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  • McDag:多字符串最大公共子序列索引的创新突破

    在计算机科学尤其是生物信息学领域,分析和比较符号序列是极为基础的问题。以往,研究人员常用最长公共子序列(LCS)来衡量序列间的相似性,但这种方法存在诸多局限性。比如,寻找任意数量字符串的单个 LCS 是 NP 完全问题,即使是两条字符串,其计算时间复杂度也为二次方。而且,一些关键但较短的序列可能无法扩展为与 LCS 等长的公共子序列,从而导致相关信息被忽视 。另一方面,若考虑所有公共子序列,又会包含大量冗余信息。在生物信息学研究中,基因测序数据的分析至关重要,例如在研究不同物种的基因相似性时,由于基因变异和测序噪声,精确匹配难以实现,此时最大公共子序列(MCS,即两个或多个字符串中包含的非连续

    来源:Algorithms for Molecular Biology

    时间:2025-04-20

  • EBMGP:深度学习驱动基因组预测的创新突破,加速动植物育种进程

    在农业领域,随着全球人口增长,对农产品的需求不断攀升,传统育种方式周期长、效率低,难以满足日益增长的需求。基因组选择(Genomic Selection,GS)技术应运而生,它通过利用全基因组标记预测未观察群体的育种值,能加速育种进程,成为现代动植物育种的关键手段。然而,现有的基因组预测模型存在诸多问题。例如,传统的参数模型如基因组最佳线性无偏预测(Genomic Best Linear Unbiased Prediction,GBLUP)和贝叶斯模型,难以捕捉单个 SNP(单核苷酸多态性,Single Nucleotide Polymorphism)的精确影响,也无法有效处理 SNP 之间复

    来源:Theoretical and Applied Genetics

    时间:2025-04-20

  • 利用分形维数实现法医人类身份识别:全景 X 光片的创新探索

    在法医领域,人类身份识别至关重要。传统的人类识别方法,如分析指纹和基因成分等,在实际操作中面临诸多挑战。在涉及牙齿相关的身份识别时,依赖的生前牙科记录常常存在稀缺、错误或模糊不清的问题,而且生前牙科文档与尸体检查之间的时间间隔也会影响识别的准确性。同时,当可用于评估的牙齿较少时,传统的法医牙科学方法难以发挥作用。在这样的背景下,研究人员迫切需要寻找一种新的、可靠的方法来辅助人类身份识别。巴西的研究人员针对这些问题展开了一项关于利用分形维数(FD)进行法医人类识别的研究。该研究成果发表在《Egyptian Journal of Forensic Sciences》上。研究发现,通过计算全景 X

    来源:Egyptian Journal of Forensic Sciences

    时间:2025-04-20

  • 改良连续皮内蝶形缝合技术:助力伤口完美愈合,打造美观无痕新境界

    背景:近年来,患者对手术疤痕外观的要求日益提高。要实现理想的伤口愈合,完美的缝合技术需满足多项要求,即降低张力、精确对合伤口边缘以及消除死腔。在此,研究人员提出一种快速、高效且经济实惠的缝合方法以满足临床需求。目的:进行一项回顾性研究,探究改良连续皮内蝶形缝合技术在疤痕修复手术中的疗效。方法:纳入 2020 年 1 月至 2024 年 1 月期间在医院接受该缝合技术进行疤痕修复的疤痕及病理性疤痕患者。采用快速吸收双向倒刺缝线的改良连续皮内蝶形缝合技术闭合伤口。使用温哥华疤痕量表(Vancouver Scar Scale)评估手术前及术后 8 - 24 个月疤痕外观,并记录患者的复发和并发症情况

    来源:Aesthetic Plastic Surgery

    时间:2025-04-20

  • 《“Phollow” 技术揭秘噬菌体在斑马鱼肠道微生物组中的原位传播动态,为噬菌体疗法开辟新路径》

    ** 在神秘的微观世界里,噬菌体作为细菌的 “天敌”,时刻影响着微生物群落的平衡。噬菌体不仅能像凶狠的 “捕食者” 一样杀死细菌,还能通过介导新的遗传特性转移,增强细菌的适应性。这一特性使得噬菌体在改善人类和环境健康方面极具潜力,比如利用可控的噬菌体爆发来清除致病微生物,或者促进有益微生物的传播。然而,要真正将噬菌体用于操控细菌群落,就必须深入了解它们在复杂环境中的复制规律。目前,研究噬菌体在多成员群落和动物宿主中的传播动力学面临着巨大的挑战。在人类和其他动物的胃肠道这个特殊环境中,关于噬菌体生物学的许多问题仍未得到解答。例如,裂解性复制的爆发是在空间上广泛分布,还是局限于局部区域?它们是在快

    来源:Nature Microbiology

    时间:2025-04-19

  • 《金纳米粒子与抗冻蛋白 III 共轭物:细胞和组织冷冻保存的创新突破

    在生命科学的广阔领域中,细胞和组织的冷冻保存就像是一把钥匙,开启了再生医学、细胞治疗和组织工程等前沿领域的大门。然而,这把钥匙却存在诸多 “瑕疵”。目前,常用的冷冻保护剂,比如二甲基亚砜(Me<sub>2</sub>SO),虽然在细胞和组织的冷冻保存中发挥着重要作用,能够有效防止细胞在冷冻过程中形成冰晶,减少细胞损伤,但它的毒性却成为了临床应用的 “拦路虎”。高浓度的 Me<sub>2</sub>SO 会对细胞产生毒性,而低浓度又无法满足大型生物样本的冷冻保存需求。同时,在冷冻过程中,冰的形成和重结晶也会对细胞造成机械损伤,严重影响细胞的活力和功

    来源:Cryobiology

    时间:2025-04-19

  • 力谱技术揭示细胞外纳米囊泡的膜波动和表面黏附对其弹性行为的影响:为细胞间通讯研究提供关键线索

    1. 研究背景细胞外囊泡(EVs)在病理生理过程中具有多种作用,其携带细胞成分并传递生物活性物质,影响细胞功能。对 EVs 的研究虽取得进展,但因其高度异质性,仍存在诸多疑问,如是否存在功能不同的 EV 亚群,以及何种属性可作为功能差异的最佳指标。现有技术难以在单个囊泡水平进行全面化学分析,原子力显微镜(AFM)为研究 EVs 的刚度、弯曲模量和黏附等特性带来希望。然而,准确量化 EVs 的刚度模量存在困难,此前基于 AFM 的研究方案存在缺陷,未充分考虑表面黏附力和膜波动的影响,且未明确膜蛋白组成改变对 EV 弹性的影响。2. 研究方法样本制备:从人胚胎肾(HEK293T)细胞系及其基因工程

    来源:Proceedings of the National Academy of Sciences

    时间:2025-04-19

  • 基于随机森林的 BRCA1 错义变异分类预测模型:评估错义突变影响的新方法

    准确分类变异是疾病症状前检测和预防的关键。由于 BRCA1 在乳腺癌和卵巢癌中发病率和外显率较高,高性能的预测工具可用于对其变异的临床意义进行分类。此前虽已开发出多种工具,但在特定病例中分类效果不佳,且通常只给出分数而无解释。为获得具有解释能力的精准预测工具,本研究提出 BRCA1-Forest 模型。该模型基于随机森林(一种著名的机器学习技术)构建,能在变异分类中做出具有高特异性和敏感性且可解释的决策。此方法通过逐步筛选选项直至得出最终决策。研究首先收集了一组 BRCA1 良性和致病性错义变异,然后根据每个变异对蛋白质序列的影响准备数据集,并添加理化变化和氨基酸位点保守评分作为致病性标准来丰

    来源:Journal of Human Genetics

    时间:2025-04-19

  • 基于无比对方法的大规模病毒序列分类研究:高效精准且具广泛应用前景

    在生命科学和医学研究领域,随着下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术的飞速发展,核苷酸序列数据呈爆炸式增长。以往,传统的基于比对的序列分析方法,如 BLAST,在处理这些海量数据时遇到了巨大挑战。它需要消耗大量的计算资源,而且随着序列长度的增加,可能的比对数量会呈指数级增长,这使得分析效率大打折扣。为了应对这一困境,科研人员急需寻找更高效的序列分析方法。在这样的背景下,无比对(Alignment-Free,AF)方法应运而生,它被视为解决大规模序列数据处理难题的新希望。然而,AF 方法在病毒序列分类领域的应用还存在诸多问题,比如其在真实场景下对病毒序列的

    来源:BMC Genomics

    时间:2025-04-19

  • 利用寄主植物材料制备琼脂培养基培养仙人掌疫霉的新方法:突破传统,开启低成本高效培养新篇

    在植物病理学的研究领域,苹果疫腐病如同果园里的 “幽灵杀手”,严重威胁着全球苹果树的健康。它是由仙人掌疫霉(Phytophthora cactorum)引起的,这种土壤传播的病原菌十分 “狡猾”,寄主范围极广,能感染超过 200 种植物。在实验室里,传统培养P. cactorum常用 V8 果汁琼脂培养基,可这方法存在不少麻烦。一方面,培养所需的材料成本较高;另一方面,V8 蔬菜汁在中国常常难以获取,这就像给研究人员的工作设置了重重障碍,限制了对P. cactorum的深入研究和防治工作的开展。为了攻克这些难题,来自河北省农林科学院石家庄果树研究所等机构的研究人员踏上了探索之旅。他们开展了一项

    来源:Scientific Reports

    时间:2025-04-19

  • ELISpot技术揭示脓毒症免疫调节治疗新策略:精准调控先天与适应性免疫应答

    脓毒症作为感染引发的致命性器官功能障碍,其核心病理机制在于宿主免疫系统的失调。当前临床面临的关键困境是:传统"一刀切"的免疫调节策略屡屡失败,既无法精准抑制早期"细胞因子风暴",又难以逆转后期的"免疫麻痹"状态。华盛顿大学医学院Richard S. Hotchkiss领衔的多中心团队在《Scientific Reports》发表的重要研究,创新性地运用酶联免疫斑点技术(ELISpot)建立脓毒症免疫功能动态评估体系,为破解这一临床难题提供了突破性解决方案。研究团队采用稀释全血ELISpot技术,对63例脓毒症患者和46例健康对照者进行功能性免疫评估。通过检测TNF-α(反映先天免疫)和IFN-

    来源:Scientific Reports

    时间:2025-04-19

  • 基于虚拟现实技术诱导和测量视动性眼震后效应(OKAN)的可行性研究:开拓前庭疾病诊断新方向

    在人体的感知系统中,眼睛的运动有着奇妙的规律。当我们看到周围物体持续运动时,眼睛会产生一种反射性运动,即视动性眼震(Optokinetic Nystagmus,OKN)。它由缓慢追踪运动的慢相和快速复位的快相组成,能帮助我们稳定视网膜图像,实现清晰的视觉感知。而当运动停止、环境变黑暗后,还会出现视动性眼震后效应(Optokinetic After - Nystagmus,OKAN),其眼动会逐渐减弱,按照指数模式衰减。OKAN 可反映前庭功能,对诊断前庭疾病意义重大,比如单侧或双侧前庭病变、持续性姿势感知性头晕(Persistent Postural Perceptual Dizziness,

    来源:Scientific Reports

    时间:2025-04-19

  • 基于双目标优化的多尺度图聚类框架:突破与创新

    在当今科学研究的广袤领域中,复杂系统的研究愈发重要。从微观的生物细胞相互作用,到宏观的社会网络关系,复杂系统无处不在。而图(Graph)作为一种强大的工具,能够将复杂系统中的实体和它们之间的相互作用清晰地展现出来,节点代表基本实体,边代表相互作用。在图的研究中,检测图中的社区(Community Detection),即找到那些内部紧密连接,而与其他社区连接相对稀疏的节点集合,成为了关键任务。然而,历经 20 多年的深入研究,社区检测依旧面临诸多挑战,堪称一个 “难题”。尽管大家对网络社区有着一个普遍接受的非正式定义(Commonly Accepted Informal Definition,

    来源:Scientific Reports

    时间:2025-04-19

  • 基于 SAM-Med2D 模型的放射性直肠炎预测新方法:开启宫颈癌放疗精准预后新时代

    在女性健康的 “战场” 上,宫颈癌这位 “劲敌” 严重威胁着众多女性的生命。目前,放疗是对抗宫颈癌的重要 “武器”,可放疗带来的并发症,比如放射性直肠炎,却成了新的 “麻烦”。它的诊断和预后充满挑战,就像迷雾一般,让医生难以精准把握,这直接影响了治疗方案的优化和患者的康复效果。于是,为了驱散这团 “迷雾”,安徽医科大学第一附属医院等机构的研究人员踏上了探索之旅。他们开展了一项关于基于 SAM-Med2D 模型预测放射性直肠炎的研究,最终成功找到一种新方法,能有效提取 CT 影像特征,精准预测放射性直肠炎,这为宫颈癌放疗的个性化治疗提供了有力支持,就像在黑暗中点亮了一盏明灯,意义重大。该研究成果

    来源:Scientific Reports

    时间:2025-04-19

  • 综述:冷冻电镜断层扫描中分子和亚细胞结构选择性标记技术

    ### 冷冻电镜断层扫描技术的发展与局限电子显微镜(Electron Microscopy,EM)是研究细胞精细结构的高效方法,其分辨率比光学显微镜高出数千倍。在生物学领域,最先进的电子显微镜技术当属冷冻电镜断层扫描(cryoET)。它通过对样品进行冷冻处理,避免了水结晶的问题,克服了化学固定和脱水带来的弊端,使得研究者能够在分子水平上对细胞结构进行三维研究,甚至可以分辨单个蛋白质及其亚结构域。然而,cryoET 技术目前还面临一个关键问题:如何高效地识别和定位感兴趣的研究对象。这一问题限制了研究范围,目前主要集中在易于识别或含量丰富的亚细胞成分上。在微观图像中定位研究对象的唯一途径是标记技术

    来源:Biochemistry (Moscow)

    时间:2025-04-19

  • 核酸功能化金纳米棒:溃疡性结肠炎治疗的创新之选

    溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis,UC)是一种令人困扰的慢性肠道疾病,全球约 500 万人深受其害。它就像肠道里的 “捣蛋鬼”,不仅严重影响患者的生活质量,还带来沉重的医疗负担。目前,主流的口服治疗手段,像抗炎药、抗生素和免疫抑制剂等,都存在不少问题。它们功能单一,治疗效果有限,而且长期使用还会引发恶心、高血压甚至增加患癌风险等严重并发症。所以,寻找创新有效的治疗策略迫在眉睫。为了攻克这一难题,北京口腔医院的研究人员开展了一项极具意义的研究。他们将目光聚焦于核酸功能化金纳米棒(NAF AuNRs),试图探索其对 UC 的治疗潜力。最终研究发现,NAF AuNRs 能显著减轻炎

    来源:BIOMATERIALS RESEARCH

    时间:2025-04-19

  • 综述:堪察加极端栖息地藻类和蓝细菌在生物技术中的应用前景

    ### 堪察加:极端环境下的独特 “实验室”堪察加地区处于活跃的火山活动地带,这里的地质底物在火山作用下持续更新,是一个天然的独特 “实验室”。其环境条件极为恶劣,存在着高温与低温交替、营养物质浓度极低、水的聚集状态急剧变化等极端因素,这对生物的生存构成了巨大挑战。藻类和蓝细菌:极端环境的 “先锋定居者”在这片看似毫无生机的火山沉积物上,最早扎根的便是微观藻类和蓝细菌。这些微小的生命拥有令人惊叹的适应能力,能在如此极端的环境中顽强生存。它们适应环境的方式多种多样。在细胞层面,通过精确调控质膜结构,维持细胞内环境的稳定,抵抗外界环境的剧烈变化。质膜就像是细胞的 “坚固城墙”,其结构的改变能帮助细

    来源:Applied Biochemistry and Microbiology

    时间:2025-04-19

  • 从堆肥宏基因组文库中挖掘纤维二糖磷酸化酶的特性及通过引入人工二硫键提升其热稳定性 —— 为秸秆高值化利用奠定技术基石

    从堆肥宏基因组文库中鉴定出一种新型纤维二糖磷酸化酶(Cellobiose Phosphorylase,CBP1775),它由 811 个氨基酸残基组成,分子量为 92.5kDa,属于糖苷水解酶家族 94。其与常用纤维二糖磷酸化酶的同源性通常在 62% - 73% 之间。CBP1775 在大肠杆菌(Escherichia coli)BL21 中高效表达,并利用 His 标签进行纯化。以 10mM 纤维二糖为底物时,这种重组酶的最适 pH 值为 5.5,最适温度为 55°C。值得注意的是,其最适 pH 值低于其他已报道的纤维二糖磷酸化酶,与纤维素酶的最适 pH 值相似。此外,成功开发出一种纤维二糖

    来源:Applied Biochemistry and Microbiology

    时间:2025-04-19

  • 探秘新型酵母菌株:开启低热量甜味剂生产的生物技术新征程

    在食品领域,人们一直在寻找用低热量或无热量的甜味剂替代高热量糖类的方法,这是为了找到制作甜味食品的新方式,同时避免摄入过多糖带来的健康问题。本研究测试了 32 种酵母菌株在以甘油或葡萄糖为碳源的培养基中生产赤藓糖醇(erythritol)、甘露醇(mannitol)和阿拉伯糖醇(arbitol)的能力。发现两种耶氏解脂酵母(Yarrowia lipolytica)CCMA 0242 和 CCMA 0357,以及皱褶假丝酵母(Candida rugosa)CCMA 0371 生产赤藓糖醇的能力最强,产量分别为 5.19 ± 0.58 克 / 升、4.60 ± 0.63 克 / 升和 10.70

    来源:Applied Biochemistry and Microbiology

    时间:2025-04-19

  • 创新评估甜瓜白粉菌对杀菌剂敏感性:静电与数字显微镜技术的应用

    在植物的世界里,白粉病就像一场挥之不去的阴霾,严重威胁着众多植物的健康生长。瓜类作物作为人们日常生活中常见的蔬菜和水果来源,也深受白粉病的侵害。甜瓜白粉菌(Podosphaera xanthii)是引发瓜类白粉病的主要病原菌,它能在瓜类植株的叶片、茎等部位肆意生长,形成白色的粉状物,不仅影响植株的光合作用,还会降低作物产量和品质。目前,化学防治是控制瓜类白粉病的常用手段。然而,频繁使用杀菌剂导致甜瓜白粉菌对多种杀菌剂产生了抗性,使得防治效果大打折扣。而且,现有的杀菌剂敏感性评估方法存在标准不统一、无法精准量化等问题,难以满足实际生产需求。为了寻找更有效的防治策略,来自日本近畿大学(Kindai

    来源:Journal of Plant Pathology

    时间:2025-04-19


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