由捷克科学院有机化学和生物化学研究所(IOCB Prague) Tomá Pluskal领导的一个国际科学家团队介绍了新一代软件，使科学家能够分析来自质谱的大量数据，质谱是一种根据化学物质的重量分离化学物质的技术。开源项目MZmine为我们提供了一扇新的窗口，让我们可以了解我们周围和生活在其中的化学空间。MZmine 3的最新进展现在发表在《自然生物技术》杂志上。

全球科学家共同努力，使用质谱法，努力破译和分析来自不同来源的复杂样品的化学成分，特别是在生物学和临床研究中。每个样本都可能包含数十万种不同的化合物，科学家需要对这些化合物进行追踪、量化和识别，以了解它们对人类健康或生态作用的影响。

即使是相对较小的研究也会产生千兆字节的“原始”数据来处理和解释。大量分子数据的处理、分析和比较构成了当今生物化学分析中一些最具挑战性的步骤。这也是限制科学家扩大知识和提出令人兴奋的新发现能力的主要瓶颈。

社区主导型发展

出于这个原因，一组国际科学家在2005年开始开发开源软件MZmine，帮助分析质谱数据。开发该软件的社区由捷克科学家Tomá Pluskal共同建立，他几乎从项目开始就一直在协调该项目，目前是IOCB布拉格的小组负责人。

“MZmine项目最大的优势是围绕该项目形成的国际专家团体。在会议上，关于MZmine的演讲总是很受欢迎，”Tomá Pluskal谈到这个项目时说。

来自布拉格国际理工学院和美国加州大学圣地亚哥分校(CA, USA)的Robin Schmid是这篇论文的第一作者之一，他补充说:“当我们第一次见到来自其他国家的研究人员时，他们告诉我们MZmine和我们的支持挽救了他们的博士论文或项目，这真是太棒了。这是人们所能期待的最好的欣赏。”

MZmine的第一个版本使科学家能够以前所未有的规模自动处理分析设备生成的数据集。2010年发布的第二代MZmine使该项目更加广为人知，并形成了一个由使用该软件的研究人员组成的全球社区，并通过额外的模块和应用程序继续扩展其功能。介绍第二代MZmine的出版物已经在科学文章中收集了2200多次引用，该工具本身已被用于处理数百万种不同的测量。

第三代

最新的MZmine 3带来了几大改进。以前的版本允许科学家在几天内分析数百个样本，而新一代可以每小时处理数千个样本。除了极大地加速数据处理，新版本的软件还可以用于连接不同的数据类型，特别是时间分辨和成像数据。

这为研究人员更容易地分析和解释复杂的生物样本提供了机会。MZmine是一种工具，用于研究疾病的原因和机制，检测用于诊断的有用临床生物标记物，并识别环境中的化学物质。这包括以前未知的化学结构，这可能对发现和开发用于医疗应用的新药很有价值。

第三代MZmine是在一篇准备好的论文中宣布的，除了Tomá Pluskal作为通讯作者外，第一批作者Robin Schmid (IOCB布拉格和加州大学圣地亚哥分校)，Steffen Heuckeroth和Ansgar Korf(都来自德国Münster大学)，还有来自世界各地的三十多名其他贡献者。

“在过去的十年中，MZmine已成为质谱研究人员值得信赖的工具。它的模块化框架促进了社区参与MZmine代码的开发，导致了新发布的MZmine 3的显著进步，”Münster大学的Ansgar Korf说。

MZmine项目的开发得到了捷克科学基金会(项目编号21-11563M)的支持。

文章标题

Integrative analysis of multimodal mass spectrometry data in MZmine 3