肠道对于多种肠道致病菌和机会致病菌而言，在发生侵袭性感染前，其肠腔会先被定植。研究显示，将口服疫苗与经过工程改造或筛选出的生态位竞争菌株相结合，能够在小鼠肠腔内排除病原体并实现菌株替代。这种方法既可以用于预防非伤寒沙门氏菌（Salmonella）的侵袭，也能够在治疗中取代已定植的大肠杆菌（Escherichia coli） 。完整的适应性免疫和代谢生态位竞争对于疫苗增强的竞争效应十分关键。研究结果表明，黏膜抗体通过影响竞争结果，在肠道微生物生态环境中发挥作用。这对于清除致病性和耐抗生素细菌库，以及合理进行微生物群工程改造具有广泛的意义。

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