在美国，每五例沙门氏菌感染病例中就有一例是家禽引起的。但根据佐治亚大学(University of Georgia)的一项新研究，传统的检测方法可能不足以检测出所有的细菌菌株。

该研究发表在《应用与环境微生物学》杂志上，分析了2016年至2020年美国农业部食品安全检验局的全国沙门氏菌数据。

研究人员发现，鸡肉中沙门氏菌污染的总体病例从2016年的9%下降到2020年的6.57%。但在全国范围内，沙门氏菌感染病例同期保持稳定。

该研究的通讯作者、兽医学院助理教授尼基·沙里亚特(Nikki Shariat)说:“四年前我刚开始在家禽诊断和研究中心工作时，与几家不同的家禽公司见了面，他们告诉我的一件事是，他们在农场发现的沙门氏菌与在加工厂发现的沙门氏菌类型不同。”

这种脱节使家禽业很难知道用新疫苗和其他可以减少禽类中高危沙门氏菌数量的干预措施来针对哪种沙门氏菌。

研究人员与位于乔治亚州盖恩斯维尔的乔治亚家禽实验室网络合作，研究了哪些沙门氏菌菌株(即血清型)存在于种鸡中，以及存在于鸡肉产品中的菌株。

高分辨率技术可以为有效控制沙门氏菌提供信息

在乔治亚州的农场中，最丰富、最容易检测到的细菌是肯塔基血清型，占发现的所有沙门氏菌的80%。

虽然没有沙门氏菌是“好的”，但肯塔基州通常与人类疾病不相关。家禽公司似乎能够在加工过程中更有效地去除肯德基，这可能是研究人员在加工鸡肉中没有看到相同数量的菌株的原因之一。

他们在加工厂的样本中确实看到了另外三种沙门氏菌，其中一些已知会导致人类疾病:婴儿沙门氏菌、肠炎沙门氏菌和施瓦辛格格兰德沙门氏菌。

“问题是，‘这些非肯塔基血清型来自哪里?”“Shariat说。“我们怀疑它们在农场里，但我们无法使用传统的方法检测它们。”

利用沙里亚特2015年开发的技术，她的团队在活禽样本中发现了传统方法遗漏的多种沙门氏菌菌株。

这项被称为CRISPR- seroseq的技术可以识别沙门氏菌CRISPR区域(细菌DNA的一个特殊部分)的分子特征，并帮助研究人员确定细菌的哪些菌株最丰富。

“近年来，家禽业在减少其加工设施中的沙门氏菌方面取得了很大进展，”沙里亚特说。“没有什么灵丹妙药可以消除加工厂或收获前禽类中的沙门氏菌。”

家禽兽医确实对禽类接种了沙门氏菌疫苗，这些沙门氏菌通常与人类疾病爆发有关。但为了有效地做到这一点，兽医需要知道农场里的鸟体内是哪种细菌。

沙里亚特说:“这项研究中使用的高分辨率技术发现了多种沙门氏菌血清型的存在，但其数量通常超过血清型肯塔基。”“我们的研究现在为如何识别这些血清型提供了一个框架。这一知识为家禽生产者提供了更好的数据，能够为他们的沙门氏菌控制措施提供信息。”

该研究的第一作者、佐治亚大学微生物学系的博士生艾米·西塞洛夫(Amy Siceloff)说:“我们的主要重点是确保最终我们能促进家禽行业的改善。”“现在我们意识到血清型的逐渐增加，它们不是一夜之间突然出现的，这种监测将是管理沙门氏菌向前发展的关键。”