红树林沉积物中的新星：Pseudaeromonas aegiceratis的发现与功能解析

ABSTRACT
一株革兰阴性、杆状、具运动性的氮固定细菌ZJS20^T从中国湛江桐花树（Aegiceras corniculatum）沉积物中分离。该菌在10°C–45°C、pH 5.5–8.0和0%–3% NaCl条件下生长，16S rRNA基因与Pseudaeromonas paramecia PCS8^T相似度最高（98.5%）。基因组分析显示其环形染色体长3,681,671 bp，GC含量62.7%，含3,320个蛋白编码基因，并携带完整的nifBHDKENXV和anfHDGK基因簇，证实其固氮潜力。

INTRODUCTION
Pseudaeromonas属隶属于气单胞菌科（Aeromonadaceae），目前仅含3个有效发表物种。本研究通过多相分类法将菌株ZJS20^T确立为该属第四成员，其基因组中独特的植物促生基因（如磷转运蛋白phoB/phoR和生长素合成酶trpABDCF）为首次在该属中系统报道。

MATERIALS AND METHODS
菌株分离自2019年湛江高桥红树林保护区（21°36'52"N, 109°47'18"E），使用2216E培养基纯化。通过透射电镜（TEM）观察细胞形态，API试剂盒检测生理生化特性。基因组采用Nanopore和MGI双平台测序，经Flye v2.9组装，CheckM评估完整性达98.2%。功能注释通过RAST、KEGG和antiSMASH完成。

RESULTS AND DISCUSSION
系统发育与表型特征
系统发育树（NJ/ME/ML）显示ZJS20^T与P. paramecii形成独立分支。电镜显示其细胞尺寸（0.5–0.7 × 1.0–2.2 μm）区别于近缘种。生长曲线揭示其倍增时间（55分钟）显著短于参考菌株（62–67分钟），且独有催化酶阳性反应。

基因组功能与比较分析
核心基因簇（74.8%）富集于氮磷代谢通路。次级代谢产物预测发现5个生物合成基因簇（BGCs），包括抗革兰阳性菌的硫肽（thiopeptide）和植物抗逆相关的萜烯（terpene）。值得注意的是，nif/anf基因簇与固氮菌Azotobacter的保守域高度同源，Ashby培养基实验证实其固氮能力（透明晕圈现象）。

应用潜力
比较基因组揭示Pseudaeromonas全属均含nif基因，且携带磷解酶（ppk/phoH）和生长素前体合成酶（trp），暗示其作为“微生物肥料工具箱”的潜力。但需进一步验证其田间促生效果，例如通过接种水稻根际实验量化氮磷吸收效率。

Emended description of the genus Pseudaeromonas
修订属特征补充：基因组大小3.5–3.7 Mb，GC含量57.0%–62.7%，含Mo-氮酶合成基因（nif），模式种仍为P. sharmana。

Description of Pseudaeromonas aegiceratis sp. nov.
新种命名源自宿主桐花树（Aegiceras），模式菌株ZJS20^T保藏于MCCC（1K08760^T）和KCTC（8214^T）。其独有特征包括：利用海藻糖（trehalose）和甘露醇（mannitol），主要脂肪酸为C_16:0（32.79%）和C_18:1 ω7c（12.57%），极性脂含特殊糖脂（GL）。

结语
该研究不仅拓展了Pseudaeromonas属的物种多样性，更通过基因组“采矿”揭示了其在红树林氮循环和绿色农业中的双重价值。未来可深入探究其固氮酶活性与环境因子的调控关系，或通过合成生物学改造提升其植物促生效能。