该团队在12月13日发表在《癌症研究》(Cancer Research)杂志上的一篇论文中提供了开放访问门户的详细信息。cancer - immunu整合了大规模的多维组学数据，包括遗传、体积和单细胞转录组、蛋白质组和动态基因组图谱。它还整合了临床表型。

虽然免疫检查点抑制剂可以挽救一些癌症患者的生命，但大多数患者对免疫疗法没有反应。研究人员正在努力识别预测反应的生物标记物，癌症免疫为解开免疫基因组连接提供了一个全面的功能门户。

VUMC生物统计学系主任、Harold L. Moses癌症研究系主任、该论文的资深作者之一Yu Shyr博士说:“它可以方便地获取免疫原性数据，并使研究人员能够将组学数据集转化为生物学见解和临床应用。”该论文的另一位资深作者、生物统计学副教授Qi Liu博士表示，“与现有的免疫检查点封锁反应结果数据库相比，cancer - immunu涵盖了最多数量的数据集和组学数据类型。”

数据门户的癌症类型包括黑色素瘤、非小细胞肺癌、转移性尿路上皮癌、肾细胞癌、膀胱癌、胶质瘤、结直肠癌、头颈部癌、食道胃癌、原因不明的癌症、胃癌、乳腺癌、肝细胞癌、前列腺癌、基底细胞癌和非黑色素瘤皮肤癌。

有了cancer - immunu门户，临床医生和研究人员可以上传和分析他们自己的数据，或者同时与现有数据进行共同分析。他们可以使用荟萃分析或泛癌症分析。该门户网站收集了三种类型的组学数据:遗传、转录组学和单细胞数据。泛癌模块将多个数据集聚合为一个，增强了罕见特征的检测和分析。生物统计学家在研究中指出，虽然荟萃分析——针对同一问题的独立研究的统计评估——未能检测到显著的基因突变，但对多种癌症类型进行更广泛评估的泛癌分析，检测到182个基因突变与免疫检查点抑制剂显著相关。

该研究的第一作者，shir研究实验室的博士后研究员Jing Yang博士说:“cancer - immunu有助于解决已知生物标记物有效性评估的不足和挑战。”

Journal Reference:

1. Jing Yang, Shilin Zhao, Jing Wang, Quanhu Sheng, Qi Liu, Yu Shyr. A pan-cancer immunogenomic atlas for immune checkpoint blockade immunotherapy. Cancer Research, 2021; canres.2335.2021 DOI: 10.1158/0008-5472.CAN-21-233522).