长读长测序技术助力解析癌症基因组:Severus 精准探测体细胞结构变异与复杂重排

《Nature Biotechnology》:Severus detects somatic structural variation and complex rearrangements in cancer genomes using long-read sequencing

【字体: 时间:2025年04月05日 来源:Nature Biotechnology 33.1

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  为解决现有长读长体细胞结构变异(SV)检测方法不适用于分析复杂重排和异质性肿瘤基因组的问题,研究人员开展基于断点图算法 Severus 的研究。结果显示,Severus 在检测 F1 分数上表现优异,还能揭示临床相关隐匿重排,意义重大。

  在癌症基因组中检测体细胞结构变异(SV)时,长读长测序相较于短读长测序,在可定位性和变异定相方面更具优势。然而,目前大多数长读长 SV 检测方法并不适用于分析具有复杂重排和异质性特征的肿瘤基因组。在此,研究人员提出 Severus,这是一种基于断点图的算法,用于从长读长癌症测序数据中识别体细胞 SV。Severus 可与匹配的正常样本配合使用,支持分析不平衡的癌症核型,能够描绘复杂的多断点 SV 模式,并生成单倍型特异性的检测结果。在一个综合多种技术的细胞系面板测试中,Severus 在 SV 检测的 F1 分数(精确率和召回率的调和均值)方面始终优于其他长读长和短读长方法。研究还表明,与长读长方法相比,短读长测序系统地遗漏了某些类型的体细胞 SV,如插入或聚集性重排。研究人员将 Severus 应用于几例儿科白血病 / 淋巴瘤的临床病例分析,揭示出标准基因组检测面板遗漏的临床相关隐匿重排。

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