为进行基因组特征分析，研究人员采用短读长的 Illumina 测序和长读长的牛津纳米孔技术（Oxford Nanopore Technologies）测序。每种菌株挑取一个单菌落，在溶原肉汤（lysogeny broth）中，37°C±1°C 富集培养 18 小时，使用 PureLink 基因组 DNA 小提试剂盒（美国加利福尼亚州卡尔斯巴德 Invitrogen 公司）提取基因组 DNA（gDNA），用于后续测序实验。实验中，DNA 提取和测序试剂盒均按制造商说明使用，软件工具除特殊说明外均采用默认参数。

短读长测序文库构建使用 Illumina DNA Prep（M）Tagmentation 试剂盒（美国加利福尼亚州圣地亚哥 Illumina 公司），文库在 Illumina NextSeq 台式测序仪上，借助 NextSeq 500/550 中通量试剂盒 v2.5（300 个循环，Illumina），以 2×149 bp 循环进行测序。短读长序列数据通过 AQUAMIS v1.2.0 - 18 - g1317d15 流程处理，其中使用 fastp v0.19.5 进行序列修剪。

牛津纳米孔 MinION 技术（英国牛津）的文库构建，使用 96 通道快速条形码试剂盒 SQK - RBK110.96（英国牛津纳米孔技术公司）。MinION 文库在 ONT MinION Mk1C 设备上，使用 MinION R9.4.1（FLO - MIN106）流动池测序 48 小时。碱基识别在图形处理单元（GPU）服务器上，使用 guppy 6.4.8 版本的 SUP 模式完成。所得序列经 Porechop v0.2.4 修剪、NanoFilt v2.8.0 过滤，并用 NanoStat v1.5.0 进行质量检测。基因组序列组装时，长读长数据由 flye v2.9 处理，flye 生成的（封闭）基因组组装结果再用 pilon v1.24，基于 Illumina 短读长数据进行 5 轮校正。基因组序列在 Geneious Prime v2023.2.1 中分析。所有关于序列读长质量控制和组装的细节总结如下。注释由美国国立生物技术信息中心（NCBI）的 PGAP v6.7 完成。BakCharak v3.1.2 - 2 - g8ac6c3c 流程进一步用于对菌株的抗菌耐药性、质粒和毒力标记进行深入分析。值得注意的是，PHASTER 分析显示，两种菌株基因组共有的一段 92,749 bp 的环形重叠群，具有与噬菌体基因组相符的特征。这两种沙门氏菌菌株的基因组特征分析和数据可获取性，对了解昆虫基食品生产线中潜在的污染途径至关重要，有助于为这种新兴食品源进行风险评估。