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PacBio公布一种新的高度同源基因信息学分析方法
加利福尼亚州/美通社/ -高精度测序解决方案的领先开发商PacBio(纳斯达克代码:PACB)今天宣布了一种新的信息学方法，该方法可高精度地对旁系同源基因和假基因（pseudogenes）进行基因分型。新的计算工具，命名为“Paraphase”，通过识别同一基因家族的所有基因和假基因的每个单倍型的完整基因序列，可以实现变体检出、拷贝数分析和定相。许多医学相关基因属于片段复制，因此具有高度相似的基因家族成员或假基因。序列相似性常常导致易出错的读对齐和变体检出。 PacBio公司计算生物学副总裁Mike Eberle说:“通过使用Paraphase，我们能够识别每个基因副本的完整序列，更
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研究人员开发了一种新技术，可以轻松检测活动性结核病
来自韦恩州立大学的一组教师发现了一项新技术，可以快速轻松地检测活性结核分枝杆菌(TB)感染抗体。他们的工作，“新型转酮酶表位的发现和基于igg的结核病血清诊断的发展”，发表在美国微生物学会出版的《微生物学谱》杂志的最新一期上。该团队由医学院分子医学和遗传学中心教授、医学博士罗贝利亚·萨马瓦蒂领导。加入Samavati的是Jaya Talreja博士和Changya Peng，他们是韦恩州立大学内科的研究科学家。结核病仍然是一个全球性的健康威胁，每年有1000万新病例和170万人死亡。根据世界卫生组织的最新报告，结核病是第13大死因，也是仅次于COVID-19的第二大传染病杀手。潜伏性结核感染(
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Science新技术：细胞-细胞相互作用的基因筛选
当中枢神经系统(CNS)细胞之间的细胞间通信出现问题时，就会出现多发性硬化症(MS)等炎症性神经疾病。但确切地说，这种细胞串扰如何导致导致疾病的分子变化仍然未知。为了解决这个问题，布里格姆妇女医院(Brigham and Women 's Hospital)的研究人员开发了一个平台，允许他们对细胞-细胞相互作用进行基因筛选，识别控制生物过程的基因。这种新工具被称为systematic perturbation of encapsulated associated cells followed by sequencing（系统扰动封装的相关细胞后进行测序），简称为SPEAC-seq，这项
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一种常见的热带植物中提取出一种非侵入性癌症治疗新方法
左起为Isabelle Dib, Dominik Dziura, Stuart Castillo 和Maksymilian Dziura在ORNL的中子自旋回波光谱仪上。他们的工作推动了自然癌症治疗的研究。图源:Genevieve Martin/ORNL，美国能源部美国能源部橡树岭国家实验室的一种科学仪器可以帮助从一种常见的热带植物中提取出一种非侵入性癌症治疗方法。Pancratistatin是一种在夏威夷本土花蜘蛛百合中发现的化合物。与传统疗法不同，它在杀死癌细胞的同时保持健康细胞的完整。直到最近，Pancratistatin的工
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脑肿瘤的突破:新癌症易感药靶
诺丁汉大学和杜克大学的研究人员在提供高级胶质瘤脑瘤的血管上发现了高水平的低密度脂蛋白(LDL)受体(LDLR)。这一发现为利用这两家机构已经开发的靶向这些受体的药物提供了可能性，从而使药物被肿瘤所吸收。研究结果最近发表在《Pharmaceutics》杂志上。神经胶质瘤是最常见的原发性脑肿瘤，起源于大脑的神经胶质细胞。他们是一个异质性的频谱，从缓慢生长到高度侵袭性浸润肿瘤。近一半的胶质瘤被归类为高级别胶质瘤(HGG)，由于其高度侵袭性，预后较差，未经治疗的平均生存期仅为4.6个月，而采用当今最佳多模式治疗的平均生存期约为14个月。研究人员检查了36名成人和133名儿童患者的肿瘤内和肿瘤间区域的组
来源：Pharmaceutics
时间：2023-03-14
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上海交大董佳家课题组与合作者发表药物候选化合物的快速发现新方法：点击化学+亲和质谱
近日，上海交通大学转化医学国家重大科技基础设施（上海）点击化学技术中心（转化医学研究院董佳家课题组）、上海科技大学水雯箐课题组和美国Scripps研究所Karl Barry Sharpless课题组合作，在PNAS发表了题为 “Affinity Selection of Double-Click Triazole Libraries for Rapid Discovery of Allosteric Modulators for GLP-1 Receptor”的研究论文。该研究工作通过模块化的点击化合物库与亲和质谱联用技术，设计、合成并筛选了大规模的、
来源：上海交大 新闻学术网
时间：2023-03-14
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化学学院来鲁华课题组与合作者发展了蛋白质关键别构残基预测方法
别构调控在酶催化、信号传导等多种生物学过程中发挥着重要作用。与传统的作用于生物功能位点的正构药物相比，别构药物由于具有更高的特异性、更少的副作用以及能有效克服已有的耐药性突变等独特优势而受到广泛关注。但是别构分子与靶标蛋白之间更高的结合亲和力常常并不对应着更好的活性，因此别构分子的优化面临着很大的挑战。在别构位点中，各残基对别构效应的贡献有所不同，其中的关键残基决定了别构信号的传导方向和强度，而其它残基则主要起到辅助结合作用。找出别构位点中主要负责别构信号传导的残基（关键别构残基）对理解别构调控机制、开展功能蛋白质与药物设计具有重要意义。目前还没有能够预测关键别构残基的有效方法
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王关红团队在Trends in Microbiology期刊发表宿主-微生物相互作用研究中的无菌和限菌技术的综述文章
在漫长的进化历史中，昆虫与其共生微生物形成了高度多样化的共生关系。昆虫体内的共生微生物已被证实与其宿主的代谢、免疫和行为等多方面紧密相连，这些共生相互作用有助于宿主昆虫更好地适应环境。近几十年来，各种无菌和限菌昆虫饲养系统被建立，并成功运用于宿主微生物互作方面的研究。 中国科学院动物研究所王关红团队撰写了相关综述，回顾了无菌和限菌饲养系统的历史发展，着重介绍了历史上具有重大意义的技术创新，并从灭菌方式、无菌食物的制作以及限菌系统的改良方法等方面批判性地评价了近年来发展的饲养技术。在无菌和限菌饲养技术的基础上，结合多组学技术、基因工程技术和上述饲养技术，论述了使用无菌和限菌方法研究昆虫-
来源：中国科学院动物研究所
时间：2023-03-14
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Science：“MIDAS”平台—蛋白质与代谢物的相互作用检测新技术
蛋白质和代谢物之间的相互作用难以捉摸，要想找到其表征，并不是一件容易的事情，在最新一项研究中，研究人员提出了MIDAS方法，即Mass spectrometry Integrated with equilibrium Dialysis for the discovery of Allostery Systematically(质谱集成平衡透析系统地发现变构)。作者表示，MIDAS代表了一种强大的新工具，可以“识别、理解和利用以前未知的蛋白质-代谢物相互作用组的代谢调节模式”。蛋白质和小分子代谢物之间的相互作用是最常见和最基本的生物相互作用类型之一，在调节蛋白质功能和控制各种细胞过程中起着至关重
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NEJM：研究人员试验新型血友病治疗方法
麦克马斯特大学研究人员参与的一项全球研究已经试验了一种潜在的新治疗方法，这可能会改变血友病A患者的游戏规则，血友病A是一种危及生命的遗传血液疾病。 联合首席研究员Davide Matino说，每周注射一次efanesoctocog alfa可以预防出血，并促进凝血剂因子VIII的接近正常的活动，这对阻止血友病a引起的长时间出血至关重要。服用efanesoctocog alfa的人还能改善关节功能，改善整体健康状况，减少疼痛。Matino说，efanesoctocog alpha的工作原理是将因子VIII与其相关的蛋白载体(称为冯·维勒布兰德因子)分离，从而覆盖其“半衰期”。这意味着A
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云南大学Nature发文：在藻类与苔藓虫早期演化研究中作出突破性贡献
2023年3月8日，国际顶尖科学杂志Nature在线发表了云南大学古生物研究院张喜光、杨杰团队的研究论文，题为：“Protomelission 是早期绿藻，并非寒武纪的苔藓虫”（Protomelission is an early dasyclad alga and not a Cambrian bryozoan）。在《生命起源与演化》重大基础研究领域，无数后生动物化石在地层中突然出现的“寒武纪大爆发”，历来是最引人入胜的重大地质事件之一。尽管古生物学家、地质学家和进化生物学家在认知先驱生物群的真实面貌、辐射分异，以及与古环境的协同演变取得了种种突破，该领域仍存在不少未解之
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上海交大杨立桃团队在开发新冠病毒快速检测新方法中取得进展
近日，上海交通大学生命科学技术学院杨立桃教授课题组创新开发了一种适合于新冠病毒快速、超灵敏的等温检测方法，命名为OPERATOR。相关研究论文“An ultra-sensitive one-pot RNA-templated DNA ligation rolling circle amplification-assisted CRISPR/Cas12a detector assay for rapid detect
来源：上海交大 新闻学术网
时间：2023-03-11
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我国学者在聚合物电工绝缘材料研究领域取得新突破
图 双链结构聚合物电介质薄膜的分子结构和自组装形貌 在国家自然科学基金项目（批准号：51877132）等资助下，上海交通大学黄兴溢教授团队与合作者在聚合物电工绝缘材料研究领域取得新突破，相关研究成果以“用于高温介电储能的梯藩共聚物（Ladderphane copolymers for high temperature capacitive energy storage）”为题，于2023年3月2日发表在《
来源：国家自然科学基金委员会
时间：2023-03-11
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4分钟长读技术对单细胞进行测序
传统的测序经常被比作制作冰沙:研究人员混合一堆细胞，获得平均序列，并对构成冰沙的成分得出结论。最近，科学家们已经获得了进行单细胞测序的能力，这可以揭示细胞之间的罕见变异和细胞谱系的进化。但目前的方法需要短时间内读取基因组，因此往往无法捕获复杂的重复区域，而科学家们越来越多地将这些区域与健康和疾病联系起来。长读技术可以克服这个缺陷;然而，他们的方法需要比从单个细胞中提取更多的DNA。令人沮丧的是，单细胞长读测序仍然遥不可及。直到现在。荷兰内梅亨大学医学中心的基因组技术研究员Alexander Hoischen（他没有参与这项研究）说，通过结合“两种非常创新的方法”——尖端的DNA扩增技术和DNA
来源：The Scientist
时间：2023-03-10
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Nature最新研究在了解炎症疾病进展过程取得了重要突破
都柏林三一学院生物医学科学研究所的科学家们在了解炎症疾病进展过程中我们身体的问题方面取得了重要突破，并在此过程中发现了一个潜在的新治疗靶点。科学家们发现，一种名为延胡索酸水合酶 （Fumarate Hydratase, FH ）的酶在巨噬细胞中受到抑制，巨噬细胞是一种一线炎症细胞类型，与狼疮、关节炎、败血症和COVID-19等一系列疾病有关。三一学院生物化学教授，该研究论文的主要作者Luke O'Neill领导了这项刚刚发表在《自然》上的文章。他说，“以前没有人发现FH与炎性巨噬细胞之间的联系，我们认为这一过程可能是治疗狼疮等使人衰弱的疾病的靶点，狼疮是一种严重的自身免疫性疾病，会损害
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生命科学学院庞尔丽教授课题组在Horticulture Research发表预测植物基因组潜在顺式调控元件的新方法
2023年2月28日，庞尔丽教授课题组在Horticulture Research（IF2022=7.3）发表题为“Identification of Clade-wide Putative Cis-regulatory Elements from Conserved Non-coding Sequences in Cucurbitaceae Genomes”的研究论文，以葫芦科物种为例阐述了一种新的预测植物基因组中保守非编码顺式调控元件的方法。 植物经过长期环境驯化，
来源：北京师范大学生命科学学院
时间：2023-03-10
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“少白头”综合征帮助研究人员找到了治疗罕见癌症的新方法
肉瘤是在骨骼、肌肉或脂肪组织中发现的癌症肿瘤。这是一种罕见的癌症，只有1%的癌症患者会出现这种情况。它很复杂，很难治疗。然而，一项新的研究可能发现了一种新的治疗方法，可以帮助病情最严重的肉瘤患者。“我们已经了解到，癌细胞高表达cep135蛋白的肉瘤患者情况更糟。但是抑制一种叫做plk1的基因也会抑制肉瘤细胞的生长，这表明我们可以针对病情最严重的肉瘤患者进行治疗，”细胞和分子医学系健康老龄化中心的副教授Morten Scheibye-Knudsen说，他负责这项新研究。鉴别肉瘤患者预后的方法已经有了，不同形式的治疗也是如此。但这项新研究发现了一种新方法。什么是肉瘤?肉瘤是在骨骼、肌肉或脂肪组织中
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英国公布新《科学技术框架》旨在促进创新
当地时间3月6日，英国政府公布新的《科学技术框架》，并表示将同时采取一系列新措施，投入3.7亿英镑（1英镑约合1.2美元）支持资金，促进创新投资，吸引世界上最优秀人才。英国政府当天发布公报说，《科学技术框架》确定了5项关键技术组合，包括人工智能、工程生物学、未来通信、半导体和量子技术，将通过10项关键行动在10年内将英国置于科技前沿地位。10项关键行动包括通过战略性国际参与、外交和伙伴关系塑造全球科技格局；为创新科技初创企业提供融资；在国内外展示英国的科技实力和雄心，以吸引人才、投资并提升英国的全球影响力等。英国政府在公报中说，将利用超过3.7亿英镑的新政府基金推动基础设施、投资和技能发展，以
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国家重大基础研究平台新突破——北京大学“癌症整合组学”前沿科学中心获教育部立项建设
近日，教育部发布《教育部办公厅关于2022年度前沿科学中心立项建设的通知》，北京大学“癌症整合组学”前沿科学中心获批立项建设，是我校在国家级重大基础研究平台的新突破。 “癌症整合组学”前沿科学中心首席科学家（中心主任）为詹启敏院士。中心针对中国特色高发恶性肿瘤，围绕“建立中国特色高发肿瘤发病及演化的理论体系；发掘癌症诊疗的新标志物和新靶点，建立精准诊疗的中国标准；基于多组学数据整合，建立治疗癌症耐药/转移/复发的中国方案”等三个任务深入开展交叉融合研究。中心面向癌症领域的前沿科学问题和临床诊疗需求，汇聚多学科专家队伍、强化团队攻关，大力推动原始理论创新
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日本科学家发现有望治疗自身免疫性疾病的新方法
日本冲绳科学技术大学院大学（OIST）的科学家近日发现了一种化合物，有望应用于各种自身免疫性疾病的治疗，比如多发性硬化症和类风湿性关节炎。这项研究成果发表在《Cell Reports》杂志上。正常情况下，免疫系统仅仅对外来的或危险的物质有反应，但有时候它也会错误地攻击自身的细胞或组织，导致自身免疫性疾病的发生。目前全球约有数百万人患有自身免疫性疾病，其中女性偏多。这些疾病会导致身体衰弱，例如类风湿性关节炎会引起过度的关节疼痛，而多发性硬化症会导致人体大脑和脊髓功能丧失。文章通讯作者、冲绳科学技术大学院大学免疫信号组的负责人Hiroki Ishikawa教授称：“自身免疫性疾病发展的关键因素以及
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