。 

2017年,第二届基因组云计算技术开发者大会同样也在深圳举行,发起中国“基因数据分析标准流程语言协作组”,通过一套易于人类读写的标准化描述语言与体系,配合解析与执行引擎,可以对基因数据分析流程进行标准化的定义与开发,方便开发者对流程进行调试、维护与复用,并使得流程合作开发、功能整合及共享更加便捷。从而进一步降低基因科技与信息技术融合的门槛,加速基因技术的普及。 

同时,也设立GCTA路演精英秀:分别来自深圳华大基因股份有限公司CEO尹烨、同创伟业创始合伙人黄荔、荣之联董事长王东辉、盛桥投资执行董事马海啸4位行业内领袖级大咖,以及超过30家投资机构的资深投资人,对8个高水准创业项目现场点评,为创新项目方和资本方搭建了面对面沟通的桥梁。 

此外,这次大会还发布“SA Index” ,SA Index的计算公式为:SA Index=Analysis cost /(Sequencing cost + Analysis cost),即数据分析成本占整个基因测序与分析费用的比例。该指数对于推动基因测序及与其匹配的分析成本的不断降低、惠及更多民众有重要的指示作用。 

今年,基因组云计算技术开发者大会将再次举行,20多位重磅嘉宾带来20余先锋议题,想知道他们会带来哪些新的看点,就赶快扫描下方二维码,即刻报名吧!

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