基于分子扩散与降维计算的空间转录组学阵列重建技术

《Nature Biotechnology》:Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction

【字体: 时间:2025年04月04日 来源:Nature Biotechnology 33.1

编辑推荐:

  编辑推荐:空间转录组学(ST)因成像限制难以大规模应用。研究人员开发了一种无需成像的计算方法,通过分子扩散模型和降维技术重构空间条形码位置,经真实成像数据验证具有高保真度,并可扩展至厘米级组织。该技术突破设备限制,为ST的高通量、可及性研究提供新范式。

  空间转录组学(Spatial Transcriptomics, ST)能精确定位组织内基因表达,但传统技术受限于成像设备的通量和成本。这项研究提出了一种革命性的"无成像"策略——通过追踪分子扩散轨迹结合降维算法(如t-SNE/UMAP),逆向推算出原始空间条形码的分布。实验证实,该计算重建方法与光学成像的"金标准"高度吻合,且成功应用于厘米级大样本,突破了传统ST的尺度限制。这项技术将加速器官发育、肿瘤微环境等研究,让实验室无需昂贵设备即可开展大规模空间组学分析。

娑撳娴囩€瑰宓庢导锔炬暩鐎涙劒鍔熼妴濠団偓姘崇箖缂佸棜鍎禒锝堥樋閹活厾銇氶弬鎵畱閼筋垳澧块棃鍓佸仯閵嗗甯扮槐銏狀洤娴f洟鈧俺绻冩禒锝堥樋閸掑棙鐎芥穱鍐箻閹劎娈戦懡顖滃⒖閸欐垹骞囬惍鏃傗敀

10x Genomics閺傛澘鎼isium HD 瀵偓閸氼垰宕熺紒鍡氬劒閸掑棜椴搁悳鍥╂畱閸忋劏娴嗚ぐ鏇犵矋缁屾椽妫块崚鍡樼€介敍锟�

濞嗐垼绻嬫稉瀣祰Twist閵嗗﹣绗夐弬顓炲綁閸栨牜娈慍RISPR缁涙盯鈧鐗哥仦鈧妴瀣暩鐎涙劒鍔�

閸楁洜绮忛懗鐐寸ゴ鎼村繐鍙嗛梻銊ャ亣鐠佹彃鐖� - 濞e崬鍙嗘禍鍡毿掓禒搴n儑娑撯偓娑擃亜宕熺紒鍡氬劒鐎圭偤鐛欑拋鎹愵吀閸掔増鏆熼幑顔垮窛閹貉傜瑢閸欘垵顫嬮崠鏍掗弸锟�

娑撳娴囬妴濠勭矎閼崇偛鍞撮摂瀣鐠愩劋绨版担婊冨瀻閺嬫劖鏌熷▔鏇犳暩鐎涙劒鍔熼妴锟�

相关新闻
生物通微信公众号
微信
新浪微博
  • 搜索
  • 国际
  • 国内
  • 人物
  • 产业
  • 热点
  • 科普

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号