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基因组二代测序数据的自动化分析流程
生物通“核心刊物”栏目创办于2002年，主旨在于向国内专业人士展示科研核心刊物，以及生命科学领域杂志每期重点内容，为读者呈现精彩纷呈的国内科研动向，和重大科研进展。目前包括《遗传》、《中国生物工程杂志》、《科学通报》等重点期刊，也欢迎生物类期刊联系合作（联系邮箱：journal@ebiotrade.com）。 生物通报道：二代测序技术的发展对测序数据的处理分析提出了很高的要求。目前二代测序数据分析软件很多，但是绝大多数软件仅能完成单一的分析功能（例如：仅进行序列比对或变异读取或功能注释等） ，如何能正确高效地选择整合这些软件已成为迫切需求。来自中国医学科学院，北京协和医学院等处的研究人员设计了
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中科院PNAS发表水稻研究新成果
生物通报道 来自中科院遗传与发育生物学研究所的研究人员证实，在水稻中OsNAP通过微调脱落酸生物合成，并即直接靶向衰老相关基因促进了叶片衰老。这一研究发现发表在6月20日的《美国国家科学院院刊》（PNAS）上。中科院遗传与发育生物学研究所的储成才（Chengcai Chu）研究员是这篇论文的通讯作者。其研究组主要以水稻为材料，开展农作物源库互作和产量构成、种子休眠和萌发的分子机制研究，并利用分子手段实现对植物基因表达的精细调控和作物品种的分子设计改良。作物的生物产量和经济产量主要依靠光合作用生产，如水稻植株90-95%的物质来自光合作用。叶片是作物最主要的光合作用器官，
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PNAS：ABA调控水稻衰老新发现
衰老是生物有机体发育的必经阶段，更是生命体命运走向的关键转折点。衰老是一个高度程序化的过程，对植物来说，通过这个过程可将衰老叶片中营养物质分解并转运至生长旺盛的果实或种子等。因此，衰老进程在很大程度上决定了作物的产量及品质。 植物过早启动衰老进程会对植物正常的营养利用和发育产生不良影响。比如很多杂交水稻品种存在叶片早衰的现象，严重阻碍产量潜力的进一步发挥，且破坏其合理灌浆动态的形成，降低稻米品质。理论上推算，有早衰现象的水稻品种在正常生活周期中叶片衰老每推迟一天即可增产2%，生产实践上也可达到1%左右。因此，揭示植物衰老的分子调控机制不仅是科技工作者致力解决的重要生物学问题，更是农业生产需
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中科院南海海洋所研究人员揭示珊瑚白化的秘密
珊瑚的美丽在于绚丽的色彩，然而在不同历史时期，海底总不乏一些白化的珊瑚。悉尼大学生物科学学院教授奥韦·霍格·古尔贝格曾表示，除非气候不再变化，否则珊瑚白化将日趋频繁，最终将导致珊瑚礁在100年内从地球上的绝大部分地方消失。然而，中国科学院南海海洋研究所（以下简称南海海洋所）研究员余克服提出了不同观点：珊瑚礁白化死亡后的恢复一般需要20～25年。新观点的提出为认识现代珊瑚礁白化以及珊瑚礁白化后的恢复提供了新的科学依据。翻开历史研究新篇章在陆地资源日益稀缺的今天，分布于热带海洋的珊瑚礁集生态资源、环境调节、海岸保护、国土安全和自然历史记录于一体，是不可或缺的、重要的海洋生态系统。目前，全球约有30
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陈剑峰小组揭示免疫细胞“去向”调控机制
中科院上海生物化学与细胞生物学研究所陈剑峰研究组在最新的一项研究中，揭示了决定免疫细胞去向的一种全新机制。6月19日，相关研究成果在线发表于《发育细胞》。免疫系统是人体内的一套奇妙的保护系统。它不但负责抵御外界细菌、微生物、病毒等的入侵，还负责清除体内衰老、损伤、死亡以及发生癌变的自身细胞。确保免疫细胞在特定的时空迁移到人体内的特定组织和器官是保证免疫系统发挥正常功能的关键步骤。否则，人体会出现自身免疫疾病甚至癌症等严重疾病。但困扰科学家的是，免疫细胞是如何决定其在人体内的去向的。在陈剑峰研究员的指导下，博士后孙昊和博士生刘杰发现，免疫细胞表面的一种细胞黏附分子—整合素可以在不同趋化因子的刺激
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广西大学、广西科学院发现发现葡萄糖苷酶SBGL
记者从广西大学获悉，一个对黄酮类化合物亲和力很强的新酶——葡萄糖苷酶SBGL，日前被广西大学和广西科学院研究小组发现。相关研究成果近日发表于《应用微生物和生物工程》。 黄酮化合物，是蕴涵于天然植物中具有高药用价值的天然活性物。据该项目主持人、广西大学生命科学与技术学院研究员杜丽琴介绍，新发现的葡萄糖苷酶SBGL对于黄酮类化合物的亲和力，是迄今报道各种酶中最高的。而酶对黄酮类化合物亲和力越高，则在实现黄酮化合物生物酶法转化中越有利。 目前，该研究小组已应用这种新酶在进行儿茶素转化研究。他们利用SBGL酶的极强糖基化儿茶素能力，在儿茶素饱和溶液中把糖基转移到儿茶素上，形成儿茶素糖苷。 据悉，
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我国科学家发现肿瘤发病和预后相关变异基因
人为什么得癌症？为什么有人吸烟喝酒还长寿？有人生活健康却患癌？这些以往无法解开的谜团，通过我国科学家的最新发现，有望找出答案。 由天津市肿瘤医院流行病室主任陈可欣主持的“常见恶性肿瘤的分子流行病学及相关基因的功能研究”，发现了肿瘤发病和预后相关变异基因，且首次发现与乳腺癌等恶性肿瘤易感性显著相关靶序列SNPs，对易感人群筛查及个体化诊疗等具有重要意义。 “肿瘤是一种体细胞遗传病，其发生是复杂的多基因多步骤过程，既有环境因素作用，也有遗传因素的影响。”陈可欣指出，研究发现，90%以上肿瘤属于多基因遗传范围，受遗传因素与环境因素的相互作用，是基因水平上具有高度异质性的一种疾病。而不同人的基因组
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华南理工新成果或为心血管疾病患者带来福音
憨态可掬的北极熊，是世界上最大的陆地食肉动物，体内脂肪占据了约25%的体重。但它们却很少得心血管疾病，这是什么原因呢？近日，华南理工大学学生刘石平作为第一作者在国际顶级期刊Cell（《细胞》）上以封面故事公开发文，揭示了其中的奥秘。研究结果对于广大的“吃货”是一个福音：未来有一天，哪怕你像北极熊一样顿顿吃肉，长得膘肥体壮，也不用担心心血管疾病的困扰了。 首次以第一作者在顶级期刊发文，首次登上《细胞》杂志封面故事 这篇名为“Population Genomics Reveal Recent Speciation and Rapid Evolutionary Adaptation in Pol
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研究揭示免疫细胞“去向”调控机制
中科院上海生物化学与细胞生物学研究所陈剑峰研究组在最新的一项研究中，揭示了决定免疫细胞去向的一种全新机制。6月19日，相关研究成果在线发表于《发育细胞》。免疫系统是人体内的一套奇妙的保护系统。它不但负责抵御外界细菌、微生物、病毒等的入侵，还负责清除体内衰老、损伤、死亡以及发生癌变的自身细胞。确保免疫细胞在特定的时空迁移到人体内的特定组织和器官是保证免疫系统发挥正常功能的关键步骤。否则，人体会出现自身免疫疾病甚至癌症等严重疾病。但困扰科学家的是，免疫细胞是如何决定其在人体内的去向的。在陈剑峰研究员的指导下，博士后孙昊和博士生刘杰发现，免疫细胞表面的一种细胞黏附分子—整合素可以在不同趋化因子的刺激
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克隆羊“阳阳”迎来十四岁生日
备受瞩目的世界首批成年体细胞克隆山羊“阳阳”，6月22日在杨凌西北农林科技大学克隆动物基地健康地度过了14岁生日。现已子孙满堂的“阳阳”由于进入老龄期，体型显得有些偏瘦，精神状态也大不如以前。工作人员介绍说，普通山羊的寿命为十几年，所以说14岁“阳阳”也算是山羊中的“老寿星”了。据了解，“阳阳”曾先后三次进京，参加过北京国际博览会、国家863高科技展，还在中央电视台做过专题节目。图为五代同堂的“阳阳”。
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成都发现洞穴生物新种：钩虾以蝙蝠粪便为食
6月中旬以来，成都华希昆虫博物馆对成都地区一些无人区的洞穴进行了一次针对洞穴昆虫的科考活动。考察队对位于四川省成都地区都江堰市的龙溪虹口国家级自然保护区和彭州市龙门山一些未开发的原始洞穴进行了探索。在科考中发现了一批未知的洞穴无脊椎动物，其中很多是全新的物种。成都华希昆虫博物馆馆长赵力介绍，2014年，成都华希昆虫博物馆启动了针对成都地区洞穴昆虫等无脊椎动物的科考活动。考察活动中发现了大量洞穴生物，虽然没有发现大型洞穴动物，却有种群数量庞大的马铁菊头蝠等穴居蝙蝠存在。其中龙门山洞穴沟虾和成都洞穴尺蛾等是世界上首次发现的新物种。这种洞穴沟虾体长仅一厘米左右，与常见的虾外形差异很大，没有扇形的尾巴
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华南理工学子首登《细胞》封面故事
憨态可掬的北极熊，是世界上最大的陆地食肉动物，体内脂肪占据了约25%的体重。但它们却很少得心血管疾病，这是什么原因呢？近日，华南理工大学学生刘石平作为第一作者在国际顶级期刊Cell（《细胞》）上以封面故事公开发文，揭示了其中的奥秘。研究结果对于广大的“吃货”是一个福音：未来有一天，哪怕你像北极熊一样顿顿吃肉，长得膘肥体壮，也不用担心心血管疾病的困扰了。首次以第一作者在顶级期刊发文，首次登上《细胞》杂志封面故事这篇名为“Population Genomics Reveal Recent Speciation and Rapid Evolutionary Adaptation in Polar B
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水稻衰老调控分子机制被发现 可提高水稻产量
科技日报讯（记者张克）中科院遗传发育所植物基因组学国家重点实验室储成才研究组梁成真博士通过对一早衰突变体的研究，首次阐明了水稻叶片衰老的分子调控机制。这一发现可显著延缓水稻叶片衰老，延长灌浆时间，从而提高水稻的结实率和千粒重，最终使水稻产量得到显著提高。上述研究成果6月20日在线发表在《美国国家科学院院刊》上。衰老是生物有机体发育的必经阶段，更是生命体命运走向的关键转折点。植物过早启动衰老进程会对植物正常的营养利用和发育产生不良影响。很多杂交水稻品种存在叶片早衰现象，严重阻碍产量，且破坏灌浆的形成，最终降低稻米品质。理论上推算，有早衰现象的水稻品种在正常生活周期中叶片衰老每推迟一天即可增产2%
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复旦大学《Cell》提出线粒体遗传病防治新策略
生物通报道 来自复旦大学、安徽医科大学第一附属医院和哈佛医学院的研究人员，在新研究中证实采用极体（Polar Body）基因组移植技术有潜力预防线粒体疾病遗传。这一重要的研究成果发表在6月19日的《细胞》（Cell）杂志上。复旦大学的朱剑虹（Jianhong Zhu）教授和沙红英（Hongying Sha）博士是这篇文章的共同通讯作者。朱剑虹的主要研究方向为干细胞神经再生医学、发育神经生物学和神经肿瘤。曾被世界神经外科联合会（WFNS）评选为“世界青年神经外科医生大奖”，获国际癌症基因治疗大会最佳论文奖。沙红英博士的研究领域则主要包括两方面：体细胞核移植技术介导的人体细胞重编程为多
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中国学者两篇Nature聚焦脂多糖
生物通报道：脂多糖LPS是革兰氏阴性菌细胞壁的主要成分之一，主要由lipid A，核心多糖和O-抗原三部分组成。对于绝大多数革兰氏阴性菌来说，脂多糖有着至关重要的作用。它能为这些细菌提供保护，帮助它们抵御恶劣的环境和外界的毒素（包括抗生素）。当细菌入侵人体时，LPS会作为重要的抗原分子，引起机体的免疫反应。可见，这种物质对于人体的免疫应答也是很重要的。六月十八日Nature网站上同时发表了两项中国学者的研究，这两篇文章不约而同的解析了脂多糖转运的分子基础，并得到了颇为一致结论。脂多糖需要从细菌的内膜运送到外膜，这一过程主要由跨膜的蛋白复合体介导。该复合体含有七个脂多糖转运蛋白（LptA–Lpt
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茶尺蠖种群遗传分化规律
近日，中国农业科学院茶叶研究所肖强研究员带领的科研团队在《PLoS ONE》上发表论文，揭示了在我国茶区广泛分布的茶尺蠖种群存在着明显的遗传分化。 茶尺蠖（Ectropis obliqua Prout）是我国茶树主要害虫之一，遍及我国各主产茶区，尤以浙、苏、皖地区发生严重。课题组在前期研究中发现，不同地区茶尺蠖种群对茶尺蠖核型多角体病毒敏感性差异明显，最大差异达到700余倍。 为了深入了解和揭示不同茶区茶尺蠖种群的遗传分化，课题组通过收集全国8省17个地区茶尺蠖种群，以不同地理种群茶尺蠖为研究材料，测定了这些种群的线粒体序列，比较其同源性及序列多态性，构建单倍型分子系统
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天津工生所等解析出结核杆菌二萜合成酶Rv3378c的晶体结构
结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis)是结核病的致病菌，全球发病率、死亡率极高，每年约有两百万人死于结核病。随着结核病感染率的提高，越来越多的药物被广泛应用于结核病的治疗。药物泛滥使结核杆菌对药物具有一定的耐药性，一般的药物已很难根治结核病。 中国科学院天津工业生物技术研究所郭瑞庭研究组与UIUC大学 Eric Oldfield 教授研究组合作，在Rv3378c的研究方面取得了突破性进展，得到了来源于Mycobacterium tuberculosis的Rv3378c的酶蛋白结构空结构、底物以及二磷酸盐抑制剂BPH-629的复合体结构。Rv3378c二聚体结构，与
来源：天津工业生物技术研究所
时间：2014-06-23
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上海生科院揭示趋化因子调控整合素配体识别特异性新机制
6月20日，国际学术期刊Developmental Cell 在线发表了中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所陈剑峰研究组的最新研究成果Distinct Chemokine Signaling Regulates Integrin Ligand Specificity to Dictate Tissue-Specific Lymphocyte Homing。作为现有淋巴细胞组织特异性迁移机制的重要补充，该研究主要揭示了整合素可通过不同的趋化因子信号通路转变其配体识别特异性，而精准地调控淋巴细胞组织特异性归巢的全新机制。这一研究成果还将作为该期杂志的封面文章。&nbs
来源：上海生命科学研究院
时间：2014-06-23
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武汉病毒所在活体分子影像研究领域取得进展
中国科学院武汉病毒研究所崔宗强研究员和中科院生物物理研究所张先恩研究员联合研究团队在蛋白-蛋白及RNA-蛋白质相互作用的活体内分子成像方面取得重要进展，创建了远红光波段的荧光片段互补系统(Far-red fluorescence complementation systems)，首次实现了动物活体内RNA-蛋白质相互作用的荧光成像，并揭示了HIV-1 mRNA与人PTB蛋白相互作用机制。相关研究结果近日已在线发表于核心期刊Nucleic Acids Research。 蛋白-蛋白及RNA-蛋白质相互作用的活体成像一直是挑战性的研究课题。该研究中，研究团队开发了激发波长在600 nm以上的红色
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科学家找到超级细菌软肋 阻断细菌外膜可将其杀死
对抗生素有耐药性的超级细菌已成为全球性医疗难题。中英科研人员6月19日报告说，他们通过研究此类细菌的自我防御机制，发现了其弱点。英国东英吉利大学研究人员与四川大学等机构的中国同行在当天出版的《自然》杂志上报告说，他们对革兰氏阴性杆菌的分子结构进行了研究，这类细菌表面有着难以渗透的脂质外膜，很容易对抗生素产生耐药性。研究人员用强X射线观测其结构后发现，在形成防御屏障的过程中，一类被称为脂多糖转运蛋白的物质起到了关键作用，它们可作为载体将构建外膜所需的脂多糖输送到细菌表面。研究人员介绍说，此类细菌的外膜是其抵御抗生素、产生耐药性的屏障，而科研人员此前对这一屏障的构建机制了解很少。在新研究中，他们不
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