整合患者元数据与病原体基因组数据的多参数模拟器:提升疫情应对能力的创新训练工具

《BMC Research Notes》:Integrating patient metadata and pathogen genomic data: advancing pandemic preparedness with a multi-parametric simulator

【字体: 时间:2025年04月16日 来源:BMC Research Notes 2.8

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  编辑推荐:面对欧盟成员国间数据共享的标准化困境,PANDEM-2项目团队开发了基于R包和Shiny应用的多参数模拟器,通过整合病原体基因组数据(HTS/NGS)与患者流行病学元数据,实现了疫情情景的定制化模拟。该工具在20人训练测试中展现7.9/10的实用价值,为自然/人为生物事件的应急响应提供了高仿真训练平台。

  在全球公共卫生危机频发的背景下,疫情应对能力的提升亟需突破性训练工具。当前欧盟成员国间因数据收集标准不一、法律框架差异等问题,导致病原体基因组数据(High-throughput sequencing, HTS)与患者临床元数据的整合存在显著障碍,严重制约了应急演练的真实性。为破解这一难题,由Horizon 2020 PANDEM-2项目支持的跨国研究团队开发了创新性多参数模拟系统。

研究团队采用R语言构建核心算法框架,通过GitHub开源的Pandem2simulator包与Shiny应用界面实现双轨访问。关键技术包含:1)基于K最近邻(K-Nearest Neighbours, KNN)算法的数据驱动模拟,利用开放获取的ECDC数据库实现变量关联预测;2)面向缺失数据的随机模拟模块,支持用户自定义分类变量(如疫苗接种状态)及其比例分布;3)动态相对风险(Relative risk, RR)调节功能,保持变量层级平衡的同时调整关联强度。

数据驱动模拟验证
通过加载欧洲COVID-19变异株监测数据,工具成功复现了Alpha向Gamma变异株的转换动态。在德国与荷兰联合演练中,90秒内即生成包含时空分布、年龄分层和毒力特征的仿真数据集,准确映射Delta变异株的传播规律。

随机模拟应用
在模拟"高毒力耐药菌株在65岁以上人群传播"场景时,研究者通过设定免疫缺陷状态(3层级,占比可调)与住院风险参数,构建出符合流行病学特征的虚拟队列。训练测试显示该模块对非技术用户友好度达7.1/10。

功能训练(FX)实效评估
20名跨领域参与者(含流行病学家、应急响应人员)使用该工具完成三项任务:SARS-CoV-2变异株快速传播建模、耐药菌暴发模拟和流感疫苗有效性分析。后测问卷显示,87%参与者认为工具显著提升了情景构建效率。

讨论与展望
该研究的突破性在于首次实现病原体分子特征(如SNVs、indels)与宿主元数据的动态耦合模拟,填补了传统演练工具的技术空白。尽管仿真数据不能完全替代真实世界证据,但其在CBRNe事件训练中的扩展潜力值得关注。未来若整合宿主遗传数据,将推动个性化危机建模的发展。

论文发表于《BMC Research Notes》的这项工作,为全球公共卫生应急体系建设提供了开源解决方案。其模块化设计既适应COVID-19等RNA病毒快速变异的特性,也可扩展至细菌耐药性监测等场景,标志着疫情准备训练进入"数字孪生"新阶段。

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