卡罗林斯卡研究所的研究人员开发了一种改进的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法，以进一步增强绘制健康和疾病中细胞类型和遗传程序的能力。据研究人员称，发表在《Nature Biotechnology》杂志上的一篇论文中描述的这种方法，在不影响数据质量的前提下，为研究单个细胞提供了一种更经济的替代方法

Rickard Sandberg教授说：“我们开发了一种称为Smart-seq3xpress的单链RNA测序方法，它是Smart-seq3的一种可扩展和小型化实现，能够实现具有分子计数能力的敏感全长单链RNA测序。”

单细胞RNA测序通常用于绘制健康和疾病的细胞类型和遗传程序。目前，大多数研究都是使用滴滴系统进行的，如10x基因组学，而仅使用一种方法的优势限制了新发现的潜力。Smart-seq3xpress在成本方面与流行的基于液滴的测序方法不相上下，这些方法仅限于对RNA分子末端进行测序以前，与基于液滴的scRNA-seq相比，全长scRNA-seq具有更大的扩展性和耗时性，因此不可能用于大规模细胞图谱项目Rickard Sandberg实验室的研究人员现在开发了一种改进的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法，最终克服了成本、细胞吞吐量和数据质量之间长期存在的折衷。Rickard Sandberg说：“我们的小型化和流线型协议显示，与商用液滴协议相比，成本降低了10倍，每个电池的价格也相当。此外，我们还表明，Smart-seq3xpress分析可以捕获在10倍基因组数据中经常缺失的罕见细胞类型，我们还可以获得每种细胞类型的部分剪接信息。通过这种方法，我们最终能够克服成本、细胞吞吐量和scRNA测序数据质量之间长期存在的折衷。”

通过缩小反应体积来降低成本的潜力一直是一个长期的目标，尽管之前其他人减少体积的努力伴随着分析质量的下降。当研究人员在反应过程中使用疏水覆盖液保护和封装微小体积时，成功减少体积成为可能。Michael Hagemann Jensen说：“为了展示Smart-seq3xpress可以生成的数据，我们以前所未有的粒度和复杂性分析了30000人PBMC，揭示了细胞类型特异性剪接变体。”

下一步，研究人员希望利用Smartseq3xpress在多个组织中以高细胞吞吐量生成低成本全长转录组数据，以绘制基因亚型表达中的细胞类型调节。Christoph Ziegenhain说：“我们还使用Smart-seq3xpress研究克隆细胞中的等位基因表达模式。更广泛地说，Smart-seq3xpress方法对实验室中的其他方法具有启发作用，这些方法同样受益于减少体积以降低成本和提高吞吐量，例如在单细胞中测量新生RNA时。“

Scalable single-cell RNA sequencing from full transcripts with Smart-seq3xpress
Hagemann-Jensen M, Ziegenhain C, Sandberg R.
Nature Biotechnology May;30 10.1038/s41587-022-01311-4

闁瑰灚鎹佺粊锟�

濞戞挸顑堝ù鍥┾偓鐟邦槹瀹撳孩瀵奸敂鐐毄閻庢稒鍔掗崝鐔煎Υ婵犲洠鍋撳宕囩畺缂備礁妫滈崕顏呯閿濆牓妯嬮柟娲诲幘閵囨岸寮幍顔界暠闁肩瓔鍨虫晶鍧楁閸撲礁浠柕鍡楊儐鐢壆妲愰姀鐙€娲ゅù锝嗘礋閳ь剚淇虹换鍐╃閿濆牓妯嬮柛鎺戞閻庤姤绌遍崘顓犵闁诡喓鍔庡▓鎴︽嚒椤栨粌鈷栭柛娆愬灩楠炲洭鎯嶉弮鍌楁晙

10x Genomics闁哄倹婢橀幖顪渋sium HD 鐎殿喒鍋撻柛姘煎灠瀹曠喓绱掗崱姘姃闁告帒妫滄ご鎼佹偝閸モ晜鐣遍柛蹇嬪姀濞村棜銇愰弴鐘电煁缂佸本妞藉Λ鍧楀礆閸℃ḿ鈧粙鏁嶉敓锟�

婵炲棎鍨肩换瀣▔鐎ｎ厽绁癟wist闁靛棗锕ｇ粭澶愬棘椤撶偛缍侀柛鏍ㄧ墱濞堟厤RISPR缂佹稒鐩埀顒€顦伴悧鍝ヤ沪閳ь剟濡寸€ｎ剚鏆╅悗娑欏姃閸旓拷

闁告娲滅划蹇涙嚄閻愬銈撮幖鏉戠箰閸欏棝姊婚妸銉ｄ海閻犱焦褰冮悥锟� - 婵烇絽宕崣鍡樼閸℃鎺撶鎼达綆鍎戝☉鎾亾濞戞搩浜滃畷鐔虹磼閸℃艾鍔掗悗鍦仱閻涙瑧鎷嬮幑鎰靛悁闁告帞澧楅弳鐔煎箲椤斿灝绐涢柟璨夊倻鐟㈤柛娆樺灥椤宕犻弽顑帡寮搁敓锟�

濞戞挸顑堝ù鍥Υ婵犲嫮鐭庨柤宕囧仜閸炴挳鎽傜€ｎ剚顏ら悹鎰╁妺缁ㄧ増鎷呭⿰鍐ㄧ€婚柡瀣姈閺岀喎鈻旈弴鐘虫毄閻庢稒鍔掗崝鐔煎Υ閿燂拷