新方法：在常规临床基因组测序分析中轻松识别肿瘤中的病毒

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【字体：大中小】 时间：2022年05月09日 来源：medical Xpress

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　　研究人员已经开发出一种方法，可以从临床新一代测序中准确检测病毒，并描述特定肿瘤和病毒之间的新关联，值得进一步研究。

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img width="800" height="450" title="Validation of virus detection by the tumor profiling assay and novel virus associations. A: Receiver operator characteristics (ROC) curve showing performance of virus detection compared to isothermal amplification method. B: Forest plot showing enrichment of HHV6 in neuroblastoma, HHV7 in esophagogastric cancer, and HPV42 in non-melanoma skin cancer. Results are shown as an odds ratio comparing the enrichment for the virus in the specific tumor type compared to the other tumor types in the cohort. To the right of the figure, the odds ratio values and 95% confidence intervals are shown. C: The top panel shows a photomicrograph demonstrating the morphology of digital papillary adenocarcinoma by hematoxylin & eosin stain at 20X magnification, and the bottom panel shows photomicrograph of same tissue with RNA in situ hybridization custom designed to detect HPV42 demonstrating the localization of the virus to tumor cells. Credit: Journal of Molecular Diagnostics" alt="New method can easily identify viruses in tumors in a routine clinical genomic sequencing assay" src="/Editor/ebioueditorasp/asp/upload/image/20220509/16520616921227384.jpg"

肿瘤谱分析对病毒检测的验证和新的病毒关联。A:与等温扩增法相比，显示病毒检测性能的受试者操作特征(ROC)曲线。B:显示HHV6在神经母细胞瘤中富集，HHV7在食管胃癌中富集，HPV42在非黑素瘤皮肤癌中富集。结果显示为与队列中其他肿瘤类型相比，该病毒在特定肿瘤类型中的富集的优势比。图的右侧显示了比值比值和95%置信区间。C:上面视野显示了显微照片展示数字乳头状腺癌的形态学的苏木精和伊红染色20 x放大，下面视野显示相同组织的显微照片与RNA原位杂交检测HPV42定制设计的定位肿瘤细胞的病毒。

研究人员已经开发了一种方法，通过临床下一代测序准确检测病毒，并描述了值得进一步研究的特定肿瘤和病毒之间的新联系。这一信息使得在治疗方案中考虑病毒状态更加可行。他们的发现发表在《分子诊断杂志》上。

病毒通常从正常的人类细胞转移到实体肿瘤中的恶性细胞。然而，在目前的临床实践中，病毒检测是有限的。普遍筛查病毒在技术上或财政上都不可行，因为目前标准的护理技术是单一的、昂贵的，而且工作流程具有挑战性。

研究人员开发了一种数字减影技术，将人类基因组细胞从测序分析中删除，以确定病毒DNA的存在，作为一种质量保证(QA)过程。这种生物信息学技术不需要额外的测序，并且可以以最小的额外成本实现病毒检测。他们的结果可与肿瘤病毒鉴定的标准临床方法相媲美。

“我们决定研究通常与病毒相关的肿瘤类型，在几乎所有情况下，QA工具都检测到了我们预期的病毒，”美国纽约州纪念斯隆·凯特林癌症中心病理学系和实验室医学系首席研究员Chad M.Vanderbilt医学博士解释说。“有了这一令人鼓舞的发现，我们决定将该方法改进为微生物组检测管道，并扩展分析，以观察该方法在检测临床相关病毒和发现意想不到的病毒-肿瘤关系方面的效果。”

这项研究是关于癌症中人类DNA病毒检测的最大规模和最全面的研究。该研究使用了2014年1月至2020年10月收集的48148个实体肿瘤的数据，这些数据由美国食品和药物管理局(FDA)批准的晚期实体肿瘤患者的肿瘤谱分析测序。一个BLAST(基本的局部比对搜索工具)算法将肿瘤中出现的非人类(未映射)测序序列与来自国家生物技术信息中心病毒数据库的所有人类病毒进行了比较。研究人员在不同肿瘤类型和病毒种类之间使用多种方法交叉验证了他们的结果，发现他们的方法在检测高危人类乳头状瘤病毒(HPV)和EB病毒(EBV)方面与临床验证的原位杂交和扩增方法具有相当的敏感性。

研究人员随后扩展了分析，发现了新的肿瘤病毒关联。先前未报道的神经母细胞瘤中人疱疹病毒6与食管胃癌中HHV7的相关性使用独立数据集进行了验证。他们还发现了HPV42与指乳头状腺癌之间的新联系。与进行费力的单个病毒发现分析相比，仅通过数据分析就可获得用于发现的数据，使资源能够专门用于研究病毒在肿瘤发生中可能发挥的作用和考虑基于病毒的治疗。

“该项目的发现进一步支持了研究微生物组在疾病中的作用的相关性，而该研究中使用的方法可移植到较小的实验室，”纽约州纽约市斯隆凯特琳纪念癌症中心病理学系联合研究员安妮塔·S·鲍曼女士说。“在快节奏的肿瘤学世界中，有效地识别这些肿瘤-病毒关系增加了集体知识库，也可能导致更好的治疗选择。最终，了解病毒感染后的肿瘤发生将有助于实现我们拯救生命的共同目标。”

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