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Nature子刊:新的统计方法改进了基因组分析
一种新的统计方法提供了一种更有效的方法来揭示跨越多种条件的基因组数据中具有生物学意义的变化——例如细胞类型或组织。全基因组研究产生了大量的数据,从数以百万计的单个DNA序列,到关于数千个基因中有多少个在哪里表达的信息,再到整个基因组中功能元素的位置。由于数据的数量和复杂性,比较不同的生物条件或不同实验室进行的研究在统计上具有挑战性。宾夕法尼亚州立大学(Penn State)的统计学副教授李群华(音译)说:“当你有多个条件时,困难在于如何以一种既能在统计上强大又能在计算上高效的方式把数据分析在一起。”“现有的方法在计算上很昂贵,或者产生的结果很难从生物学上解释。我们开发了一种名为CLIMB的方法
来源:Nature Communications
时间:2022-11-16
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世界首个宠物狗新型肿瘤免疫疗法临床试验:为癌症儿童的治疗带来突破
图:三岁的牛头梗麦琪即将接受用免疫治疗凝胶治疗肉瘤的手术。希望世界上第一个在狗身上的临床试验将是开发用于儿童和成人肉瘤免疫治疗凝胶的重要一步。 图片来源:Telethon Kids InstituteTelethon儿童研究所正在领导一项针对宠物狗的独特临床试验,该试验可能为一种针对最常见的儿童癌症之一——肉瘤的新免疫疗法铺平道路。这种治疗方法是一种充满聚合物的凝胶,里面装有免疫治疗药物,当患者的肉瘤肿瘤被切除后,它可以应用在手术伤口内。凝胶由天然聚合物制成,可被人体分解。免疫治疗药物附着在长聚合物上,然
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研究人员想出了一种从水中去除微塑料的新方法
图:气凝胶的结构是由石墨烯片在碳纤维网络上拉伸形成的。 图片来源:Shaharyar Wani普林斯顿工程学院的研究人员已经找到了一种方法,可以将你的早餐食物变成一种新材料,这种材料可以廉价地去除海水中的盐和微塑料。研究人员用蛋白制造了一种气凝胶,这是一种轻质多孔材料,可用于多种应用,包括水过滤、储能、隔音和隔热。克雷格·阿诺德,Susan Dod Brown机械和航空航天工程教授,普林斯顿大学创新副院长,与他的实验室合作,为工程应用创造包括气凝胶在内的新材料。一天,在教职工会议上,他有了一个主意。“我坐
来源:Materials Today
时间:2022-11-15
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动物研究所王金勇研究组建立诱导人多能干细胞分化再生NK细胞新技术
2022年11月8日,中国科学院动物研究所干细胞与生殖生物学国家重点实验室、北京干细胞与再生医学研究院王金勇研究团队在Cell Discovery在线发表了题为Lateral plate mesoderm cell-based organoid system for NK cell regeneration from human pluripotent stem cells的研究论文。该研究首次采用人类多能干细胞来源的高纯度侧板中胚层细胞和滋养细胞来组装类器官聚集体,利用气液交界面进行培养诱导,实现NK细胞(iNK)体外再生。与传统方法比较,这种诱导策略具有耗时短、产量高、成熟度高、无需二
来源:中国科学院动物研究所
时间:2022-11-15
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癌细胞免疫转化纳米技术平台
在这张图中,免疫细胞最初并不识别癌细胞。当含有“吃我”信号(蓝绿色)的BiTN粒子(红色)附着在癌细胞上后,免疫细胞识别出该细胞并将其摄入。 德克萨斯大学MD Anderson癌症中心的一组研究人员开发了一种纳米技术平台,可以改变免疫系统看待实体肿瘤细胞的方式,使它们更容易接受免疫治疗。临床前研究结果表明,这种适应性免疫转化方法具有广泛应用于多种癌症类型的潜力。这项研究今天发表在Nature Nanotechnology,详细介绍了如何使用该平台人工将激活分子附着在肿瘤细胞表面,从而触发两种细胞的免疫反应
来源:Nature Nanotechnology
时间:2022-11-14
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科学家将Prime Editing技术应用于小立碗藓和马铃薯
CRISPR-Cas9技术自首次应用于植物基因组编辑以来,已彻底改变了植物研究和作物育种。不过,尽管经典的CRISPR-Cas9系统能够靶向诱变,但在核苷酸替换方面大多效率不高,而且还存在脱靶效应。2019年,博德研究所David Liu实验室开发出Prime Editing技术,可实现精准的碱基“查找和替换”,为植物育种增添了新工具。近日,法国巴黎萨克雷大学的研究人员将Prime Editing技术成功地应用在小立碗藓和马铃薯这两种植物上,为未来的精确作物育种铺平了道路。这项研究成果发表在《Plant Science》杂志上。Prime Editing系统采用了经过改造的向导RNA(pegR
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Cancer Cell:致命儿童癌症的潜在治疗方法
图片:Sheila Singh(左)和第一作者兼博士后研究员William Gwynne 来源:麦克马斯特大学麦克马斯特大学领导的一项研究称,一种促进儿童致命脑癌生长的酶可能是未来治疗的关键。研究人员发现,通过阻断一种名为dhdh的酶的产生,他们能够阻止小鼠模型中MYC基因扩增的成神经管细胞瘤的生长,这是这种癌症最具侵袭性的亚型。第一作者威廉·格温说,虽然阻断dhdh可以阻止癌症的扩散,但健康的大脑和神经细胞不会受到影响。这将避免目前治疗的后遗症,包括放疗和化疗,即使成功治疗了癌症,也会损害儿童的大脑发育
来源:Cancer Cell
时间:2022-11-14
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模拟生命:非生物材料的突破
图片:三周(504小时)内,添加燃料的水凝胶(中间行)与未添加燃料的对照水凝胶(上面行)的延时照片系列。最下面一排显示的是一种水凝胶,当加入两种不同类型的燃料时,它会独立地改变形状。 图片来源:代尔夫特理工大学伊尔科玛实验室的研究人员发现了一种利用燃料控制非生物物质的新过程,类似于活细胞的功能。该反应周期可以很容易地应用于广泛的材料,其速率可以控制,这是此类反应新兴领域的一个突破。这一发现是向软机器人技术迈出的一步;能够感知环境中发生的事情并做出相应反应的软机器。化学家们将他们的发现发表在自然通讯上。 化
来源:Nature Communications
时间:2022-11-14
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Journal of Cell Biology I 中国科学技术大学符传孩与姚雪彪教授团队合作研究发现细胞不对称分裂极性生长调控新机制
细胞是生命活动的最基本单元,细胞极性(即不对称性)是上皮细胞功能的重要特征之一。细胞极性的建立和维持在细胞迁移及不对称细胞分裂等基本生命活动过程发挥关键作用。例如,细胞极性建立和维持调控细胞命运决定因子的时空分布,进而调控干细胞的不对称分裂。然而,细胞膜自身特性在细胞极性建立和维持过程中的作用仍然不甚清楚。针对细胞极性形成的分子机制,符传孩教授课题组系统解析了细胞极性形成的蛋白质机器,并且结合利用模式体系裂殖酵母和哺乳动物细胞,揭示了细胞亚结构动态及其调控细胞命运的机制。研究组相继发现多型关键细胞生命活动调控蛋白,包括Septin细胞骨架质膜定位调控蛋白Rga6(Zheng et al., 2
来源:中国科学技术大学 | 生命科学与医学部
时间:2022-11-12
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Nature Cancer公布一种新的基于CRISPR的技术,可以切割癌症基因组并研究拷贝数的变化
研究重点MACHETE是一种新的基于crispr的技术,可以在实验室模型中高效地研究大规模基因缺失。使用MACHETE,研究人员发现一个明显的缺失通常会消除一组干扰素基因,导致胰腺癌和黑色素瘤小鼠模型的预后较差。完整的肿瘤干扰素可能是免疫治疗反应的生物标志物。这种技术被称为Machete Paper。尽管如此,斯隆·凯特琳研究所的Francisco “Pancho” Barriga和Kaloyan Tsanov不希望他们的新研究技术的名字掩盖了他们的发现。他们的发现揭示了一种导致约15%癌症的基因变化,这可能有助于识别对免疫疗法有反应的患者。MACHETE是他们开发的基于crispr的方法,用
来源:Nature Cancer
时间:2022-11-10
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无需X射线,测量骨骼移动的新方法
估计骨骼运动学的模型。 你有没有想过你的骨骼在你一天中是如何移动的?当我们思考这个问题时,X射线图像立即出现在我们的脑海中。但是,如果不使用X射线,我们如何测量一个奔跑或跳跃并与环境相互作用的动物的骨骼运动呢?为什么这很重要?研究这种自由活动的动物,可以让我们对动物的行为和决策有无与伦比的洞见,比如它们何时躲避捕食、寻找配偶和养育后代。虽然有许多研究测量了动物的行为,但测量它们如何移动的机制的研究却一直缺失。但由于中枢神经系统的活动最终导致通过身体动作做出的决定,测量这些机制并将它们与神经活动联系起来,对
来源:Nature Methods
时间:2022-11-10
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新装置可能提供一种更好的防止蜱虫叮咬的方法
图:病媒传播疾病专家Stephen Rich是马萨诸塞大学阿默斯特分校的微生物学教授,也是马萨诸塞大学阿默斯特分校新英格兰病媒传播疾病卓越中心的执行主任。 来源:Umass Amherst在预防蜱虫叮咬方面——特别是考虑到蜱虫传播的疾病十年来急剧上升——驱虫喷雾有帮助,但不是最理想的。例如,避蚊胺被设计用来防止快速移动的蚊子落在宿主身上,叮咬宿主后几秒钟就会飞走。另一方面,蜱虫不会飞,而是伏击宿主,然后慢慢爬上宿主,直到它们嵌入、进食,并可能停留数天。“不幸的是,大多数驱蚊剂是在75多年前开发的,而不是针
来源:PLoS ONE
时间:2022-11-10
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基于涡度相关技术的鼎湖山站碳通量观测塔对“双碳”计划正发挥着重要作用
碳通量塔是开展森林冠层和大气界面二氧化碳交换能力研究一个非常有用的工具,特别是在定量南亚热带森林长期碳捕获能力和其他重要气象参数方面。鼎湖山站自2002年10月正式启动了碳通量监测工作,该站是中国科学院生态网络最早设立的南亚热带森林观测站点。迄今为止获得的数据,在点上有助于深入了解鼎湖山第一个国家级自然保护区地带性森林在生态系统碳汇服务功能的潜力,在面上有助于找到更好的区域性森林的管理和保护方法。 基于鼎湖山站长期生物监测及涡度相关技术支撑下的碳通量监测数据,近期鼎湖山站科研人员专注于“碳达峰”、“碳中和”(双碳)计划需要解决的关键科学问题,发挥碳通量塔的作用,有如下一些重要发
来源:中国科学院华南植物园
时间:2022-11-10
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药学院王晶研究团队开发m6A单碱基定量测序检测方法
2022年10月27日,北京大学药学院化学生物学系和天然药物及仿生药物国家重点实验室王晶研究员课题组联合北京大学生命科学学院伊成器教授课题组,在国际顶级学术期刊Nature Biotechnology发表题为“Absolute quantification of single-base m6A methylation in the mammalian transcriptome using GLORI”的研究成果。文章截图m6A是高等真核生物mRNA内部含量最丰富的修饰,0.2-0.6%的腺苷中存在m6A修饰。m6A依赖修饰酶、去修饰酶和结合蛋白发挥调控功能。目前已发现m6A具
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Nature Biotechnology:m6A单碱基定量测序检测方法
2022年10月27日,北京大学生命科学学院伊成器教授课题组联合北大医学部药学院王晶研究员课题组联合在Nature Biotechnology杂志上在线发表了题为“Absolute quantification of single-base m6A methylation in the mammalian transcriptome using GLORI”的研究成果。论文截图m6A是高等真核生物mRNA内部含量最丰富的修饰,大约0.2—0.6%的腺苷中存在m6A修饰。m6A依赖修饰酶、去修饰酶和结合蛋白发挥调控功能。目前已发现m6A具有调控mRNA剪接、出核、稳定性和蛋白翻译等功能
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自闭症的基因突变提供了新的见解,并指出了可能的治疗方法
发表在《Cell Reports》上的一项新研究的发现,涉及达特茅斯大学Geisel医学院的Luikart实验室和佛蒙特大学韦斯顿实验室的研究人员的合作,为自闭症谱系障碍(ASD)的神经生物学基础提供了进一步的见解,并指出了可能的治疗方法。近年来,研究人员已经建立了某些突变基因与自闭症谱系障碍之间的紧密联系。其中最常见的一种叫做PTEN,通常作用是控制细胞生长和调节神经元改变连接强度的能力。当PTEN突变时,不仅会引起ASD,还会引起大头畸形(头肿大)和癫痫。“在之前的研究中,我们的实验室和许多其他实验室已经表明,PTEN突变会导致小鼠神经元之间兴奋性突触连接的数量增加——我们认为这可能是自闭
来源:The Geisel School of Medicine at Dartmouth
时间:2022-11-08
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AI小胜蛋白质专家团队 机器学习将推动生物技术快速发展
蛋白质是存在于所有生物体内的高度复杂的物质。Vikas Nanda花了20多年的时间研究蛋白质的复杂性。这位Rutgers大学的科学家长期以来一直在研究,构成蛋白质的氨基酸的独特模式是如何决定它们将成为从血红蛋白到胶原蛋白或者任何蛋白的,以及随后神秘的自我组装步骤——某些特定的蛋白质聚集在一起形成更复杂的蛋白复合物。因此,当科学家们想要进行一项实验,让一个对蛋白质设计和自我组装有着深刻直观理解的人类与人工智能计算机程序的预测能力进行对比时,Rutgers大学高级生物技术和医学中心(CABM)的研究员Nanda成为了其中的佼佼者。现在,谁或什么能更好地预测蛋白质序列结合最成功的比赛结果已经出来了
来源:Rutgers University
时间:2022-11-05
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中国科大/中科院深圳先进院毕国强教授团队在开发冷冻电镜原位成像技术取得重要突破
中国科学技术大学、中国科学院深圳先进技术研究院双聘教授毕国强团队,与美国加州大学洛杉矶分校周正洪教授合作,开发了一套基于深度学习的cryoET数据处理算法和软件IsoNet,有效解决了cryoET成像中的缺失锥效应和低信噪比问题,相关研究成果以Isotropic reconstruction for electron tomography with deep learning为题于2022年10月29日发表在Nature communications.研究人员搭建了一套迭代优化的自监督深度学习人工网络算法,并以旋转处理后的cryoET断层三维重构数据自身为训练集,实现了对cryoET断层三维重
来源:中国科学技术大学 | 生命科学与医学部
时间:2022-11-05
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数学科学学院陈松蹊团队提出基于污染过程的空气质量评估方法
空气污染是一个重要的环境和公共卫生问题,尤其在发展中国家。衡量污染排放水平及其对空气质量的影响受到气象条件、污染物区域传输等多因素的综合影响,是空气质量管理中一项紧迫而极具挑战性的任务。北京大学数学科学学院、统计科学中心陈松蹊教授团队利用大数据统计算法筛选污染过程和建模分析,在先前“静稳期数据实验”有效度量本地排放的成果基础上,提出了基于污染过程的空气质量评估方法。近日,该研究的论文“Episode Based Air Quality Assessment”在大气环境领域重要国际期刊Atmospheric Environment上发表。文章以位于华北平原北部的北京、唐山和保定三
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Nature等两篇论文发布突破性成果:癌细胞暴露在高黏度环境中移动得更好,转移潜能增加
视频显示由乳腺癌细胞组成的肿瘤细胞如何在高粘度(8 cP)条件下比在低粘度(0.7cP)条件下分离得更快和移动得更多 人体是由超过10亿个细胞组成的,这些细胞结合在一起形成了我们身体的组织和器官。然而,细胞是一种动态结构,通过不同的技术,在体内移动以完成各种功能,如愈合伤口或将营养物质运送到其他组织。了解癌细胞是如何在这些受限的环境中移动和做出决定是很重要的,因为90%的癌症相关死亡都与转移有关。Konstantinos Konstantopoulos和Miguel A. Valverde 在过