瑞士巴塞尔分子与临床眼科研究所的研究人员近日开发出一种新的单细胞RNA测序方案，能够实现更快速、更灵敏的单细胞测序，并缩短手动操作时间。这种称为FLASH-seq的方法于本周发表在《Nature Biotechnology》杂志上。

单细胞RNA测序（scRNA-seq）能够评估细胞中的哪些基因开启以及它们的转录水平如何。这有助于深入评估单个细胞的生物学，并检测可能预示着疾病的变化。这项技术正广泛用于发育生物学、神经学、肿瘤学、免疫学、心血管研究和传染病等学科。

多年来，Smart-seq2方法一直被视为单细胞转录组学领域的金标准，因其具有出色的灵敏度和稳定性。之后，Smart-seq3被开发出来，采用分子条形码（UMI）来提高转录本定量的准确性。不过，Smart-seq3仍然比较耗时。

为此，研究人员开发出一种名为FLASH-seq的单细胞RNA测序新方法。与Smart-seq3相比，它具有更高的灵敏度和更短的手动操作时间。整个操作可在约4.5小时内完成，易于自动化，并且可以轻松缩小规模，以减少资源消耗。

他们指出，FLASH-seq方法与其他方法相比节省2-3.5小时，并在HEK293T细胞中检测到更多基因，而无论测序深度如何。这种灵敏度的提升有助于捕获更加多样化的转录本isoform，尤其是蛋白编码基因和更长的基因。

通讯作者、巴塞尔分子与临床眼科研究所的Simone Picelli解释说：“我们的模块化FLASH-seq方案能够以前所未有的分辨率提供细胞转录组的快照。这种方法可以小型化、自动化，并适应不同的需求。”

“它有助于确定健康和疾病状态下存在哪些基因isoform。它还提供了更详细的基因表达图谱，特别是在因疾病、发育缺陷或外部因素产生干扰之后。此外，它能够在实验室中轻松建立，比现有方案更快，成本更低，”Picelli说。

研究人员认为，当人们在寻找一种高效、稳定、模块化且经济实惠的全长scRNA-seq方案时，FLASH-seq有望成为首选工具。

原文检索

Hahaut, V., Pavlinic, D., Carbone, W. et al. Fast and highly sensitive full-length single-cell RNA sequencing using FLASH-seq. Nat Biotechnol (2022). https://doi.org/10.1038/s41587-022-01312-3