《mSystems 5.0》:Microbiota-derived indole acetic acid extends lifespan through the AhR-Sirt2 pathway in Drosophila
编辑推荐:
本文聚焦衰老机制,发现老年果蝇色氨酸代谢及 AhR 配体吲哚乙酸(IAA)减少。补充 IAA 可激活芳香烃受体(AhR),经 AhR-Sirt2 通路延长果蝇寿命,提升健康状态,为衰老及相关疾病研究提供新思路,值得关注。
### 研究背景
衰老,是一场身体机能的 “衰退之旅”,它受基因、环境、生活方式等多种因素的 “操控”。在过去几十年间,衰老研究从单纯观察衰老表型,逐步深入到探索遗传通路。像昼夜节律钟、线粒体与氧化应激、sirtuin 去乙酰化酶以及胰岛素 / 胰岛素样生长因子(IGF)通路、雷帕霉素靶蛋白(mTOR)、腺苷一磷酸激活蛋白激酶(AMPK)等营养感应通路,都被证实参与调控衰老过程。同时,遗传、运动、饮食限制和药物干预等方法,也展现出延长健康寿命和 / 或寿命的潜力。
芳香烃受体(AhR)是细胞质中的 “关键指挥官”,在细胞增殖、免疫反应、肠道内稳态以及异生物质解毒等众多生理过程中都有它忙碌的身影。过去,人们发现一些能与 AhR 紧密结合的异生物质,如二噁英、二苯并呋喃和联苯等,激活 AhR 后会引发一系列毒理学反应,甚至导致肿瘤发生。近年来,从商业产品、果蔬中又发现了许多低亲和力的 AhR 激动剂,它们在不同代谢疾病中发挥着多样的生理功能。在胃肠道里,肠道细菌对饮食中的色氨酸进行代谢,产生的吲哚及其衍生物,如吲哚 - 3 - 醛(IAld)、吲哚乙酸(IAA)、吲哚 - 3 - 丙酸(IPA)、吲哚乳酸(ILA)、吲哚丙烯酸(IA)和吲哚 - 3 - 乙醛(IAAld),都是 AhR 的内源性配体,对增强宿主免疫力和维持代谢稳态意义重大。已有研究表明,微生物群产生 AhR 配体的能力下降,会破坏肠道屏障功能和 AhR 激动剂活性,进而促使高血压、糖尿病、肥胖等代谢综合征的发展。而且,AhR 信号通路的紊乱和色氨酸代谢异常与神经退行性疾病、心血管疾病等年龄相关疾病也紧密相连。有研究提出,共生微生物群产生的吲哚能延长包括秀丽隐杆线虫、果蝇和小鼠等多种生物的健康寿命,但对寿命的影响还需进一步探究。对野生型和 AhR 基因敲除小鼠的对比队列研究发现,AhR 缺乏会使小鼠出现明显的过早衰老表型,伴有早期炎症、空间记忆受损、血糖稳态失衡以及免疫系统崩溃。基于 AhR 与寿命之间的这种紧密联系,研究人员大胆推测,内源性配体激活 AhR 或许对延长寿命有益。
Sirtuins(SIRTs)是一类进化上高度保守的烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)依赖的蛋白质去乙酰化酶,在众多代谢通路中发挥着调节作用,与衰老相关疾病也有着千丝万缕的联系。其中,SIRT2 作为一种组蛋白去乙酰化酶,在大多数细胞周期中主要存在于细胞质,而在 G2/M 期转换和有丝分裂期间会转移到细胞核,并与染色质功能相关。SIRT2 能催化组蛋白 H4K16 的去乙酰化,助力 DNA 复制和修复。此外,SIRT2 调节剂还能抑制脂多糖刺激产生的肿瘤坏死因子 - α(TNF - α),从而减轻神经炎症。过往研究显示,Sirt2 基因敲除会显著加剧老年小鼠的心脏肥大和纤维化,而 SIRT2 过表达则能通过激活肝脏激酶 B1(LKB1) - AMPK 通路,有效改善衰老相关的心脏肥大。不仅如此,SIRT2 过表达或补充 NAD+前体烟酰胺单核苷酸(NMN),还能通过诱导有丝分裂检查点激酶 BubR1,显著延长小鼠寿命。尽管 AhR 和 SIRT2 都参与衰老过程,但它们在衰老过程中的信号联系却一直是个 “未解之谜”。
研究结果
- 衰老过程中果蝇肠道微生物群组成改变和 AhR 激动剂减少:研究人员通过 16S rRNA 基因测序,对不同年龄(10 天、30 天和 50 天)果蝇的肠道微生物群变化展开研究。结果发现,随着果蝇年龄增长,变形菌门和醋杆菌科的相对丰度显著上升,而厚壁菌门和乳杆菌科则明显下降,乳杆菌属的相对丰度也大幅减少。通过 Pircust2 对肠道微生物群的预测分析发现,老年果蝇的色氨酸代谢相较于年轻果蝇显著降低。靶向代谢组学分析进一步表明,衰老过程中果蝇体内 ILA、IAA 和 IALD 等吲哚代谢物水平明显下降,同时色氨酸代谢途径中涉及犬尿氨酸(Kyn)和血清素(5 - HT)的代谢物也发生了显著变化。相应地,这些作为 AhR 激动剂的微生物群代谢物丰度在老年果蝇中也显著降低。
进一步研究发现,果蝇衰老过程中,乳杆菌属的相对丰度与吲哚代谢物(如 IAA、ILA、吲哚和 IALD)浓度呈正相关。为了验证乳杆菌与 IAA 的关系,研究人员用两种乳杆菌对果蝇进行定植实验,并定量检测吲哚代谢物水平。结果显示,定植植物乳杆菌和罗伊氏乳杆菌后,果蝇肠道内乳杆菌的丰度显著增加,植物乳杆菌还能提高 IAA 水平。此外,研究人员通过抗生素处理获得无菌果蝇,发现其 IAA 水平比野生型果蝇显著降低,而定植植物乳杆菌后,乳杆菌和 IAA 水平又有所上升,这充分表明 IAA 来源于乳杆菌。
2. 补充 IAA 通过 AhR 延长果蝇寿命:鉴于微生物群源 AhR 配体与果蝇衰老密切相关,研究人员接着探究不同剂量的 IAA 处理对果蝇寿命的影响。实验结果令人惊喜,补充 IAA(0、1、10 和 100 μM)能以剂量依赖的方式显著延长 w1118果蝇的寿命。与野生型果蝇相比,AhR 突变体果蝇(Dmel\ss1)的寿命明显缩短,在实验培养条件下存活时间不足 45 天。补充 50 μM 的 IAA 能使 w1118果蝇寿命延长约 15%(约 10 天),但对 AhR 突变体果蝇的寿命却没有显著影响。而且,补充 IAA 并不会明显干扰 w1118果蝇的食物摄入量和体重。
为了探究 AhR 和 IAA 补充对果蝇健康寿命的影响,研究人员对 30 天龄的野生型和 AhR 突变体果蝇进行处理后,检测它们的饥饿抵抗能力、氧化应激能力和肠道脆弱性。结果发现,野生型老年果蝇在抵抗饥饿和氧化应激方面明显强于 AhR 突变体果蝇。补充 IAA 能显著增强野生型老年果蝇的饥饿和氧化应激抵抗能力,但对 AhR 突变体果蝇却没有这种效果。通过 Smurf 检测(一种评估肠道屏障完整性的方法,检测亮蓝染料从肠道泄漏情况)发现,AhR 突变会使果蝇肠道脆弱性明显增加,而 IAA 处理能显著降低野生型果蝇的肠道通透性,但对 AhR 突变体果蝇无效。用 3% 葡聚糖硫酸钠(DSS)处理后,w1118果蝇的肠道屏障受到显著破坏,补充 IAA 后有所改善,而 AhR 突变体果蝇的肠道屏障完整性被严重破坏,补充 IAA 也无法显著改善。
3. 补充 IAA 促进 Sirt2 表达:接下来,研究人员深入探究补充 IAA 激活 AhR 改善果蝇寿命和健康寿命的潜在机制。对老年果蝇的转录组分析显示,补充 IAA 会富集许多与炎症相关的通路(如 Toll 样和 NF - κB 通路)以及衰老相关的信号通路,如 FOXO、PI3K - Akt 通路,还会影响氨基酸和脂肪酸代谢。值得注意的是,补充 IAA 能显著上调老年果蝇中去乙酰化酶 Sirt2 的 mRNA 水平,同时下调雷帕霉素靶蛋白(TOR)和 TORC1 复合物蛋白 Raptor 的表达。有趣的是,与野生型果蝇相比,AhR 突变体果蝇的 Sirt2 在 mRNA 和蛋白质水平上表达都低得多,补充 IAA 后,w1118果蝇的 Sirt2 表达显著上调,而 AhR 突变体果蝇却没有明显变化。
为了进一步研究 AhR 对 Sirt2 基因的靶向作用,研究人员通过染色质免疫沉淀(ChIP)实验分析了与 AhR 结合的 Sirt2 基因 DNA 片段。免疫沉淀后的 DNA 经 qPCR 扩增和定量,结果显示,在琼脂糖凝胶上观察到 Sirt2 启动子的 PCR 产物显著下调,AhR 突变后,Sirt2 启动子在 AhR 识别的基因组 DNA 片段中的比例也明显下降。通过 JASPAR 数据库模拟,研究人员发现 Sirt2 启动子从 - 2000 bp 到 + 10 bp 至少有三个与 AhR 蛋白相互作用的结合位点。为了实验验证这一发现,研究人员构建了包含 - 2000/+10 bp Sirt2 启动子的同源报告基因载体,并转染到 HEK 293T 细胞中。结果表明,AhR 基因敲低细胞的荧光素酶活性低于野生型细胞,补充 IAA 能显著提高 Sirt2 报告基因活性,但在 AhR 基因敲低细胞中却没有明显变化。
4. 激活 AhR 调节果蝇衰老相关代谢通路:转录组分析还发现,补充 IAA 能显著增加果蝇的 DNA 修复过程,同时抑制葡聚糖代谢、脂质分解代谢、氨基酸分解代谢和免疫系统相关过程,参与脂肪酸、氨基酸和糖代谢的基因也明显下调。为了验证这些代谢变化,研究人员采用基于核磁共振(NMR)的代谢组学技术,对野生型和 AhR 突变体果蝇在补充 IAA 前后的代谢谱进行比较筛选。通过一系列二维 NMR 光谱对果蝇代谢物进行 NMR 信号归属后,对1H NMR 数据进行多变量统计分析,结果显示,补充 IAA 后,w1118果蝇体内的氨基酸(β - 丙氨酸和甲硫氨酸)和琥珀酸盐水平显著降低。AhR 突变会使果蝇体内脂肪酸和一些氨基酸(如 β - 丙氨酸、赖氨酸、肌氨酸、2 - 氧代异戊酸和酪氨酸)水平显著升高,而补充 IAA 对 AhR 突变体果蝇的这些代谢物水平没有明显影响,尤其是雄性果蝇。
研究人员进一步利用靶向气相色谱 - 质谱(GC - MS)代谢组学技术,检测老年果蝇补充 IAA 后总脂肪酸水平的组成变化。结果发现,补充 IAA 能显著上调野生型果蝇体内单不饱和脂肪酸(MUFAs,如 C14:1、C16:1 和 C18:1n9c)和某些多不饱和脂肪酸(PUFAs,如 C18:2n6c、C20:2、C20:3n6 和 C20:3n3)的水平。
5. SIRT2 是 AhR 激活介导果蝇长寿所必需的:既然 AhR 激活能延长果蝇寿命,那么 Sirt2 在这一过程中扮演着怎样的角色呢?研究人员利用 Sirt2 RNA 干扰(RNAi)和 Sirt2 突变体(Sirt25B - 2 - 35)果蝇,在补充 IAA 和不补充 IAA 的情况下进行实验。结果发现,补充 IAA 能延长 Act5c - gal4/+ 果蝇的寿命,但 Sirt2 基因敲低和突变体果蝇在补充 IAA 后,寿命与对照组相比没有显著变化。这表明,SIRT2 是补充 IAA 激活 AhR 介导果蝇长寿过程中不可或缺的因素。
研究讨论
AhR 在不同疾病中的功能十分复杂,在肿瘤发生和肥胖、糖尿病、衰老等代谢综合征中表现出明显差异。由于其在介导宿主免疫和代谢稳态方面的重要作用,AhR 已被认为与衰老及年龄相关疾病有关。本研究中,通过 NMR 代谢组学发现,整体 AhR 突变的果蝇由于生理代谢高度活跃,寿命缩短,这与之前的队列研究结果一致,说明 AhR 缺乏会导致小鼠出现明显的过早衰老表型。AhR 作为配体激活的转录因子,不同类型的 AhR 配体,包括内源性和外源性配体,甚至同一类配体,都可能以不同方式调节 AhR 活性,进而引发不同的病理生理反应。因此,AhR 活性就像一把 “双刃剑”,其产生的细胞反应既可能有害,也可能有益,这取决于 AhR 配体和其他未知因素。
在众多 AhR 配体来源中,饮食中的色氨酸经肠道细菌代谢产生的吲哚代谢物,这类典型的 AhR 配体,已被证实与代谢紊乱有关。本研究发现,老年果蝇在衰老过程中,肠道微生物群组成发生显著改变,尤其是乳杆菌属下调,同时 AhR 配体(如吲哚、ILA、IAA 和 IALD)减少。类似的结果在小鼠粪便样本和代谢综合征患者中也有观察到,这使得 AhR 成为抗衰和改善代谢紊乱的潜在靶点。实际上,补充微生物色氨酸代谢物(如吲哚、IAA、IPA)和罗伊氏乳杆菌菌株,已被证明能通过恢复受损的 AhR 活性和调节肠道屏障功能,改善炎症性肠病(IBDs)和饮食诱导的肥胖等代谢疾病的症状。值得注意的是,近期有研究报道,共生微生物群产生的吲哚能延长秀丽隐杆线虫、果蝇和小鼠的健康寿命,但对寿命的影响不明显。而本研究中发现,作为吲哚衍生物的 IAA,能以剂量依赖的方式延长果蝇寿命,还能有效改善老年果蝇的健康状态,增强其对饥饿和氧化应激的抵抗力,降低肠道通透性,这些看似矛盾的结果还需要进一步深入研究。
从机制上讲,补充 IAA 激活 AhR 能成功刺激果蝇体内 SIRT2 在 mRNA 和蛋白质水平的表达,从而抑制下游 TOR 信号通路以及相关的脂肪酸和氨基酸代谢途径。之前有研究表明,SIRT2 缺乏会通过抑制 AMPK(与 LKB1 结合,LKB1 是 AMPK 的主要上游激酶),加剧衰老相关的心脏肥大。还有研究报道,SIRT2 过表达能通过诱导雄性小鼠中的检查点激酶 BubR1,延长寿命。此外,热量限制(CR)能有效延长果蝇和啮齿动物的寿命,同时显著提高 NAD+和 SIRT2 水平。虽然这些研究都表明 SIRT2 具有延长寿命的作用,但 SIRT2 基因敲除或突变是否会缩短寿命,以及 AhR 和 SIRT2 在衰老过程中的关系仍有待进一步明确。在本研究中,补充 IAA 激活的 AhR 能直接结合到 Sirt2 启动子上,诱导 Sirt2 表达,通过抑制老年果蝇的 TOR 信号级联反应延长寿命。而 SIRT2 基因敲低和突变体果蝇在补充 IAA 后,寿命延长效果不明显,这充分说明 SIRT2 是补充 IAA 激活 AhR 诱导果蝇长寿过程中的关键介质。
众所周知,降低 TOR 信号至少在一定程度上是调节寿命延长的关键因素。近期研究表明,饮食限制(DR),尤其是饮食氨基酸限制,能通过下调果蝇肠道干细胞微环境中的 TORC1 活性,延长寿命,维持肠道内稳态,确保长寿。本研究中,AhR 突变体果蝇的总脂肪酸和氨基酸水平明显高于野生型果蝇,这可能是 AhR 突变导致寿命缩短的原因之一。补充 IAA 使野生型果蝇的脂肪酸和氨基酸水平显著下降,这与抑制 TORC1 活性一致,进一步证实了补充 IAA 通过激活 AhR 延长果蝇寿命。有趣的是,补充 IAA 能显著提高果蝇体内不饱和脂肪酸(UFAs)的水平,从而增强其抗氧化和抗炎能力,对果蝇的健康状态十分有益。值得注意的是,AhR 突变体果蝇在补充 IAA 后,TOR 相关代谢通路和寿命与对照组相比没有明显变化,这表明 AhR 是补充 IAA 调节果蝇寿命延长的关键介质。
综上所述,本研究揭示了 AhR 和 SIRT2 之间的新联系,为果蝇寿命调节机制提供了新的见解。微生物群从色氨酸产生 AhR 配体(如吲哚代谢物)的能力下降,会导致果蝇衰老过程中肠道屏障功能受损和代谢通路紊乱。补充产生 IAA 的细菌或直接补充 IAA,能通过激活 AhR 介导的 SIRT2 信号通路,抑制 TOR 相关代谢途径,显著延长果蝇寿命。这表明,作为内源性 AhR 配体的吲哚衍生物 IAA,有望成为果蝇衰老过程中的一种潜在抗衰剂。AhR 介导的 Sirt2 信号通路在果蝇寿命延长中的作用,可能对哺乳动物也具有一定的参考价值,值得进一步深入研究。
下载安捷伦电子书《通过细胞代谢揭示新的药物靶点》探索如何通过代谢分析促进您的药物发现研究
10x Genomics新品Visium HD 开启单细胞分辨率的全转录组空间分析!
欢迎下载Twist《不断变化的CRISPR筛选格局》电子书
单细胞测序入门大讲堂 - 深入了解从第一个单细胞实验设计到数据质控与可视化解析
下载《细胞内蛋白质互作分析方法电子书》