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综述:探索力学生物学与人工智能的交叉领域
《npj Biological Physics and Mechanics》:Exploring the intersection of mechanobiology and artificial intelligence
【字体: 大 中 小 】 时间:2025年03月27日 来源:npj Biological Physics and Mechanics
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这篇开创性综述系统梳理了细胞如何感知胞外基质(ECM)力学信号(如刚度/黏弹性),以及人工智能(AI)和机器学习(ML)如何通过分析形态/遗传特征预测细胞状态。作者详细解析了ECM机械特性(如TACS胶原特征)如何通过整合素-黏着斑(FAK/YAP)通路调控细胞行为(增殖/迁移),并评述了原子力显微镜(AFM)、分子张力探针等实验工具与STIFMap等AI模型的协同应用,为癌症/组织工程等领域的力学靶向治疗提供新范式。
细胞在组织内所处的微环境由胶原蛋白、纤连蛋白和蛋白聚糖等构成的胞外基质(ECM)组成,其刚度和固体应力由ECM成分的空间排列决定。正常与恶性组织中ECM力学特性存在显著差异:肿瘤进展伴随胶原交联增加,导致组织刚度升高,进而通过整合素β1信号促进核扭曲(Lamin-A依赖)和TWIST1核转位,抑制E-钙黏蛋白表达并驱动癌细胞侵袭。流体剪切应力则通过NO/PGI2通路诱导内皮细胞极化,而3D ECM拓扑结构通过FAK/Rho GTPase调控细胞形态迁移,凸显力学线索的多尺度效应。
原子力显微镜(AFM)通过赫兹模型拟合力-压痕曲线量化组织弹性模量,揭示乳腺癌等恶性组织呈现更高刚度和黏弹性耗散。分子张力探针(如FRET基传感器)动态监测整合素-纤连蛋白“抓-键”(catch-bond)作用,发现黏着斑蛋白talin在配体纳米簇密度感知中的核心作用。牵引力显微镜(TFM)结合微柱阵列证明细胞铺展面积与基质刚度呈负相关,而油滴应力测量技术揭示结肠癌聚集体内各向异性应力分布。这些技术产生的海量数据为AI模型训练奠定基础。
卷积神经网络STIFMap仅需荧光图像即可预测乳腺组织弹性分布,其预测的高刚度区域与磷酸化肌球蛋白轻链活性显著重叠。生成对抗网络(GAN)通过基底皱纹相位图像重构细胞牵引力场,成功复现刚度梯度引导的迁移不对称模式。在基因组学领域,LanceOtron模型从ATAC-seq数据预测染色质开放区域,而ISL(In Silico Labeling)技术无需标记即可从明场图像识别核形态异常。自监督SE-RNN网络则通过多通道荧光图像分类细胞状态,如YAP核定位可作为ECM刚度响应的生物标志物。
AI模型已应用于肿瘤诊断:基于TACS胶原特征的分类器可区分乳腺肿瘤边界,而脑脊液tenascin水平的ML分析助力胶质瘤早期检测。挑战在于整合多组学数据(如ECM组分/染色质可及性)构建力学-表型关联图谱。未来需开发组织无关的通用模型,结合迁移学习突破小样本限制,最终实现从单分子张力到组织重塑的跨尺度力学解码,为纤维化/癌症等疾病提供精准诊疗策略。
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