PANDORA测序技术:解锁小RNA宇宙的奥秘——高灵敏度鉴定与全面解析新策略

《Nature Protocols》:Optimized identification and characterization of small RNAs with PANDORA-seq

【字体: 时间:2025年04月04日 来源:Nature Protocols 13.1

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  编辑推荐:传统小RNA测序方法常因sncRNAs的末端多样性和修饰阻碍接头连接与逆转录。研究人员开发了PANDORA测序技术,通过T4PNK/AlkB酶序贯处理结合SPORTS分析流程,突破性实现了tRNA/rRNA衍生片段等非经典sncRNAs的高效检测,为探索小RNA功能图谱提供革命性工具(7天完成实验+分析)。

  在生命科学的微观宇宙中,小非编码RNA(sncRNA)如同繁星般多样——包括microRNA(miRNA)、PIWI互作RNA(piRNA)以及源自tRNA(转运RNA)、rRNA(核糖体RNA)等结构化RNA的衍生片段。然而这些分子复杂的末端结构和甲基化等修饰,就像加密的星际信号,让传统测序方法在接头连接和逆转录(RT)环节频频"失联"。

科学家们为此打造了"潘多拉魔盒"——PANDORA测序技术:先让T4多核苷酸激酶(T4PNK)和去甲基化酶AlkB联手"拆弹",清除5'-OH末端和m1A/m3C等修饰路障;再通过定制化建库方案和深度测序,捕获传统方法漏检的"暗物质"。获得的海量数据交由SPORTS分析管道解码,不仅能识别各类sncRNA,还能像GPS定位般精确追溯它们在母本RNA(如tRNA第28-36位)上的"出生地"。

这套历时约7天的标准流程,如同给科研人员配上了高倍宇宙望远镜,首次清晰观测到tRNA-half、rRNA片段等"小众星系"的存在。该技术将推动从神经退行性疾病到癌症等领域中RNA修饰调控机制的探索,为生命密码的解读开辟新维度。

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