机器学习解析吸入毒物诱导的肺部空间脂质组学响应:臭氧暴露与过敏原致敏的协同效应

《Nature Communications》:Resolving multi-image spatial lipidomic responses to inhaled toxicants by machine learning

【字体: 时间:2025年03月27日 来源:Nature Communications 14.7

编辑推荐:

  《自然·通讯》推荐:加州大学戴维斯分校团队通过机器学习算法处理高分辨质谱成像(MSI)数据,首次实现多生物样本间肺部脂质空间分布的标准化分析与区域分割。研究揭示臭氧(O3)与屋尘螨(HDM)联合暴露导致雌性小鼠肺泡区不饱和磷脂显著减少,并发现鞘磷脂(SM)向神经酰胺(Cer)转化等性别差异特征,为哮喘环境诱因的分子机制提供空间组学新视角。

  

空气污染威胁全球健康,仅美国就有1.37亿人生活在污染超标区域。臭氧(O3)作为主要氧化性污染物,不仅加剧哮喘等现有呼吸疾病,还可能诱发新发病症。然而,传统研究多局限于整体组织分析,无法揭示毒物在肺部不同区域的差异化效应。加州大学戴维斯分校的Nathanial C. Stevens团队在《Nature Communications》发表研究,通过机器学习驱动的空间脂质组学技术,首次绘制出臭氧与过敏原联合暴露下小鼠肺部的分子地理图谱。

研究采用10 μm高分辨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)成像技术,结合自主研发的RegioMSI软件包,对12例小鼠肺组织(雌雄各半)进行正负离子模式扫描。通过稀疏LOESS校正技术消除信号漂移,并创新性移植单细胞转录组分析工具Seurat的K近邻(KNN)算法,实现基于脂质空间分布的自动区域分割。

结果部分
1. 脂质空间分布特征
机器学习分割出气道基底膜、肺泡上皮等形态学区域,发现多不饱和磷脂酰乙醇胺(PE 18:0/22:6)富集于气道,而饱和磷脂酰甘油(PG 16:0/16:0)主导肺泡区。阳性模式数据揭示PC 38:4等低不饱和度磷脂在远端肺区的梯度分布规律。

2. 性别特异性毒性响应
雌性小鼠在HDM+O3暴露后,肺泡区不饱和磷脂酰丝氨酸(PS)和PG类含量显著降低(p<0.05),同时气道鞘磷脂(SM 44:1/44:2)减少伴随神经酰胺(Cer 34:1)升高,提示酸性鞘磷脂酶通路激活。雄性组未出现统计学显著变化,可能与样本量较小有关。

3. 技术方法突破
相比传统总离子流(TIC)归一化,稀疏LOESS算法将样本间信号变异降低50%以上。Seurat聚类成功区分相距仅15 μm的基底膜与上皮层,空间分辨率接近单细胞水平。

结论与意义
该研究建立了首个跨生物样本的肺部MSI分析框架,证实脂质饱和度梯度是维持正常肺功能的关键特征。发现雌性对臭氧暴露的脂代谢异常更敏感,为性别差异化环境健康风险评估提供分子依据。技术层面,将scRNA-Seq算法移植至空间代谢组学的创新策略,为复杂组织微环境研究开辟新途径。未来可扩展至人类样本,助力精准环境医学发展。

下载安捷伦电子书《通过细胞代谢揭示新的药物靶点》探索如何通过代谢分析促进您的药物发现研究

10x Genomics新品Visium HD 开启单细胞分辨率的全转录组空间分析!

欢迎下载Twist《不断变化的CRISPR筛选格局》电子书

单细胞测序入门大讲堂 - 深入了解从第一个单细胞实验设计到数据质控与可视化解析

下载《细胞内蛋白质互作分析方法电子书》

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号