噬菌体一直是分子生物学进步的重要源泉，从宿主限制酶到 CRISPR-Cas 系统。此外，分枝杆菌噬菌体因其能感染分枝杆菌物种，有潜力作为治疗药物，尤其是抗菌剂的替代品。

本研究中的噬菌体是从犹他州普罗沃收集的土壤样本中分离得到的。每个样本悬浮在 7H9 肉汤中，经 0.45μm 滤膜过滤。取一份滤液感染与顶层琼脂混合的耻垢分枝杆菌 mc²155 宿主细胞，然后铺在 7H10 琼脂平板上，在 37°C 孵育 2 天。用无菌微量移液器挑取产生的噬菌斑（直径 2.5 - 4.0mm，中心透明、边缘浑浊）。经过至少四轮噬菌斑纯化后，用 Middlebrook 7H9 肉汤覆盖几乎长满菌苔的 “网状平板”，室温孵育 2 小时，倾倒上清，再经 0.2μm 滤膜过滤，制备出高滴度裂解液（>1E10⁹ PFU/mL）。按照制造商的方案，使用 Norgen 噬菌体 DNA 分离试剂盒从裂解液中提取 DNA，之后进行文库制备和测序。简言之，每个样本取 0.5μg DNA，按照制造商的建议，使用用于 Illumina 的 NEBNext Ultra DNA 文库制备试剂盒进行 DNA 文库制备，并为每个样本添加独特的索引。将 DNA 样本超声处理至 350bp 大小，然后对 DNA 片段进行末端修复、加 A 尾，并与 Illumina 测序的全长接头连接，进一步进行 PCR 扩增。PCR 产物经纯化（AMPure XP 系统），用安捷伦 2100 生物分析仪分析文库的大小分布，并通过实时 PCR 进行定量。使用 Illumina NovaSeq X PE150 和相应的测序试剂盒对全基因组进行测序，每个基因组产生 250 - 350 万个 150bp 的双端 reads。使用 TrimGalore v0.6.6 对 reads 进行修剪，最小长度设为 20 个碱基，最小 Phred 质量分数设为 20。修剪后的 reads 用 Unicycler 版本 0.5.0 或 Newbler v2.9 进行组装，然后用默认参数的 CONSED v2.9 进行验证。用 2% 醋酸双氧铀负染后，通过透射电子显微镜观察噬菌体。

将组装好的 fasta 文件导入 DNA Master v5.23.6，利用 Glimmer、GeneMark、BLASTN、HHpred、GeneMarkS、Starterator 和 Phamerator 生成的数据识别开放阅读框（ORF）。通过与相同的 BLAST 和 HHpred 比对结果，以及 Starterator 和 Phamerator 图谱进行比较，对 ORF 进行功能注释。所有工具均使用默认参数。使用相同的工具确定自动注释遗漏的 ORF 在 ORF 之间大间隙中的编码区域，某些情况下手动添加 ORF。使用 PhageScope 和 tRNAscan-SE 进行 tRNA 分析。通过最佳匹配核苷酸序列同源性搜索（与 A1 噬菌体 Maroc7 的同一性为 95.94%，覆盖率为 84%），这些基因组被归为 A1 簇。

在这 4 种噬菌体中发现了 6 个孤儿基因（orphams，定义为 e 值 < 1e?5 时无 BLAST 比对结果）。噬菌体的鸟嘌呤 - 胞嘧啶含量与宿主及其他 A1 亚群噬菌体一致，范围为 62.7% - 63.8%。这些基因组中未发现 tRNA，但 Sorpresa 的 ORF 68 似乎编码一种推定的转座酶。