眼斑豆蔻（Amomum koenigii，又名 Meistera koenigii）是一种兼具烹饪和药用价值的芳香植物，与小豆蔻等物种亲缘关系较近。在植物化学产业中，精准鉴别物种并提供遗传均一的植株至关重要。本研究成功构建了眼斑豆蔻独特的 DNA 指纹图谱，并开发出一套能确保遗传一致性的高效体外大规模繁殖方案。通过 PCR 扩增产物测定了核酮糖二磷酸羧化酶 / 加氧酶大亚基（rbcL）、内转录间隔区 2（ITS2）和成熟酶 K（matK）基因的 DNA 序列。生物信息学分析表明，联合使用 rbcL 和 matK 基因可精准区分眼斑豆蔻与其近缘物种，其他组合则无此必要。在体外培养实验中，将含有腋芽的根茎接种于穆拉希格和斯库格（MS）培养基上进行植株培育。当培养基中添加 5.0 mg/L 的 6 - 苄氨基嘌呤（BAP）、0.2 mg/L 的 α- 萘乙酸（NAA）以及 30.0 g/L 的蔗糖时，诱导出的芽体数量最多。经过多轮增殖后，芽体在 1.0 mg/L 的吲哚 - 3 - 丁酸（IBA）培养基中顺利生根。幼苗成功在土壤中驯化。利用 12 条随机扩增多态性 DNA（RAPD）引物和 8 条简单重复序列间扩增（ISSR）引物进行检测，分别产生 8 条和 18 条 PCR 扩增条带，证实了植株的遗传一致性。在田间种植实验中，微繁殖幼苗和传统繁殖幼苗在株高、叶片数量等多个形态特征上并无显著差异，但微繁殖植株萌发出的新芽数量明显更多，形成更大的植株丛。本研究表明，分子鉴定与组织培养技术相结合，为解决植物原料掺假问题、满足种植材料可持续生产需求提供了有效途径。

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